據說當年朱元璋建孝陵時，還有人建議遷走附近的孫權陵墓，朱元璋念及孫權乃三國英豪，便下令“留他為我看守墓道”，孫權墓才得以保留。而勘測出的孫權墓正對欞星門，兩者相距僅有100米左右，與“守墓”的傳說十分吻合。
明孝陵始建於1381年，翌年馬皇后去世，9月安葬入陵，定名為“孝陵”。有“以孝治天下”之意，另一說因馬皇后諡號“孝慈”故名。1398年，朱元璋去世後遂啟用地宮與馬皇后合葬。此時，明孝陵並未完全竣工。另外，孫、李兩位貴妃分別葬於孝陵東、西兩側。
1402年，燕王朱棣攻陷南京，宮中火起，建文帝不知所終。諸王群臣紛紛上表勸進，朱棣在象徵性的推辭兩次後，於己巳日，“謁孝陵”，雖然“唏噓感慕，悲不能止”。1405年，明成祖朱棣親撰“大明孝陵神功聖德碑”，為父親歌功頌德，楷書陰刻，全文長達2746字。1413年，此碑立畢，標誌著歷時30餘年的孝陵建成。1421年，朱棣遷都北京，設南京為留都。明孝陵仍具有極高的政治地位。
明孝陵規模宏大，建築雄偉，形制參照唐宋兩代帝王陵墓而有所增益。建成時圍牆內享殿巍峨，樓閣壯麗，南朝七十所寺院有一半被圍入禁苑之中。其佔地面積達170餘萬平方米，是中國規模最大的帝王陵寢之一。
明孝陵的起點在今天衛崗東側的下馬坊。從下馬坊向西北行755米，是大金門。大金門是明孝陵的第一道大門，門朝南，有拱門三券，明代裝有硃紅漆的大門，門樓頂覆蓋黃色琉璃瓦，現在屋頂和大門早已無存。大金門正北70米，就是立有“大明孝陵神功聖德碑”的碑亭，現俗稱四方城。
過碑亭折向西北，是御河橋，現在俗稱紅橋。過橋即進入明孝陵神道。經欞星門、金水橋，順坡而上才到明孝陵的正門。此門原名文武方門，然後到享殿——孝陵殿。孝陵殿規模很大，毀於咸豐年間戰火。依照陵宮“前宮後寢”的格局，入“陰陽門”後是一座大石橋，原名昇仙橋。橋後就是方城。從正門到方城，共長375米。方城正中是一個高大的拱門，拱門內是一條深長的隧道，由54級石階組成。出隧道分左右二石階，折而向上，向南登上方城，即明樓所在。明樓俗稱馬娘娘梳妝檯。
方城和明樓是明代的創新，明以前的帝王陵墓都沒有這樣的建築。在寶頂前面建造一座高大的方城和明樓，其中夾以深邃的隧道，更增加了莊嚴肅穆的氣氛，顯示出帝王的無比威嚴。
方城之後就是寶頂，也叫寶城，正面的石壁上橫刻“此山明太祖之墓”七個楷書大字。據說這七字刻於民國初年，用以回答遊人的訊問。寶城是一座近似圓形的小丘，直徑從325米到400米不等，四周有磚牆，牆以條石作基礎，依山就勢而築，高度約7米，牆頂厚度約2.1米。寶頂之上，樹木參天，地宮位於寶頂之下。
朱元璋作為大明開國之君，擇金陵“龍脈”以為葬地，這完全符合風水要義。在鐘山的南面建造自己的帝陵，在鐘山的背面陪葬功臣，讓自己的臣子在死後也護衛著自己，南北對應，尊卑昭然。
朱元璋是否葬於明孝陵？南京民間也有傳說：“明太祖死後十三個城門同時出棺材，明孝陵是疑冢，真墓葬在朝天宮土山下。”生性多疑的朱元璋有沒有真葬在明孝陵？他的真身葬於何處？
1999年初，專家採用精密磁測技術並結合地面調查，對明孝陵後山兩萬多平方米地域進行了一次縝密的勘查，證實朱元璋的地宮就在獨龍阜玩珠峰下數十米深處，且保存完好，未被盜掘過。地下宮殿規模很大，僅甬道長度就超過了一百二十米，地宮的構造十分複雜，尚需作進一步的調查。朱元璋應葬於明孝陵。
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