1259年8月，蒙哥汗在攻取釣魚城的前線猝然去世。他生前未來得及對汗位繼承作任何安排或指定。而在蒙古“黃金家族”內部，關於大汗之位的歸屬向來也沒有一個預定的、明確的意見，因此必須召開又一次“忽裡勒臺”選舉新汗。可是，當年圍繞選舉蒙哥所發生的種種鬥爭、選舉的爭議以及繼位後無情的政治清洗等等，這一切使得後來的選舉愈加困難，並且玷汙了成吉思汗時代以來“忽裡勒臺”的形象。拔都在蒙哥稱汗一事上所起的作用顯示，軍事實力最強的領袖可以左右選舉。這就沒有什麼“民主”可言了，對汗位最強有力的挑戰全憑軍事實力，而不是什麼特定的繼承原則。如果兩位領先的候選人覺得他們實力相當，相互間用“槍桿子”說話的危險勢必大增。
而蒙哥汗死後的局面恰恰是這種情況。蒙哥汗的弟弟們，同是拖雷正妻所生的忽必烈、旭烈兀、阿里不哥以及蒙哥諸子都有資格即位，這就必然引起拖雷系諸王之間爭奪汗位的鬥爭。彼時，蒙哥汗的幾個皇子年紀還小，不具備競逐汗位的條件，而蒙哥汗的三弟旭烈兀流連於自己剛剛征服的西亞地區，也沒有興趣回到草原參與汗位的爭奪。這樣，對於大汗的爭奪就在蒙哥汗的另外兩個弟弟，忽必烈和阿里不哥之間爆發了。
忽必烈
阿里不哥是忽必烈的幼弟。在拖雷家族內部，阿里不哥以“斡赤斤”（灶主）的身份，承襲了拖雷夫婦的大部分蒙古千戶和分地。後者包括漠北吉里吉思和中原真定路。蒙哥汗南征前夕，他又奉命留守和林，主持大蒙古國庶政，管理漠北千戶軍隊和諸斡耳朵宮帳，地位顯赫。因此，蒙哥汗死後，諸皇子都一致擁戴阿里不哥，蒙哥汗的親信大臣們也站在阿里不哥一邊。這樣，阿里不哥自然成為當時蒙古草原最有權勢的人物，他在爭奪汗位時也應具有得天獨厚的優勢。
阿里不哥
阿里不哥心裡非常清楚：他的惟一競爭對手正是同胞兄長忽必烈。趁忽必烈仍在滯留在攻宋前線（鄂州）的機會，儘快控制漠南的主要軍隊和財賦，是順利登上汗位和迫使忽必烈就範的關鍵。出於這種考慮，阿里不哥命人到漠北諸部抽取兵丁，到漠南諸州括取民兵，企圖直接控制大漠南北的更多軍隊。隨從蒙哥南征的軍隊中也有一部分歸附了阿里不哥。渾都海駐兵寧夏與甘肅間的六盤山，擁兵4萬，且士馬精強，鹹思北歸。他與關隴地區的蒙古將領等陰相勾結，以策應阿里不哥，致使當時整個秦隴巴蜀地區形勢很微妙。如果上面這些人互相配合，及時而東直搗關中，當時“關中無兵備”。不但漠北非忽必烈所有，就是漠南財賦所出的關隴川蜀地區是否屬於忽必烈也很難說了。只是因為渾都海及其統率的士卒“遷延不即行”，才使忽必烈贏得寶貴時間，調兵遣將，及時加強對關隴地區的控制，穩定了關中地區的局勢。
不過，在蒙古諸王中，忽必烈所得到的支持遠比阿里不哥廣泛。東道諸王塔察兒、也孫哥、爪都、忽刺忽兒以及名將兀良合臺都支持忽必烈。塔察兒是成吉思汗之弟答裡臺的嫡孫，在東道諸王中實力最強。成吉思汗分封時曾分給答裡臺五個千戶。這五千戶由於半個世紀的繁衍已經變成了一支龐大的軍隊，因而使塔察兒在東道諸王中有舉足輕重的作用。甚至蒙哥汗直轄的精銳怯薛軍也一分為二，一部分護送蒙哥汗的靈樞返回漠北，歸屬於阿里不哥；一部分在怯薛長不花等人的率領下，東投忽必烈。
1260年初，阿里不哥與忽必烈雙方一面緊緊抓住軍隊做攤牌的準備，一面仍在命使往返。阿里不哥以“監國”的身份，要求忽必烈親赴和林，為蒙哥汗會喪；同時，在蒙古草原本土召開“忽裡勒臺”，選舉新大汗。這實際上是要讓忽必烈脫離其在漠南的根據地，以便於控制。忽必烈拒絕前往，暗中卻派遣心腹、畏吾兒人廉希憲前往塔察兒那裡，說服他率先出面，推戴忽必烈為大汗。
經過忽必烈及其支持者短暫而緊張的準備，1260年三月一日，忽必烈在開平（今內蒙古自治區錫林郭勒盟正藍旗境內，多倫縣西北閃電河畔）自行召開了忽裡勒臺。塔察兒在忽必烈的幕僚廉希憲事先的運動下，率先推戴忽必烈做大汗，其他諸王群聲附和，合力勸進。忽必烈在假意推辭了一番後，接受推戴。在匆匆經過例行的選舉儀式後，忽必烈於三月廿四日即位為蒙古大汗。
但是，在“忽裡勒臺”制度本身的意義上，忽必烈當汗無疑是違法的。無論忽必烈在選汗形式上如何用心，也難以掩蓋這個突然舉行的推選，如果不說是一個騙局，那就顯然具有同盟舉兵的性質。“忽裡勒臺”既不按照蒙古慣例於斡難河源故地舉行，也沒有規定一個必要的時間和適當的通知方法讓西道諸王中的重要領袖人物，如旭烈兀、別兒哥（拔都的弟弟），讓他們來行使選舉的權力。忽必烈等人的理由是他們居住在遠方，無法等待他們前來以致於使帝國在幾個月內處於無政府狀態。但這就在事實上把他們擺在既成事實面前，迫使他們承認忽必烈的合法地位。這種先斬後奏的做法首先打破了“忽裡勒臺”的選汗程序，很多擁兵一方者以此為藉口紛紛自行其事，最終導致了“大蒙古國”的解體。
阿里不哥得知忽必烈搶先“即皇帝位”，匆匆忙忙也糾合一批附己的宗王和大臣，其中有蒙哥汗諸子阿速歹，玉龍答失、察合臺之孫阿魯忽及大臣阿蘭答兒、脫裡赤等，於1260年五月，在漠北“和林城西按坦河”，宣佈自己為汗。“天無二日，民無二主”。成吉思汗的“黃金家族”，一在漠北草原，一在漠南漢地，同時出現兩個大汗。多為東道諸王所支持的忽必烈，與多為蒙哥汗之子支持的阿里不哥，彼此都有自己的地盤和軍事實力，誰都渴望得到大汗之位，一場長達四年的內戰便從此伊始。
阿里不哥首先採取行動，試圖先聲奪人，佔據有利地位。他一面命令阿蘭答兒發兵於漠北，出河西走廓，企圖與屯紮在六盤山的渾都海部會合；一面領兵出和林，越過大漠進犯開平、燕京。忽必烈也針鋒相對，親自率師北征。傾向於實行“漢法”的忽必烈得到了漢地實力派的全力支持，所謂“中土諸侯民翕然歸心”。其麾下就有很大一部分是漢地世侯統帥的漢軍，“大者五六萬，小者不下二三萬”，經過常年戰爭的鍛鍊，這些漢軍“往習兵革，馳射馳突，視蒙古回鵲猶強”，顯示出很強的戰鬥力。因此，忽必烈軍與阿里不哥軍相遇後三戰三捷。迫使阿里不哥放棄和林，退往偏僻的謙謙州（在葉尼塞河上游以北）。而阿蘭答兒的部隊也被忽必烈方面擊潰，阿蘭答兒、渾都海被斬殺。忽必烈軍大獲全勝，西土悉平。漠南財賦之地已被牢牢地掌握在忽必烈手中。
這對阿里不哥方面是致命的打擊。漠北“地窮荒徼，陰寒少水，草薄土瘠，大抵皆砂石也”。蒙古帝國的首都和林不是一塊能夠自給自足的地區，其日用百貨和食糧、飲料要“用大車自中原內地轉運而至”。因此，當忽必烈封鎖了中原內地與漠北的運輸後，阿里不哥的控制區隨即困於飢餓，物價暴漲，百物皆缺，兵食俱醫。
而阿里不哥解決當時困境的唯一辦法是遣使至原本支持自己的察合臺汗國，徵求牛馬軍貨糧餉。當被察合臺汗阿魯忽拒絕後，阿里不哥便率領飢餓疲憊之兵，攻入察合臺汗國，並縱容士兵大肆虜掠，任意殺戮軍民，與以往的蒙古草原奴隸主貴族一樣，把虜掠和殺戮看作比創造性的勞動更容易甚至更榮譽的事情。這致使其手下將領亦為之寒心，皆曰：他（阿里不哥）如此殘酷地糟踏成吉思汗徵集起來的蒙古軍隊，我們怎能不感到憤怒而離開他呢？，便紛紛離開阿里不哥而去。甚至阿里不哥的忠實支持者，蒙哥汗的兒子玉龍答失，亦與諸千夫長率領諸軍背棄阿里不哥，南下投奔忽必烈。忽必烈不計前嫌，沒有因為他們以前的罪過而懲罰他們，而是特意“賜諸王玉龍答失印，仍以先朝獵戶賜之”。又把衛州的汲縣、新鄉、蘇門、獲嘉、胙城五縣作為玉龍答失的食邑分地。這樣，阿魯忽等人也先後背叛阿里不哥，歸順了忽必烈，使忽必烈的優勢大大增強。
由於眾叛親離，阿里不哥手下只剩下了少數軍隊，而阿里不哥當時所在的阿力麻裡（今新疆維吾爾自治區霍城）又發生饑荒，士卒只得以小麥代大麥飼馬，馬匹不吃盡是雜草的小麥，全都倒斃，當地居民則吃不上糧食而死者甚眾，民不聊生，怨聲載道。阿里不哥就是在這樣日暮途窮的處境裡於1264年七月南下向忽必烈投降的。根據《史集》的記載，“當阿里不哥勢窮力竭後去見忽必烈時，忽必烈擦去眼淚，問道:‘我親愛的兄弟，在這場紛爭中誰對了呢；是我們還是你們呢？’阿里不哥回答道：‘當時是我們，現在是你們。’”分析這段話可以知道，“當時”是指當初阿里不哥與忽必烈開始爭奪汗位時，與忽必烈相比較，阿里不哥不但是以拖雷幼子身份即汗位，而且在蒙古草原舉行的“忽裡勒臺”遠比忽必烈在開平的草臺班子合法，而“現在是你們”則有一種“勝者為王，敗者為寇”的意味。不可否認，當初阿里不哥雖然在即汗位權力上優先於忽必烈，在軍事力量上也相當強大，但是經過戰爭最終被打敗，所以不得不承認失敗的事實。
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