同治三年（1864年）六月，由曾國藩、曾國荃兄弟督師的湘軍，用挖地道埋火藥的作戰方式，轟塌太平天國都城外牆，並趁勢拿下了金陵城。攻陷金陵後，湘軍一舉拿獲了洪秀全的兒子洪天瑱，以及太平軍最後的希望——忠王李秀成。
這樣一來，也基本宣告轟轟烈烈開展了十多年的太平天國起義最終走向了覆滅。
從道光末年開始，經歷咸豐一朝，洪秀全等人所領導的太平天國起義，一直都是清廷的心腹大患。因此，清廷對天王洪秀全尤其恨之入骨。在得到曾國藩上奏的戰報後，儘管當時洪秀全已經去世，但清廷仍然做出了一個殘忍的決定，要對洪秀全的遺體進行處罰。
在下發給曾國藩的諭旨中，清廷著力褒揚了湘軍在金陵攻堅戰中的表現，並表示將對湘軍戰士論功行賞。同時，對太平天國的“發逆”，也嚴懲不貸。上諭對曾國藩處理太平天國的戰俘提出了兩個要求：
一是“李秀城、洪芢達二犯，即著曾國藩等派委妥員，檻送京師，訊明後盡法處治。”二是“洪秀泉（全）屍身，覓獲後銼屍梟示，仍傳首被害地方，以洩眾憤。”
中國人歷來講究入土為安，而清廷對這個已故的叛軍首領，不僅要掘墓開棺，還要讓他身首異處，傳首東南，無疑是一招極其毒辣的懲罰手段。
曾國藩打下金陵後，很快便找到了洪秀全的葬身之處。對曾國藩而言，執行清廷的命令，並沒有什麼難處，但是他卻選擇公然抗旨，沒有將洪秀全梟首，而是“戮而焚之”，將洪秀全的遺體一把火燒掉了。
曾國藩剛剛立下大功，又手握重兵，正是瓜田李下，最容易遭人猜忌的時候，為什麼卻不惜違反朝廷旨意，將洪秀全遺體火化呢？難道是因為曾國藩做人仁慈，不忍心看到洪秀全受此酷刑？
顯然不是。曾國藩之所以不惜違抗旨意，燒掉洪秀全屍身，是想以此作為藉口，順便把清廷另一道命令也違反了。
另一道命令，即要求曾國藩將李秀成解押至京。對曾國藩而言，這一條是絕對不能答應的。
究其原因，出在一個“錢”字上。
在攻克金陵之前，人們紛紛傳言，洪秀全在天京城中有一個大寶藏，裡面藏著這十多年到處搜刮而來的錢財。清政府一開始的盤算是，等打下了金陵，就把寶庫中的財寶全部運回北京，作為戰爭善後的經費。
但曾國藩和曾國荃兩兄弟打下金陵，搜遍了洪秀全的宮殿，卻發現別說大寶藏了，就連一個普通的金庫都找不到。於是奏稱：“歷年以來，中外紛傳，逆賊之富，金銀如海，乃克復老巢，而全無貨財，實出預計之外。”清廷想用洪秀全財寶充實國庫的願望落了空。
有一種傳言，說曾國荃攻克金陵城後，大發國難財，把洪秀全的財寶都裝進了自己腰包。不管真相是曾家兄弟監守自盜，還是確實沒有寶藏，他們都絕不能讓李秀成到北京招供。萬一李秀成一口咬定，城中本來有財寶，現在卻不翼而飛，朝廷細究之下，曾國藩兄弟便是殺頭的大罪。
所以，曾國藩不惜抗旨不尊，燒掉洪秀全屍身，又擅自將李秀成和洪仁達二人處決，是為了自己保命。而對這兩件事，曾國藩都說是為了防止沿途騷擾地方，用同一條理由敷衍了過去。
一方面死無對證，另一方面曾國藩又大權在握，清廷也不敢貿然追究曾國藩的抗旨之罪。最後，曾國藩不僅沒有受責，反而被大大表揚了一番。
清廷下諭旨說：“曾國藩奏、各將士於六月二十七日，在偽宮內掘出洪秀泉逆屍，經該大臣等驗畢戮屍焚燬。該逆雖逃顯戮於生前，難免極刑於身後，亦足以大快人心。”“將該二逆極刑處死，免致沿途騷擾地方，所辦甚是。”一場大禍，便這樣消弭於無形了。
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