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历代王朝一般都设有或留都或陪都，比如选择原来的都城或者重点城市。明代陪都是南京，中央机构基本保留了一套。
1644年清军入关并迁都北京后，原来首都盛京改为留都，先以内大臣一人为留守，顺治三年（1646）改为昂邦章京。顺治十四年清朝以“奉天承运”之意在沈阳设奉天府（北京称顺天府），设府尹1人，掌盛京地方之事。康熙元年（1662）改统辖今辽宁地区的“昂邦章京”为汉称“镇守辽东等处将军”，并徙辽东。康熙四年（1665），又改称“镇守奉天等处将军”，即“奉天将军”。乾隆十二年（1747）移驻盛京后，定称“镇守盛京等处将军”，即“盛京将军”；乾隆二十七年（公元1762年）规定，奉天府尹由盛京将军节制。盛京将军原为正一品武职，乾隆三十三年（1768）降为从一品武职。盛京将军是统辖奉天的最高军政长官。
奉天府下共设二府、四厅、五州、十四县。奉天府尹为满缺，秩正三品。按清代官制，奉天府例由光禄寺卿、太仆寺卿升任，若缺位无人，可由通政司副使、大理寺卿升任。府尹辖有治中，通判等官职。
并在盛京设盛京内务府和盛京五部（顺治三年（1646）清朝设立奉天昂邦章京，给予镇守总管之印；十四年（1657）设奉天府，第二年在盛京设立礼部，次年又设户部、工部。康熙元年（1662）再设刑部，三十年（1691）又设兵部。当时，为了使各地行政官员任免权统归中央吏部管理，因此在盛京未设吏部）。
盛京内务府设总管大臣一名，由盛京将军兼任，因此盛京将军衙门也叫总管内务府衙门。盛京内务府以处理盛京皇宫、盛京皇庄、围场等方面事务。在总管大臣之下设上三旗佐领3人，主事1人，委署主事1人，掌盛京三旗包衣之政令。其下仿照京师内务府建制，设有广储司、会计司、掌仪司、都虞司、营造司五司，只比京师内务府少了庆丰司和慎行司两个机构。
盛京五部不设尚书，早先各设理事官一人，秩正四品，后各部改设侍郎1人，秩正二品。其下又设郎中、堂主事等官。盛京五部虽受中央六部节制，在行政管理上仍要会同盛京将军、奉天府尹商办。但五部也可直接向皇帝奏事，负有地方行政管理之责。盛京五部属下各设有不同分司，以掌管不同职责。
盛京地区作为清王朝的龙兴之地，驻防的兵力仅次于京畿地区。盛京将军以下设副都统4人、副都统衔总管1人、城守尉8人、协领15人、防守尉2人、佐领131人、骁骑校207人；驻防盛京、兴京、凤凰城、义州、牛庄、锦州、金州、辽阳、熊岳、复州、宁远、广宁、铁岭、开原等。乾隆末年，盛京将军属下共有八旗官兵7232人，八旗官兵连同家眷，近十万之众。
奉天府下的京县承德县，该县类似于京师的大兴、宛平二县，其知县级别地位较高。康熙二年（1663年），以盛京城附郭设县制，设正六品知县一名，主管各项事宜。
赵燕云
为了使对中国东北地区的占领合法化，沙俄于1900年11月，胁迫清朝盛京将军增祺签订了《奉天交地暂且章程》，夺取了盛京的全部主权。将盛京乃至整个东北地区变成了沙俄的殖民地。沙俄的暴行和强盗行径，引起了中国人民的强烈反对，清政府也没有承认《奉天交地暂且章程》。另外，俄军在中国东北地区的暴行，激起了中国人民，特别是东北人民的强烈反抗。东北各地人民相继组织抗俄武装，到1901年初，抗俄武装达到10万多人。其中，“忠义军”发展最快，到1902年已达20万人。他们在“御俄寇，复国土”的口号鼓舞下，英勇战斗，收复了吉弗南部和奉天北部的大片国土。由于中国人民的英勇斗争和列强之间争夺中国的矛盾斗争不断加剧，l902年4月8日，沙俄被迫同清政府签订了《交收东三省条约》，规定俄国军队分三期撤出中国东北地区。这样，沙俄妄图独吞中国东北全境的计划最终破灭。
