焚书坑儒做为秦始皇残暴的证据，在历史上骂了已经有数千年，但同时人们对于焚书坑儒的质疑也没有停止。焚书在历史上记载明确，疑点并不多，基本上就是秦始皇为统一思想把儒家的《诗》《书》和六国史书全都烧掉了。
而坑儒却存在很多的疑点，以至如今形成了两个主要的分歧，一种是认为坑儒是存在的，秦始皇曾把460多名儒生一下坑杀，对于这方面有相关记载的有司马迁的《史记，儒林列传》西汉末孔安国《〈尚书〉序》西汉刘向《〈战国策〉序》，另外《史记·秦始皇本纪》中也有疑似记录。
但实际上焚书和坑儒是两件事，并不是同时发生的，焚书发生的诱因是秦始皇三十四年，以儒家博士淳于越为首的复古派，攻击郡县制。挑拨秦始皇的君臣关系不说，还要求废除郡县制，恢复分封制。并且提出执行儒家的一个主张，那就是师古，效法周朝。这跟秦始皇的统治理念不同，李斯就建议：史官非秦记皆烧之；非博士官所职，天下敢有藏《诗》《书》百家语者，悉诣守，尉杂烧之。
坑儒则是发生在焚书的第二年，给秦始皇求不死药的侯生、卢生跑了，不但跑了还议论朝政，诋毁秦始皇。这下把秦始皇激怒了，立刻下令彻查此事。我们知道不死药根本是不存在的，怎么可能禁得起查证，结果大批的方士，也就是术士被查了出来，对于这些招摇撞骗的人，秦始皇当然不会手软，就全部坑杀了。
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