焚書坑儒做為秦始皇殘暴的證據，在歷史上罵了已經有數千年，但同時人們對於焚書坑儒的質疑也沒有停止。焚書在歷史上記載明確，疑點並不多，基本上就是秦始皇為統一思想把儒家的《詩》《書》和六國史書全都燒掉了。
而坑儒卻存在很多的疑點，以至如今形成了兩個主要的分歧，一種是認為坑儒是存在的，秦始皇曾把460多名儒生一下坑殺，對於這方面有相關記載的有司馬遷的《史記，儒林列傳》西漢末孔安國《〈尚書〉序》西漢劉向《〈戰國策〉序》，另外《史記·秦始皇本紀》中也有疑似記錄。
但實際上焚書和坑儒是兩件事，並不是同時發生的，焚書發生的誘因是秦始皇三十四年，以儒家博士淳于越為首的復古派，攻擊郡縣制。挑撥秦始皇的君臣關係不說，還要求廢除郡縣制，恢復分封制。並且提出執行儒家的一個主張，那就是師古，效法周朝。這跟秦始皇的統治理念不同，李斯就建議：史官非秦記皆燒之；非博士官所職，天下敢有藏《詩》《書》百家語者，悉詣守，尉雜燒之。
坑儒則是發生在焚書的第二年，給秦始皇求不死藥的侯生、盧生跑了，不但跑了還議論朝政，詆譭秦始皇。這下把秦始皇激怒了，立刻下令徹查此事。我們知道不死藥根本是不存在的，怎麼可能禁得起查證，結果大批的方士，也就是術士被查了出來，對於這些招搖撞騙的人，秦始皇當然不會手軟，就全部坑殺了。
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