成吉思汗于1206年，在斡难河源，建立了蒙古帝国。之后，成吉思汗开始征伐西夏、金、西辽等国。经过成吉思汗、窝阔台汗和蒙哥汗的三次西征，蒙古帝国的疆域达到了巅峰，约2400万平方公里。
1259年，蒙哥汗去世，第二年，忽必烈和阿里不哥争夺汗位，蒙古帝国开始走向分裂。1264年，忽必烈击败了阿里不哥，可是，忽必烈的继承资格，并没有得到蒙古诸王的一致承认。此时，原属蒙古帝国的术赤、察合台、窝阔台、旭烈兀等四王，分别在自己的封底上独立，被称为四大汗国。
到了1271年，忽必烈改国号“大元”，自称“蒙古大汗”。之后，忽必烈灭亡了南宋，控制了中国的大部分地区。元朝，加上之前处于独立状态的四大汗国，其中包括术赤之子拔都建立的金帐汗国（又称钦察汗国），察合台建立的察合台汗国，窝阔台建立的窝阔台汗国，旭烈兀建立的伊儿汗国（又称伊利汗国），被并称为“五大汗国”。
其他还有一些小的汗国，分别依附于五大汗国，都是附庸关系，可以忽略不计。
窝阔台汗国
五大汗国中，窝阔台汗国最弱小，也最先灭亡。1309年，元朝和察合台汗国，将窝阔台汗国瓜分，窝阔台王投奔元朝，窝阔台汗国灭亡。蒙古五大汗国，重新回到了四大汗国。
元朝
元朝是第二个灭亡的汗国。1368年，明朝将元朝赶回了蒙古草原。元惠帝继续使用了“大元”的国号，历史上被称为北元。北元在大明军队的多次打击之下，1388年，北元退至捕鱼儿海（今天的中蒙边境贝尔湖）。明朝大将蓝玉率十五万明军，大破之，俘虏八万余人。1402年，窝阔台后裔鬼力赤杀死元帝，去“大元”国号。此后，北元余部被称为“鞑靼”。
1634年，女真击败鞑靼部落，归入了后金。皇太极继位后，改国号后金为清。明朝的疆土最后也被清朝占领。所以，元朝最终归入了大清，也就是中国了。
伊儿汗国
伊儿汗国（伊利汗国），因为是忽必烈的兄弟，所以，一直站在元朝一方。
该汗国的主要疆域位于现在的伊朗、伊拉克、阿塞拜疆、阿富汗西部、土耳其的部分疆域。
1335年后，伊儿汗国分裂为了多个王朝，主要包括穆扎法尔王朝、札剌亦儿王朝、丘拜尼王朝（又名楚邦王朝）、赛尔别达尔国等。
1355年，钦察汗国灭丘拜尼王朝。1393年，由突厥化的蒙古人建立的帖木儿帝国灭亡了札剌亦儿王朝。此后，伊儿汗国彻底归入了帖木儿帝国。
钦察汗国
钦察汗国核心地区在伏尔加河流域，主要占据东欧和中欧地区，一直到多瑙河流域。
1480年，钦察汗国可汗阿合马死于内乱，整个汗国开始分崩离析，莫斯科公国趁机独立。1502年，克里木汗国灭亡钦察汗国。直到1783年，莫斯科公国先后打败了从钦察汗国分裂出来的喀山汗国、阿斯特拉罕汗国、西伯利亚汗国及克里木汗国，自此，钦察汗国的主要疆域归入了俄罗斯沙皇国。
察合台汗国
察合台汗国，主要位于我国新疆天山南北、西藏，以及现在的吉尔吉斯、塔吉克、哈萨克、乌兹别克、土库曼等五个中亚国家。
1346年，察合台汗国分裂为东西两部分。
西察合台汗国，在1369年，被帖木儿帝国灭亡。
东察合台汗国，在现在的新疆区域，曾经奉明朝为宗主国。清朝时的1680年，东察合台汗国被准噶尔汗国灭亡，后归入清朝。