飞龙在天9783
答：隧道扫描显微镜和原子力显微镜，可以“看到”原子；但本质上说，原子是不可见的，我们看到的原子图像，都是计算机模拟出来的。
由于原子的尺度是在太小（10-9m），一般光子的波长已经远远大于该尺度；所以在微观世界，光并不能“照亮”原子，或者说原子没有形状和颜色的说法。
但是我们的确看过，隧道扫描显微镜拍摄到的原子图像，从隧道扫描显微镜的原理上说，我们并非看到原子，而是仪器“触摸”出原子的形状，再用计算机模拟出来的。
因为在微观世界，量子力学的不确定性原理将不能忽略，所以原子并没有明显边界，也没有颜色的属性。
取而代之的是基本作用力，隧道扫描显微镜和原子力显微镜的原理就是这样的。
利用超灵敏的探头去感知原子周围的力场分布，然后巧妙地把效应进行放大，从而得出原子附近的力场分布，然后计算机根据力场分布模拟出原子的形状。
比如下图，就是隧道扫描显微镜下，铜原子的模拟图：
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艾伯史密斯
人类是不能直接看到原子的，但借助科学仪器，可以看到原子。这个科学仪器就是扫描隧道电子显微镜。
中国科学院的物理研究所就有这种扫描隧道电子显微镜，我曾经去看过那个仪器。这个隧道显微镜是不是放在隧道里的，而是放在一个减震平台上——要隔绝北京北四环附近的汽车的车流等震动的影响。
那么，隧道到底是什么意思呢？其实，这里的隧道说的是量子力学的“隧道效应”。这个效应说的是微观粒子本来是翻不过一个势垒的，但可以通过借助真空的能量突然翻过势垒，然后出现在势垒的另一侧。
那么，扫描隧道电子显微镜是如何实现的呢？我们把一个金属板放在隧道显微镜下面，然后上面放一个探头。探头与金属板之间的距离是纳米级别。这个时候，金属板上的电子可以通过隧道效应飞出金属板，进入探头里。这样我们就可以看到原子的大概样子了。网络可以查到用扫描电子隧道显微镜拍摄的这些原子的照片，有的原子排成了ibm三个字，还有的原子排成了“中国”两个字。
潇轩
肉眼是看不到的，只能借助先进的科学仪器检测，然后模拟出原子图像等。看下面这幅动图
其实这是一部只有242帧的电影里的画面，名字叫做“男孩和他的宠物原子”。没错，你看到的那些点点，都是原子。比如那个宠物，是两个点，实际上那是一氧化碳分子。
这是怎么做到的呢？就是用扫描隧道显微镜完成的，这种显微镜除了开头说的可以“观察到原子”之外，还能去移动它们。
想要达到“观察”的目的，重要原理就是量子力学中的“隧道效应”。当探针和物体表面足够近时（纳米级），导致两者的波函数有叠加，就能让电子从原子窜到探针，形成所谓的隧道电流，这时候你将探针进行平移，那么由于表面结构的存在，接收的隧道电流大小就会变化（或者也可以保持电流大小不变，也即是让探针的高度时刻变化），很显然有了这数据，计算机就能模拟出排布图像。
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赛先生科普
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全家宝贝婴幼儿游泳馆
准确地说无法看到原子。“看”是可见光被人眼接收对事物产生的认知，比如可见光直接进入人眼或者通过显微镜和望远镜进入人眼。原子的大小都远小于可见光的波长，所以原子是无法看到的。不能看到但我们可以观测到原子，通过观测的信息变换成可视的图形，就当作我们看到了原子。就像核磁共振成像，观测和反馈都不是可见光的反射，只是最终结果是可见光图像而已。
lgp3651
普通人的肉眼看不到，超过了肉眼的可视范围，须借用仪器才可看到。但也有例外，我就无须借用仪器就能看到原子，还有原子核，电子。上面答主的原子图我看的很清楚，有一个小人在跳舞。我甚至能看到眼球上的原子，只要我睁开眼睛，整个世界都以原子的形式呈现在我眼里，有山有水有漂亮的房子，还有性感的美女。
人工智能风云
看不到，但是不代表不知道它的样子。探索过程大概是这样的。你把一颗篮球摆在那里（当然假设你看不到篮球）然后用大量的其它粒子轰击这颗篮球，那些打中这颗篮球的粒子会发生反弹，然后你去根据这些粒子反弹的路径角度来还原篮球的样貌。