耿弇字伯昭，是扶风茂陵人。他的父亲耿况，因为通晓经学做了郎官。耿弇从小好学，继承了父业。经常观看郡尉检阅骑士，树立旗鼓，演练骑马射箭，所以喜欢上了调兵遣将的事情。到王莽灭亡后，更始帝登上帝位，在各地侵占土地的将领，个个都专权武断，随意更换郡守、县令。耿况因为自己是王莽任命的官员，心里很不踏实。当时耿弇二十一岁，就辞别耿况带着奏章去面见更始帝，顺便进贡财物，谋求稳固自我。耿弇在路上听说光武帝在卢奴，就快马北上去拜见他，光武帝留他做了门下的一名小官。耿弇就去劝说护军朱祐，请求回乡征发士兵，去平定邯郸。光武帝笑着说：“小孩子还有这么大的抱负！”于是多次召见他加以慰劳。
光武帝即位，封耿弇为建威大将军。耿弇与骠骑大将军景丹、强弩将军陈俊到敖仓攻打厌新军，将他们全部降服。耿弇扈从光武帝到舂陵，借机晋见，自动请命北上上谷去征集未被征发的士兵，到渔阳平定彭宠，到涿郡攻取张丰，往东攻打张步，以平定齐地。光武帝认为他的志气豪壮，就答应了他。于是下诏令耿弇进讨张步。
当时张步定都剧县，派他的弟弟张蓝带着两万精兵驻守西安县，各郡太守还有其他一万多士兵守着临淄，两地相隔四十里。耿弇看到西安县城虽小却很坚固，而且张蓝的部队又很精锐，临淄虽看似强大，实际上却容易攻破，就把校尉们聚集在一起，说五天后要攻打西安县城。张蓝听到这个消息，日夜戒备防守。到了第五天的半夜，耿弇命令将军们早早地填饱肚子，天一亮就赶到临淄城。护军旬梁等人对此有争议，认为应该火速攻打西安城。耿弇说：“不该这样。西安方面听说我要攻打他们，日夜戒备防守，而临淄则出其不意，他们必然惊恐纷扰，我们用一天的时间就一定能拿下。拿下临淄则西安孤立，张蓝和张步被隔绝，一定又要弃城而去，这可谓攻击一城而得到两城。如果先攻打西安城，不能立即攻下，在坚固的城池前逗留，一定要死伤很多人。你们的话恐怕不太合适。”于是进攻临淄，半天就攻占了，进入城内据守。张蓝听到这个消息非常恐惧，带着他的队伍逃回了剧县。
耿弇命令军队不得轻易侵扰剧县，要等到张步出城才可攻取它，以此激怒张步。张步气势旺盛，直攻耿弇军营，和刘歆等交战，耿弇看到刘歆已经和敌军交锋，自己带着精兵从横向冲击东城下的张步部队，大败张步。耿弇的大腿被飞箭射中，他就用佩刀截断，左右没有人知道这件事。耿弇第二天又带兵出战，又大败敌军，杀死杀伤无数。光武十三年，光武帝增加了耿弇的封户与土地。每当各处有不同意见，仍然召耿弇入朝咨询方略。明帝永平元年，耿弇去世，终年五十六岁，谥号愍侯。
