所谓留抵税额就是一般纳税人的当期进项税额大于销项税额，不仅当期不用交税，超过的部分还可以留到下期继续抵扣。
留抵税额金额较大的情况主要存在于初创期的企业和“低销”“高进”的农机、生产服务等行业。比如初创期的企业，前期需要大量的投入，但同时销售还没有形成规模，投入购进的资产进项税额没有对应的销项税额抵减，形成大量留抵税额；再比如大型宾馆，销项税率为6%，购进不动产的进项税率9%，购进家俱、床上用品、卫生洁具的进项税率13%；
对于大型企业来说，动辙几千万的留抵税额，挤占着企业的资金，造成企业现金流的压力。同时2019年4月1日起不动产购进分两年抵扣的政策改变成一次性全额抵扣，企业进项税额可能进一步提前变多。但原来规定，留抵税额只能抵、不能退，只能挂在增值税的申报表上，成为镜中月、水中花。而经过此次增值税改革，留抵税额可以不仅能抵，还能申请退，成为真金白银。
根据《财政部税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局海关总署公告2019年第39号）的规定：自2019年4月1日起，全面试行留抵退税制度，不再区分行业，只要增值税一般纳税人符合规定的条件，都可以申请退还增值税增量留抵税额。
退税条件
条件一：看增量
自2019年4月税款所属期起，连续六个月（按季纳税的，连续两个季度）增量留抵税额均大于零，且第六个月增量留抵税额不低于50万。记住，增量留抵税额，是指与2019年3月底相比新增加的期末留抵税额，2019年3月的留抵税额余额永恒不变的基数。假如是2019年4月1日以后新设立的纳税人，由于2019年3月底的留抵税额为0，其增量留抵税额即当期的期末留抵税额。
假设A企业2019年3月的留抵税额
余额为100万元。2019年4月2019年9月六个月每月（按季的为每季）留抵税额余额都应大于100万元，2019年9月的留抵税额余额应超过150万元。
条件二：看规范
1、企业的纳税信用等级为A级或者B级；C、D、M级的都不符合条件，其中M级是新设企业，由于设立时间未跨过一个自然年，所以没有参加信用等级评定。
2、企业申请退税前36个月未发生骗取留抵退税、出口退税或虚开增值税专用发票情形的；
3、申请退税前36个月未因偷税被税务机关处罚两次及以上的；
条件三：看优惠
自2019年4月1日起未享受即征即退、先征后返（退）政策的。比如自2011年1月1日起，对纳税人销售其自行开发生产的软件产品，其实际税负超过3%部分实行即征即退。那么该企业就不能申请留抵退税。
以上条件必须同时符合。
退税计算
退税计算分三步，举个例子：
小何公司2019年3月底的留抵税额是100万元，2019年9月留抵税额是160万元，假设小何公司满足上述退税条件。
第一步：计算增量留抵税额：2019年9月留抵税额余额-2019年3月留抵税额余额=160-100=60万元
第二步：计算进项构成比例：
进项构成比例，为2019年4月至申请退税前一税款所属期内已抵扣的增值税专用发票（含税控机动车销售统一发票）、海关进口增值税专用缴款书、解缴税款完税凭证注明的增值税额占同期全部已抵扣进项税额的比重。
假设小何公司2019年4-9月进项税额合计500万元，进项税额包括：购进农产品自开收购发票的进项税额98万元、通行费电子发票税额1万元，出差人员的车票计算抵扣1万元，增值税专用发票注明的进项税额350万元、海关进口增值税专用缴款书注明的进项税额50万元。（350+50）/(98+1+1+350+50)=80%
第三步：计算当期允许退还的增量留抵税额：允许退还的增量留抵税额=增量留抵税额×进项构成比例×60%
允许退还的增量留抵税额=（160-100）*（400÷500）*60%=28.8万元。
增值税一般纳税人取得退还的留抵税额后，又产生新的留抵，要重新按照退税资格条件进行判断。特别要注意的是，“连续六个月增量留抵税额均大于零”的条件中“连续六个月”是不可重复计算的，即此前已申请退税“连续六个月”的计算期间，不能再次计算，也就是纳税人一个会计年度中，申请退税最多两次。比如小何公司退还了28.8万后，9月底留抵税额余额160-28.8万=131.2万元。需要到半年之后的2020年3月，如果条件再次满足，还可以再次申请退税。
由于新办企业只有等到信用等级确定为A、B级，才可以申请留抵退税。比如是2019年4月成立的，至少应等到2021年初才能申请退税，并以申请日前6个月的指标确定是否符合要求确定能否退税。
退税申请时间
由于留抵税额是个时点数，会随着增值税一般纳税人每一期的申报情况发生变化，因而提交留抵退税申请必须在申报期完成，以免对退税数额计算和后续核算产生影响。
申报调整
增值税一般纳税人取得退还的留抵税额后，应相应调减当期留抵税额，并在申报表和会计核算中予以反映。
同时对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额，可以调整各项附加税的计税依据。各项附加税也可以随之少交，真是意外的惊喜。
出口企业处理
增值税一般纳税人出口货物劳务、发生跨境应税行为，适用免抵退税办法的，办理免抵退税后，仍符合留抵退税规定条件的，可以申请退还留抵税额，也就是说要按照“先免抵退税，后留抵退税”的原则进行判断；同时，适用免退税办法的，相关进项税额不得用于退还留抵税额。
