明朝建立之初,明太祖在國家管理機制上承襲元制。後取消了中書省,廢除了丞相,把丞相權力分散到吏、戶、禮、兵、刑、工六部,直接聽命於皇帝。在地方,改行中書省為承宣布政使司,其轄境與元之行省略同而稍有分割。各布政使司下轄府、州、縣,由朝廷任命的命官為行政長官。縣之下有鄉、都、圖或鄉、裡(社)等基層單位,實行保甲制度、糧長制度和老人制度,並藉助於宗法維持基層的穩定,同時也作為國家權力的延伸。
各省還設立了專門的司法機構提刑按察使司。提刑按察使掌管全省的刑事案件(民事案件歸布政使司管),但其審理權限僅限於徒刑及以下的案件,徒刑以上的案件必須報到刑部審理,經都察院"糾察",大理寺"駁正"後,報皇帝親裁。在軍事上,明太祖將原大都督府的權力分散給中、左、右、前、後五軍都督府。
五軍都督府各不統屬,分別管理京城以及各地的都指揮使司、行都指揮使司、留守司以及直轄的衛所。都司下轄衛、千戶所、百戶所。衛所平時只負責訓練,其調動權和指揮權則由皇帝直接掌握。在邊鎮民戶稀少的地方,衛所也兼管民戶。軍人有獨立的、與民戶相區別的軍戶。一般來說,軍戶的家屬隨軍駐紮,電田(軍電)墾荒以自養。軍戶世代相襲。
省級的承宣布政使司、提刑按察使司和(行)都指揮使司合稱"三司"各自獨立,相互牽制,以利於皇帝的控制。但一旦發生戰事,"三司"往往互相扯皮推諉,貽誤戰機。後由朝廷派巡撫到各地統籌管理地方事務,成為"三司"的上級。起初,巡撫只是臨時職務,辦完事情回來覆命,後來逐漸變成了地方常駐長官(影響到清朝)。但巡撫只能指揮一省的軍事行動,若遇到軍事行動牽涉到幾個省的時候,朝廷又派地位比巡撫更高的總督來協調各省的行動。到了明末,總督的權力也不足以應付戰事,朝廷不得不派大學士為督師統轄各總督。
在監察制度上,明太祖罷御史臺,置都察院,設左右都御史。各省設十三道監察御史("道官"),名義上是由都察院派到地方監督檢查工作的,但實際上只對皇帝一人負責。六部設六科給事中("科官")。
御史和給事中俗稱言官,擁有廣泛而重大的職權,如左右言路、彈効百官、按察地方等,大凡從中央到地方的各級衙門、從宦官到百官、從國家大事到社會生活,都在言官的監察和言事範圍之內。有時甚至可以通過無形的社會輿論(如利用"天象示警")制約皇帝,使之不可過於胡作非為,對維持長達二百多年的明代國家機器運轉起了很大的作用。
後來巡按權力擴大,搜取了監察以外的行政、軍事權,出現了監察官員行政化的趨勢。有時也淪為黨爭的工具。明太祖還親手製定明代法典一《大明律》,親自編訂《御製大造》,以貫徹其"重典治國"、強化專制統治、維護封建倫常秩序的基本思想。他還"發明"了"廷杖"之刑,並賦予錦衣衛以偵察、監視、審訊、關押之權,實行特務統治。廷杖、錦衣衛獨立於"三法司"之外,起到法外加刑的作用。
由於明太祖將立法、行政、司法、軍事和監察五大權力集於一身,使中央集權的專制統治在洪武年間達到了前所未有的高峰。但皇帝一個人的精力、能力畢竟有限,難以處理紛繁複雜的各種事務。明太祖不得不選拔一些有才幹但品級不高的人來幫助他處理事務這些人稱為殿閣大學士。
永樂以後,內閣設立,大學士參與機要事務逐漸成為定製。其主要任務是代皇帝批答臣僚章奏,並將擬訂的意見寫在票簽上,進呈給皇帝裁決,稱為"票擬"。大學士品級雖然不高,但位顯權重,其中的內閣首輔後來雖無丞相之名而行丞相之實,成為明代政治的特色之一。內閣制不僅影響了清代的政治體制,而且對西方的現代政治體制也有所啟示。
明太祖在位期間,明令不許宦官干政。但明成祖及其以後的皇帝撤開"祖制",有意利用親信宦官來制約內閣的權力,並在官內設立內書堂,培養識文斷字、有一定行政能力的"知識太監"(有的大監本來就有一定的文化,後主動自閹入宮),並委以代皇帝"批紅"、蓋印、鎮守、巡視、監礦、監軍等重任。其首監司禮監還"提督"臭名昭著的特務機構一一東廠。御馬監則兩度設置西廠,與東廠分庭抗禮。有明一代,宦官弄權現象經常發生,特別是在皇帝荒唐或息政的時候,出現了王振、汪直、劉瑾、高準、魏忠賢等禍國映民的"權宦",使朝政一片黑暗。
在軍事上,由於衛所只有練兵權而無調兵權,若遇戰事,朝廷臨時派去的統兵將領(總兵)往往因"將不知兵"而削弱了戰鬥力。永樂之後,總兵逐漸由臨時差遣變成有特命的軍務、特定的權限、相對穩定的任期、明確的鎮戍區域的長駐將領。原來的都指揮使地位下降,逐漸成為總兵的助手。
一般來說,由於明朝實行文官節制武官、內官節制外廷的政策,總兵的權力往往受制於鎮守文官(巡撫、總督)乃至鎮守中官(皇帝派來的太監),但在特定的背景下(發生戰事),總兵的權力也常常放大,甚至能夠招募私兵(如威繼光的"戚家軍"、俞大猷的"俞家軍"等)。在明末大規模戰爭的背景下,還出現了吳三桂這樣擁兵自重的地方軍閥,他們投降清軍加速了明帝國全面崩潰的進程。
