明朝建立之初,明太祖在国家管理机制上承袭元制。后取消了中书省,废除了丞相,把丞相权力分散到吏、户、礼、兵、刑、工六部,直接听命于皇帝。在地方,改行中书省为承宣布政使司,其辖境与元之行省略同而稍有分割。各布政使司下辖府、州、县,由朝廷任命的命官为行政长官。县之下有乡、都、图或乡、里(社)等基层单位,实行保甲制度、粮长制度和老人制度,并借助于宗法维持基层的稳定,同时也作为国家权力的延伸。
各省还设立了专门的司法机构提刑按察使司。提刑按察使掌管全省的刑事案件(民事案件归布政使司管),但其审理权限仅限于徒刑及以下的案件,徒刑以上的案件必须报到刑部审理,经都察院"纠察",大理寺"驳正"后,报皇帝亲裁。在军事上,明太祖将原大都督府的权力分散给中、左、右、前、后五军都督府。
五军都督府各不统属,分别管理京城以及各地的都指挥使司、行都指挥使司、留守司以及直辖的卫所。都司下辖卫、千户所、百户所。卫所平时只负责训练,其调动权和指挥权则由皇帝直接掌握。在边镇民户稀少的地方,卫所也兼管民户。军人有独立的、与民户相区别的军户。一般来说,军户的家属随军驻扎,电田(军电)垦荒以自养。军户世代相袭。
省级的承宣布政使司、提刑按察使司和(行)都指挥使司合称"三司"各自独立,相互牵制,以利于皇帝的控制。但一旦发生战事,"三司"往往互相扯皮推诿,贻误战机。后由朝廷派巡抚到各地统筹管理地方事务,成为"三司"的上级。起初,巡抚只是临时职务,办完事情回来复命,后来逐渐变成了地方常驻长官(影响到清朝)。但巡抚只能指挥一省的军事行动,若遇到军事行动牵涉到几个省的时候,朝廷又派地位比巡抚更高的总督来协调各省的行动。到了明末,总督的权力也不足以应付战事,朝廷不得不派大学士为督师统辖各总督。
在监察制度上,明太祖罢御史台,置都察院,设左右都御史。各省设十三道监察御史("道官"),名义上是由都察院派到地方监督检查工作的,但实际上只对皇帝一人负责。六部设六科给事中("科官")。
御史和给事中俗称言官,拥有广泛而重大的职权,如左右言路、弹効百官、按察地方等,大凡从中央到地方的各级衙门、从宦官到百官、从国家大事到社会生活,都在言官的监察和言事范围之内。有时甚至可以通过无形的社会舆论(如利用"天象示警")制约皇帝,使之不可过于胡作非为,对维持长达二百多年的明代国家机器运转起了很大的作用。
后来巡按权力扩大,搜取了监察以外的行政、军事权,出现了监察官员行政化的趋势。有时也沦为党争的工具。明太祖还亲手制定明代法典一《大明律》,亲自编订《御制大造》,以贯彻其"重典治国"、强化专制统治、维护封建伦常秩序的基本思想。他还"发明"了"廷杖"之刑,并赋予锦衣卫以侦察、监视、审讯、关押之权,实行特务统治。廷杖、锦衣卫独立于"三法司"之外,起到法外加刑的作用。
由于明太祖将立法、行政、司法、军事和监察五大权力集于一身,使中央集权的专制统治在洪武年间达到了前所未有的高峰。但皇帝一个人的精力、能力毕竟有限,难以处理纷繁复杂的各种事务。明太祖不得不选拔一些有才干但品级不高的人来帮助他处理事务这些人称为殿阁大学士。
永乐以后,内阁设立,大学士参与机要事务逐渐成为定制。其主要任务是代皇帝批答臣僚章奏,并将拟订的意见写在票签上,进呈给皇帝裁决,称为"票拟"。大学士品级虽然不高,但位显权重,其中的内阁首辅后来虽无丞相之名而行丞相之实,成为明代政治的特色之一。内阁制不仅影响了清代的政治体制,而且对西方的现代政治体制也有所启示。
明太祖在位期间,明令不许宦官干政。但明成祖及其以后的皇帝撤开"祖制",有意利用亲信宦官来制约内阁的权力,并在官内设立内书堂,培养识文断字、有一定行政能力的"知识太监"(有的大监本来就有一定的文化,后主动自阉入宫),并委以代皇帝"批红"、盖印、镇守、巡视、监矿、监军等重任。其首监司礼监还"提督"臭名昭著的特务机构一一东厂。御马监则两度设置西厂,与东厂分庭抗礼。有明一代,宦官弄权现象经常发生,特别是在皇帝荒唐或息政的时候,出现了王振、汪直、刘瑾、高准、魏忠贤等祸国映民的"权宦",使朝政一片黑暗。
在军事上,由于卫所只有练兵权而无调兵权,若遇战事,朝廷临时派去的统兵将领(总兵)往往因"将不知兵"而削弱了战斗力。永乐之后,总兵逐渐由临时差遣变成有特命的军务、特定的权限、相对稳定的任期、明确的镇戍区域的长驻将领。原来的都指挥使地位下降,逐渐成为总兵的助手。
一般来说,由于明朝实行文官节制武官、内官节制外廷的政策,总兵的权力往往受制于镇守文官(巡抚、总督)乃至镇守中官(皇帝派来的太监),但在特定的背景下(发生战事),总兵的权力也常常放大,甚至能够招募私兵(如威继光的"戚家军"、俞大猷的"俞家军"等)。在明末大规模战争的背景下,还出现了吴三桂这样拥兵自重的地方军阀,他们投降清军加速了明帝国全面崩溃的进程。
