風鈴閣閣主
大家好，我是枯藤老樹，很高興回答這個問題。
明獨裁、清專制，故明有內閣，清有軍機處，理論上講，內閣、軍機處都是皇帝處理政務的秘書處，並無決策權，但是在皇帝無能、軟弱、懶惰的時候，明朝內閣大臣經常與權監勾結，從而繞開皇帝直接進行決策。
明太祖廢宰相制度，延續數千年的宰相制度就此終止，但是帝王精力的有限性與皇權擴大的無限性是背道而馳的，所以才會有秘書處的產生。
明內閣
明朝內閣是明朝建文四年（1402年）至崇禎十七年（1644年）的皇帝諮政機構，也就是秘書處。
之後因為皇帝個人原因，內閣權力逐漸增大，內閣逐漸成為明朝行政中樞。內閣輔臣的人數為一人至七人不等，為首的便稱為首輔，如張居正，輔臣奉使出外辦事，多自稱閣部。
然而，雖然內閣首輔有票擬的權力，但卻不得不依賴於內部太監送達批紅。首輔大學士的職權如同以往的丞相，但必須與宦官合作，才能執掌大政，如張居正結合馮保。
明朝廢除宰相制度，設立內閣制度，本質上是廢除相權，加強皇權。所有權利集中於皇帝一人，皇帝英明，則國家安定富強，如朱棣，皇帝無能，則國家黑暗動盪，如天才木匠白痴皇帝天啟。
清軍機處
枯藤老樹文明史
內閣和軍機處是加強皇權的兩種嘗試，但並不是首創，早在漢武帝時期就創立了內朝制度，以尚書作為皇帝的秘書班子，常在宮內與皇帝商議軍國大事。這與丞相為首的中央行政機構相區別，丞相的行政班子稱為外朝。放眼封建君主專制社會，加強皇權的手段就是加強內朝的權力，削弱外朝的智能，最終導致秘書機構的地位高於行政機構，而權力集中於皇帝。
明朝的內閣制度就是這種嘗試，首次廢除丞相制度，由皇帝直管行政中樞，內閣只是皇帝的諮詢機構，但因明朝後繼皇帝的不作為，內閣逐漸變成中樞機構。清朝的軍機處則很好的秉承了秘書的絕色，真正做到了集權於皇帝。
明朝內閣制度的演化
明清兩朝是我國封建社會君主專制走向頂峰的階段，明太祖藉著胡惟庸案的機會廢除丞相制度，或者說胡惟庸案就是朱元璋為了廢相而自導自演的“前戲”。
在此之後，中書省領導六部的行政格局已經打破，故而六部直接受皇帝領導，對皇帝負責，皇帝為了提高行政效率，於是就設立內閣為行政顧問，所以打根兒上，內閣就不是正式的行政機構。這就意味著皇帝一人身兼兩職，皇帝丞相合二為一，這就加大了皇權，但同時也增加了皇帝的工作量。
朱元璋是一位勤勉的皇帝，他對皇位的來之不易深有體會，所以在朱元璋時期，設立內閣只是為了提供意見，作為處理政務的參考。所以朱元璋時期也並沒有內閣之稱，只是參照宋朝設置華蓋殿、武英殿、文淵閣、東閣諸大學士，以大學士作為諮詢對象，這就是內閣的雛形。
到了明成祖時期，由於北伐的軍務繁忙，簡單的諮詢並不能幫助皇帝分擔壓力，所以就正式成立內閣，參與輔政，內閣只擁有議政權，六部擁有行政權，決策者當然還只能是皇帝。
（三楊：楊士奇、楊榮、楊溥）
明宣宗時期，三楊輔政幫助這位年輕的皇帝梳理了治國理政的章程，從而也將閣臣的地位空前提高，內閣開始掌握“票擬”權。就是指內閣對奏章進行意見的草擬，草擬完之後，再由皇帝硃批，形成政令。這就意味著國家的大政方針開始出於內閣的意見。因為三楊同時兼任著部院尚書職位，所以也開啟了閣臣掌管實權的模板。
到了景泰年間，王文以最高監察機構長官——都察院左都御史、兼任吏部尚書的身份入閣，再次提升內閣的權力。到此時，內閣就不算一個諮詢機構了，而是一個文官集團代表機構，他們通過票擬權主導國家政策，重新構成了對皇權的威脅。
在複雜的官僚體系下，閣臣形成的利益集團背後擁有大批言官，他們是閣臣向皇帝施壓的尖兵利器，皇帝在行政上的妥協，往往只能通過另一種權力制約——司禮監！所以明朝中後期的內閣成了外朝，司禮監成了“內朝”。
司禮監掌印太監、秉筆太監代行“批紅”權，成為皇帝制約內閣的主要方式。這就是一個惡性循環，倘若是嘉靖皇帝這樣的權術高手，那麼這種方式確實有用，但倘若皇帝不夠精明，也就會出現宦官禍害朝政的局面。萬曆皇帝即位之初，票擬權由內閣首輔張居正主導，批紅則全由大伴馮保代替，皇權受到嚴重威脅。
（駕馭有術的嘉靖帝）
所以明朝的內閣制度總體上是失敗的，它由一個秘書機構演變成權力中樞，這就失去了內閣的意義。皇帝為了制約內閣權重的問題，以司禮監宦官作為“秘書”，從而一發不可收拾，成為宦官專政的導火索。這些權力制約中，內閣與六部、司禮監形成矛盾體，首輔與次輔也形成矛盾體，這是黨爭形成的重要原因，黨爭又成為行政效率低下的致命毒藥。所以明末內外形勢窘迫的情況下，尚有言官的相互抨擊，這都是權力集團扔出的利劍，抨擊政敵的同時，也插入了大明王朝的心臟。
清朝的軍機處的產生與職能
清朝在努爾哈赤時代形成了極具滿族特色的“八王議政”制度，隨之演化成“議政王大臣會議”制度，這是軍事民主決議的形式。它對滿清迅速強大併入主中原的意義重大，然而在奴隸主向封建王朝的跨度中，滿清統治者對明朝舊制取其精華去其糟粕，逐步改制中樞，將皇權推向了無以復加的頂峰。
（議政王大臣會議形式）
清朝的封建化以及君主集權是在皇太極時期開始，但仍然未改變議政王會議的形式。到順治親政後，由於長期受到漢文化影響，故而開始了大刀闊斧的政治改革，旨在將一個軍事合議政府改變為有序的文治政府。但順治帝只進行了三年的改革就神秘去世，除了以內三院為基礎建立內閣以外，只留下“日講起居官”的陪讀秘書模板，這種模板對後世帝王的改革提供了經驗。
（四大臣）
順治帝為年僅8歲的玄燁留下了輔政體系，即非宗室親貴的索尼、遏必隆、蘇克薩哈、鰲拜，四位議政大臣成了他的輔政團隊。這四位輔政大臣廢除了內閣，將順治帝的漢化機制一一拋棄。當鰲拜獨大之後，輔政體系的平衡徹底被打破，他將“議政王大臣會議”以及內閣之權攬於一身，再次對皇權形成威脅。
康熙八年（1669），在滿臣索額圖、漢臣黃錫袞、王弘祚等人的支持下，清除了以鰲拜為首的政治集團。年僅15歲的康熙自此開啟了父親沒能完成的漢化改革，第一步便是重啟內閣，並將內閣制度細化完善，使其成為正式的國家行政體系中樞。
（鰲拜經典影視形象）
與明朝一樣，康熙賦予內閣票擬權，但削弱了首輔的地位，內閣大學士輕其權而重其名。然後保留“議政王大臣會議”的決策權，內閣在這個時期就成為辦實事兒的行政機構，所以也就被“排擠”成外朝。
“朕不時觀書寫字，近侍內並無博學善書者，以致講論不能應對。今欲於翰林內選擇博學善書者二員，常侍左右，講究文義。”——《康熙起居注》與此同時，康熙參照順治帝的日講起居官，從漢族文人中挑選伴讀，旨在汲取治國良策。於康熙十六年（1677年）在禁城之內設陪讀書房，這就是著名的南書房。
（南書房）
起初，南書房供職人員不得參與外朝政務，只是偶爾受皇帝特旨承擔草擬職能，可隨著三藩之亂的發展，康熙帝政務愈加繁忙，遇有急奏時召集“議政王大臣”多有不便，於是經常於南書房內以陪讀文臣作以參謀機要，將內閣外朝政務分撥至“內廷”處理，進而使南書房的職能逐漸轉變，愈加接近核心權力圈。
故而到了康熙中後期，形成了內閣、議政王大臣會議、南書房三者皆涉機要的局面，即“大事關大臣；群事關內閣；撰擬諭旨則關南書房”。長此以往，南書房因近水樓臺之便，成了皇帝的機要參謀機構。
雍正七年（1729年），雍正帝為籌備對準噶爾部的戰事，於戶部之下設立軍需籌備專項機構——軍需房。這也是參照了南書房的模式，以信任的親王、大臣做軍事行動的參謀。隨著戰事的發展，雍正帝將軍需房遷至禁宮門外，以便提升軍務處理的效率，由此也更名為“辦理軍機事務處”。
軍機大臣都是兼職的形式，雍正帝隨時召見軍機大臣詢問戰況、聽取意見、作出裁決、軍機大臣根據旨意草擬文書，不經內閣，直接發給有關官員執行。這在提高戰時軍務處理效率的同時，也削弱了內閣的權力，而軍機處只是上傳下達，皇權得到了空前強化。
（軍機處）
雖然軍機處是為籌備戰事設立，但他對雍正帝的啟發就是君主集權的重要性，所以雍正帝在之後不斷分解內閣、議政王大臣會議的權力。
密摺制度就是最好的方式，大臣繞過禮部通呈司，直接向皇帝上報機要的摺子。這曾經是康熙帝監視江南反清復明活動的工具，曹雪芹的祖輩在江陵織造乾的就是這種監視工作。雍正皇帝為了加強皇權，將這種制度擴大化，規定凡五品官員皆賜密奏之權。
我國第一檔案館現存康熙朝密摺3119件，雍正朝的則達到4萬餘件，這無疑是增加了雍正皇帝的負擔，所以軍機處就順理成章的成為雍正帝的閱折機構，這與內閣的票擬權如出一轍。
到了乾隆時期，軍機處職能逐步增加，首先就是編制上：軍機大臣額定擴充至六人，軍機章京擴充至十六人，滿漢各半，凡有重要策令下發，由軍機處直接辦理的為“庭寄”；由軍機大臣轉交內閣辦理的則稱“明降諭旨”。軍機處在乾隆朝形成了中樞地位，將內閣推向了日常行政機構的位置。
在這種情況下，議政王大臣會議則徹底失去了存在的意義。乾隆五十八年（1793），裁撤了議政大臣的職務，決策權完全收歸皇帝。
和珅出任領班軍機大臣，憑著乾隆帝的信任，和珅要求“凡有奏摺令具副本關會軍機處”，漸而參與決策，將軍機處的權力擴大。此時已經不是秘書機構了，正如明朝的內閣，他已經形成了與皇權的威脅。
嘉慶帝完全掌控政權後，及時糾正了這個局面，通過重其職能，輕其權力的方式，削弱軍機處的權力，但並未改變其中樞的地位。嘉慶帝時軍機大臣“承命辦事”，這才算是皇帝的秘書兼跑腿，它雖具中樞職能，卻在形式上始終處於臨時機構，因此無法形成與皇權的抗衡。
從嘉慶帝到咸豐帝期間，軍機大臣的品階始終無定製，任免權完全由皇帝掌握，道光時還規定，各處發往軍機處的奏摺必須先經皇帝之手後，軍機大臣才能閱覽。
（總理衙門）
咸豐十一年（1861），隨著總理各國事務衙門的成立，軍機處便失去決策權。慈禧發動辛酉政變後，開啟了以親王擔任首席軍機大臣的慣例，這雖然提高了軍機處的規格，但在慈禧掌權的期間，無論是重新設立的議政王，還是親王掌管的軍機處，都只是一個參謀機構，並無實際權力。
光緒十年（1884年），中法戰爭失利，慈禧將軍機大臣全體罷黜，以醇親王奕譞、禮親王世鐸、慶親王奕劻充入軍機，史稱“甲申易樞”。這標誌著軍機處淪為慈禧的權力工具，並沒有任何實際作用。直到宣統三年（1911年），立憲派以責任內閣取代了舊內閣和軍機處，從此再無皇帝的秘書機構。
（預備立憲）
綜上，無論是明朝的內閣，還是清朝的軍機處，從根本上都不屬於行政中樞，但在發展中都添加了行政中樞的色彩。明朝的內閣在前期有助於君主專制的加強，但到中後期發展至皇權的對立面。清朝的軍機處則較為完整的承擔了秘書角色，只是在乾隆帝時期出現了插曲，在權臣和珅的影響下，觸摸到了皇權的尾巴。所以軍機處能夠代表君主專制發展至鼎峰，而內閣算是為這個鼎峰做了鋪墊，是一次不錯的嘗試。
參考資料：《中國通史》、《明史》、《清史稿》、《康熙起居注》、《永憲錄》
棍哥觀史
內閣制度始創於明朝太祖朱元璋時期，當年他誅殺胡惟庸廢除丞相制度後，直接指揮六部百官，殫精竭慮，可事實上偌大的明帝國，就算朱元璋精力多旺盛也很難做到事事完美，於是他就必須弄個“秘書班子”，來協助自己處理政事，內閣制度就是這樣開始的了。
洪武十五年，仿造宋朝制度，朱元璋設立華蓋殿、武英殿、文華殿、文淵閣、東閣大學士，統稱為殿閣大學士，只負責顧問問詢，不直接參與政事，這就是內閣的雛形。到了明成祖朱棣時期，內閣制度正式定了下來，規定四殿二閣必須選翰林官入閣，然後按照學士、大學士逐步升遷，以多人取代秦漢以來的丞相一人。
以明史所記，朱棣之後，內閣的職責有所增長，為“獻替可否，奉陳規誨，點檢題奏，票擬批答”，就是顧問、輔弼、上書、按照皇帝的指示來批答六部的題奏，然後再下發六部執行。由於內閣沒有直接統領六部的原因，其主要權力全部集中於皇帝，加上有諫官勢力和司禮監太監的多重鉗制，所以有利於加強皇權。
到了清朝，依舊設立內閣，仿明中後期，其地位居於百官之首，可由於清朝是滿人當政，所以在清早期，議政王大臣會議才是真正的政務中心，全由滿洲貴族當任，至於內閣，則更像只是用來收買漢人人心的手段而已，其權力完全無法與議政王大臣會議相比。
清康熙年間設立南書房，將議政王大臣會議和內閣各自抽調了一部分政權交於南書房，實際上也是康熙用來集權的一種手段罷了。到了雍正時期，鑑於西北戰事持久，故在隆宗門北邊設立軍機處，專門管理西北軍務，可在西北戰事平定之後，軍機處卻因為直接受命於皇帝而保留了下來，“掌軍國大事，以贊機務”，之後繼續發展之下，就連政務也管了，而內閣、南書房、議政王大臣會議雖都保留了下來，可權力已經幾乎沒有，南書房甚至只能管理皇家書畫了。
也多虧了清朝皇帝沒一個像明朝中後期皇帝那樣慵懶不理政事，所以軍機處也沒發展成為明朝內閣那樣集較多權力的情況，是真正意義上地君主集權的頂峰。
