治療灰指甲的外用藥僅限於針對灰指甲研製的專用藥物，常用的是「5%阿莫羅芬甲搽劑」。
針對腳氣的外用抗真菌藥膏（比如達克寧、特比萘芬等）對灰指甲的療效通常都不好，因為藥膏比較難滲透到甲板裡面去。
使用外用藥治療灰指甲比口服藥治療的主要優勢是發生嚴重不良反應和藥物相互作用的風險極低。
然而，外用藥治療的療程通常比口服藥更長，並且治癒率更低，特別是對於廣泛性病變的灰指甲，治療效果不好。
「5%阿莫羅芬甲搽劑」的用法是一週1次，持續6個月，治癒率50%左右，有證據表明阿莫羅芬聯合口服抗真菌藥可以提高治癒率。
使用時，先將病甲表面用一次性銼刀銼去並用酒精消毒後，再開始一週1次使用「阿莫羅芬」。手指甲感染一般治療6個月，腳趾甲感染治療9-12個月。
灰指甲也分很多類型，如果是下圖這種白色淺表型的灰指甲，因為感染部位比較淺表，
外用「5%阿莫羅芬甲搽劑」通常就足夠治癒了。 較厚的、營養不良的指(趾)甲通常難修剪，且在活動時引起疼痛。去除角化過度的指(趾)甲殘片有助於減輕上述症狀。
可以使用如下夜間療法：
● 在甲周皮膚上塗一層厚厚的醫用凡士林保護層
● 在指(趾)甲上塗一厚層40%的尿素乳膏或軟膏
● 用繃帶或膠帶封包指(趾)甲過夜
● 晨起用肥皂和清水洗淨尿素乳膏
● 每晚重複上述步驟直到指(趾)甲變軟易於剪掉或清除
對於指(趾)甲增厚不是非常嚴重的患者，不封包通常也足以減輕指(趾)甲的過度角化。
拔指甲通常僅用於單純藥物治療無效的患者。通常在外科手術撥除指甲之後還需外用或口服抗真菌藥治療，如果不繼續用藥，容易復發。
最後再強調一下，所有治療灰指甲的方法都有較高的失敗率 。而且，長期複發率為20%-50%。無論是治療失敗還是治療成功後復發，都可以再嘗試換藥進行治療。
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