针刺原则就是临床上指导正确施用针刺的纲领，在《黄帝内经》中对针刺的原则有大量的论述，其中主要的论述如下：
一、明确辨证
针刺是《内经》中治疗疾病的主要手段，但能否正确运用针刺，首先在于能否有一个正确的辨证。《内经》中虽然没有明确提出“辨证”一词，但在经文的叙述中却反复强调。如《灵枢·官能》说：“用针之理，必知形气之所在，左右上下，阴阳表里，血气多少，行之逆顺，出入之合，谋伐有过。”为了确保辨证的正确，《内经》中的不同篇章提出了许多诊查方法。辨证主要是为了弄明白疾病的阴阳、寒热、表里、虚实、气血的多少及疾病所涉及的脏腑、经络、病位，并据此确定针刺治疗的取穴、针具的选择、针刺的深浅、留针与否及时间的长短、针刺手法等。可见，《内经》中强调辨证当是能否正确针刺的前提条件。
二、法天则地
这是天人相参思想的具体体现。在当时背景下，古人认为人生活于自然界中，与自然界中的万物一样，要随着自然界的变化而变化。一年有春夏秋冬四季，人体气血阴阳也要随着消长。因此，针刺时应掌握自然界变化对人体的影响，并根据自然界的变化来决定针刺治疗的一些具体措施。如《素问·八正神明论》曰：“用针之服，必有法则焉……凡刺之法，必候日月星辰、四时八正之气，气定乃刺之。”基于此原则，在《内经》中出现了根据不同时间进行针刺的理论。
关于按时针刺的理论，在《黄帝内经》中主要集中在两方面：一是据月之盈亏变化来决定针刺的具体措施。如《素问·八正神明论》曰：“月生无泻，月满无补，月郭空无治，是谓得时而调之。”二是据四时来决定针刺的具体措施。即根据四时季节的不同而选择腧穴，针刺深浅亦不同。根据一年中有五时和四时两种说法，又可以分为以四季立论和五季立论两类。古人是从不同针刺要求的角度来说明按时针刺的重要性。实际上，这也是“因时制宜”思想在针灸应用中的具体体现。《内经》时期的按时针刺理论，应是后世子午流注针法等按时针刺方法的滥觞。
三、补虚泻实
这是《内经》中运用针刺治病的重要原则。在《黄帝内经》的许多篇章中，都有对针刺虚实补泻的论述，而且这是《内经》针刺原则中强调最多的。《灵枢·经脉》“盛则泻之，虚则补之”和《灵枢·根结》“有余者泻之，不足者补之”，是《内经》中针刺补泻的一般总则。这是基于病情虚实的基础上遵循的一种针刺原则。至于具体的补泻原则，则根据虚实所涉及的内容不同而不同。如《灵枢·终始》“人迎一盛，泻足少阳而补足厥阴”，是据阴阳的盛虚而定补泻原则。《素问·调经论》“血有余，则泻其盛经出其血，不足，则视其虚经，内针其脉中，久留而视，脉大，疾出其针，无令血泄”，“气有余则泻其经隧，无伤其经……不足则补其经隧，无出其气”，则是据气血虚实而确定补泻原则。不管是阴阳虚实补泻原则，还是气血虚实补泻原则，均要根据具体情况决定补泻先后。
《黄帝内经》中基本上遵循“先补虚，后泻实”的原则。《内经》中虚实补泻原则的应用，不但要以病情虚实为前提，而且还要根据患者的自身状况，即《灵枢·通天》所说的“古之善用针艾者，视人五态乃治之，盛者泻之，虚者补之”。
四、因人制宜
即针刺治疗时要视患者的具体情况而定。从《黄帝内经》对这一原则的论述中可以明确地看出来，古人对该原则也非常重视。这一原则在《内经》中的应用，主要体现在两方面：一是据患者的体质决定针刺施治的具体措施，二是据患者性情不同决定相应的针刺措施。应该说，《内经》遵循因人而异的指导思想，始终是针刺的基本原则之一。
五、因地制宜
即根据地域特点而制定不同的治疗方法。这也是《黄帝内经》中针刺遵循的原则之一。《素问·异法方宜论》论述的就是东西南北中五个不同地域所需要的不同治疗方法或工具。如“北方者……其地高陵居，风寒冰冽，其民乐野处而乳食，脏寒生满病，其治宜灸焫”。又如“南方者……其地下，水土弱，雾露之所聚也，其民嗜酸而食跗，故其民皆致理而赤色，其病挛痹，其治宜微针，故九针者，亦从南方来”。由《黄帝内经》的论述可以理解，由于地理环境、生活习俗及气候等方面的差异，人体的生理、病理状态等有所区别。因此，在治疗时应选用不同的治疗方法或治疗工具。
实际上，《内经》中关于针刺的使用原则问题在当时已经较为成熟，《灵枢·禁服》“盛则泻之，虚则补之，紧则先刺而后灸之，代则取血络而后调之，陷下则徒灸之”，则说明了不适宜针刺治疗的疾病，可用灸法来治疗，在以前写过的文章“针刺的宜忌”中也有更详细的介绍。
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