建文帝在南京城被燕王朱棣圍困時，黃子澄當時不在現場，而在蘇州募兵。為了表示與與建文朝共存亡的決心，他毅然派人將妻子許氏與四個兒子從老家分宜接到南京，拉入了血腥戰場。不久，南京陷落，朱棣當上了皇帝，黃子澄被人告發，押到了南京。
大堂之上，成祖朱棣親自審問黃子澄，黃子澄卻傲然斥責："陛下以兵力奪取富貴。要不是皇上寬容忍讓，哪有你今天的位置？"成祖裝作一臉和善的樣子勸黃子澄："早聞先生博學，善讀書，不像方孝孺那樣執迷不悟，我可以赦免你的全部罪過。"
黃子澄笑答"富貴不過瞬息之事，談什麼輕重？殿下你既然做出如此悖謬不化之事，恐怕子孫後代有一天也仿效你的作法。"成祖聞言，臉色驟變，半天說不出一句話，只得改變話題："你為什麼想渡海搬兵與我抗衡？"
黃子澄言道："皇祖起義兵以定天下，因殿下的勇力蓋世，授你為藩王，擁有重兵，為的是保衛皇室，而你現在不去平定北方胡虜，反而與天子爭奪天下，自相殘殺。我不過是想借外族之力，這與殿下你的叛逆謀反難道有什麼不同嗎？"
成祖自知理屈，惱羞成怒，下令將黃子澄的族親六十五人及妻族外親三百八十一人都押了過來，一時哀號震天，黃子澄依然面不改色。成祖說："我就知你一定不會為我效勞，給你筆紙寫自供吧。"
黃子澄提筆書道："我黃子澄乃是先帝時的文臣，沒有盡到職責，早早削除燕王，以致成就了他今日的兇殘，給國家造成了今天如此之大禍，但願後代子孫千萬不要效仿才是。"
成祖見書，勃然大怒，命刀斧手先將其手砍去，然後對黃子澄說："你雖未渡島成功，卻已足跡至海上。"遂又命截去了黃子澄的雙足，最後將其肢解而死。那一年，黃子澄只有35歲，凡江西籍親族皆被斬首，姻親外族一律發配戍邊。
黃子澄矢志不渝，為正義事業獻身，不愧為明朝一代忠臣。明正德十五年（公元1521年），朝廷下詔令為黃子澄平反昭雪，說他是忠臣，在江西分宜縣建成"太常忠臣祠"；清乾隆年間，追諡忠愨"音確，誠篤忠厚的意思，
因此人們後來又稱黃子澄為"黃忠愨"。大忠臣黃子澄，為建文朝的仁政流盡了最後一滴血，他雖然被朱棣處以誅九族的酷刑，但他的鐵骨錚錚、大義凜然的氣節卻永遠留存在人民的心中。
