靳源春
我认为是有影响的，至少在数据上存在影响。
先分析没有影响的方面：
所谓没有影响，就是扣缴义务人未将扣缴税款解缴入库，被扣缴人依然可以进行综合所得汇算清缴，可以提交年度汇算清缴申报表，通过汇算清缴退税或者补缴税款，未解缴税款事项，被扣缴人是没有责任的。这个《个人所得税法实施条例》第三十一条是有明确规定的。
被扣缴人受影响方面
影响也是显而易见的。
综合所得个人所得税汇算清缴，非接触办理途径，除了邮寄，就是在自然人电子税务局办理，或者手机端个税app办理或者web端办理。
以手机端个税app办理为例，汇算清缴无论是简易模式还是标准申报模式，可查询的数据来自扣缴申报数据，扣缴义务人未申报和未解缴的税款是无法查询到的，在这种情形下，如果使用已申报数据自动生成综合所得年度汇算申报表，已预缴税款是不包含扣缴义务人未解缴入库税款数据的，如果扣缴义务人未解缴扣缴税款原因未申报，那么收入数据也不包括未扣缴义务人未申报部分。
也就是说，扣缴义务人未将扣缴税款解缴入库，至少纳税人在自然人电子税务局的缴纳税款和实际是不符合的，如果纳税人按实际扣缴税款申报，那么必须通过修改已预缴税款甚至涉及到修改收入数据，亦或者通过自行填报模式申报，不能直接使用已申报数据汇算清缴，使用已申报数据，那么意味着扣缴义务人未解缴的税款没有在计算应缴税款减除。
修改已预缴税款，按实际扣缴填报，那么已预缴税款就大于自然人电子税务局可查询到的已缴税款，提交了申请，系统审核会认为是疑点数据，必须人工审核，人工审核也是疑点数据，必须提供被扣缴证据，也就是说，如果存在被扣缴人未将扣缴税款解缴入库的情形，你通过修改已预缴税款汇算清缴，必须先把相应的证据准备好，证明这些自然人电子税务局未存在的税款已经被扣缴义务人扣缴了。
因此，数据的影响是存在的。
新税视点
扣缴义务人，既非纯粹意义上的纳税人，又非实际负担税款的负税人，只是负有代为扣税并缴纳税款法定职责之义务人。它的义务由法律基于行政便宜主义而设定，为法定义务。它同样要面对国家和征税机关，常常会同时扮演纳税人的角色，他们的很多基本权利应该是一致的。因此把扣缴义务人与实际纳税人一起归入纳税人的概念范畴，在实际的税收征纳关系中，有利于保护扣缴义务人在税法上的权利。
依法办理扣缴税款登记。根据新的政策精神，所有扣缴义务人都必须办理扣缴税款登记。对扣缴义务人实施扣缴税款登记制度，是对扣缴义务人进行税务管理的基础。考虑到许多扣缴义务人同时也是纳税人，为减少其负担，简化手续，对办理了税务登记的，税务机关不再发放扣缴税款登记证件，可以在税务登记中增加有关扣缴税款登记的内容，在税务登记证件上标注扣缴税款登记的标志。
依法接受账簿、凭证管理。新《税收征管法》第19和20条规定，扣缴义务人应当按照有关法律、行政法规和国务院财政、税务主管部门的规定设置账簿，根据合法有效凭证记账，进行核算。扣缴义务人的财务、会计制度或者财务、会计处理办法与国务院或者国务院财政、税务主管部门有关税收的规定相抵触的，依照国务院或者国务院财政、税务主管部门有关税收的规定计算代扣代缴和代收代缴税款。
扣缴义务人，一般指公司比较多，代扣缴了，就需要按时缴税费。没有交税费，一种情况：是扣缴人资金链出了问题，无法完成代缴。这种情况要联系扣缴人什么情况，督促其完成。另外是：忘记支付，这种只需提醒下，对方完成即可。
不要忘记税票哦
Mahone东哥
老周在这可以很负责任的告诉你，没有这会事。
扣缴义务人未将扣缴的税款入库，而纳税人还可以退税？这样的操作显然是不可能发生的，只能说有些人把税务局的退税审核流程想的太简单了。
先说说税务局的退税审核流程。
第一步，人审。
纳税人想要申请退税，必须先由税务大厅人员进行受理审核，主要审核退税所需要的资料是否齐全，而退税所需要的一个重要的资料就是完税凭证的原件或者复印件，如果没有这个，税务大厅是不会受理你的退税的。而这扣缴义务人若没有将扣缴的税款入库，肯定是没有完税凭证的。这第一步就将你挡在退税的流程外了，怎么可能不影响纳税人退税？
第二步，机审。
如果你退税的资料都准备齐全了，经第一步审核没有问题，那么下一步就是在税务局的金三系统走退税流程了。在这就能体现金三系统的强大了，金三系统会监控扣缴义务人的缴税记录，会自动对缴税额和申请退税额进行比对，系统会自动计算出可退税余额，如果扣缴义务人没有将税款入库，那么可退税余额就是零，就没法走下一步了，但退税流程必须通过金三系统才能走完。这也是通过金三系统对税务干部的监督，以防一些税务干部里的蛀虫利用职权乱退税，以权谋私，所以，未入库的税款是根本走不了退税流程的。
第三步，终审。
前两步骤都是税务局在完成，而这第三步的终审并不是税务局在操作，而是人民银行的金库管理部门在审核。
一些对财税工作不太了解的人可能一直都以为，纳税人去税务局交税，都以为把钱交到税务局的账户上去了，其实税务局是没有专门的收税账户的，纳税人交的税款直接就划转到当地人民银行的国库去了。所以，一旦发生退税，都是税务局审核完毕后再资料递交的人民银行的国库再审核的，只有人民银行国库同意退税，这钱才能退到纳税人的账户上去。
看到这儿，想必你也大概了解了退税审核是多么的严格，你问题中提到的事情根本不可能发生。
