1938年6月,日軍當局打開存放於南京的北平故宮博物院文物575箱,清點所得8096件。
1939年5月19日至6月18日,日本佔領軍對存放於南京的故宮文物進行“清理”,參加人員有日軍司令部人員、招聘專業人員和辦事員等120多人,日軍士兵405人,對2,272箱文物進行“清點、整理”,內中包括玉牒、紅檔、實錄541箱、普通檔案1271箱、圖書類475箱、地圖類15箱,其它25箱。其中重要者有清實錄、聖訓、玉牒300件,御筆、書畫34件,玉、象牙、珊瑚、硯墨、陶瓷器、銅器317件,玉座、御案、御璽等11件,以及頤和園部分文物99件,計761件,其他如檔案、器具、兵器、圖書、綢緞、首飾等不計其數。
1939年6月23日，日軍連續兩日轟炸湖南湘陰縣城,“千年歷史古鎮,被炸成了瓦礫場”，眾多文物葬身火海。
1941年2月9日,日軍闖入內蒙古召廟王愛召,瘋狂搜索珍貴文物，經日軍三天洗劫，召廟內嵌有寶石的釋迦牟尼銀質佛像、珍貴的經卷、銀質鍍金馬鞍、弓箭，以及各式壁掛、地毯等被搶劫一空。同年10月18日，日軍大肆焚燒浙江慈溪縣陽覺殿，該殿大部被毀，內中文物蕩然無存。
1942年5月4日,日機先後兩批轟炸雲南保山縣城，“保岫公園的中山禮堂、圖書館、閱報亭均被炸燬,嵌於壁間和展列於入口處的歷代石碑無一完整”，太保山麓元代建築法明寺內所保存的文物毀壞嚴重。
1942年8月至1944年2月，貪婪的日本侵略者僅在北平故宮博物院內搜刮金缸金屑和鐵器等，就劫得220餘噸,故宮內銅缸66口、銅炮1尊、銅燈亭97件亦遭日軍搶奪。
此外，如北平研究院收藏的陝西寶雞鬥雞臺文物300多件、中央博物院籌備處存於北平的宋清瓷器、繡花屏風等88件、南齊石刻佛1尊、山西趙城佛寺壁畫4塊、乾隆五彩瓷籩豆等，金陵女子文理學院的星鏡、蟠螭鏡、菱花鏡、宋鏡、青銅劍、青銅戈等50餘件文物先後被日本佔領軍劫奪。
抗戰勝利後的1946年3月，經過四個多月的全國文物損失調查登記，初步統計出戰時我國公私文物損失，計有書籍、字畫、碑帖、古物、儀器、標本、地圖、藝術品、雜件等共3607074件又1870箱。
在日軍侵華時期，國人們目睹了日軍對中國文物的掠奪。時任國民黨軍營長的郭歧在《陷都血淚錄》中寫道：仇英的山水畫，趙子昂的馬，董仲舒、陸潤癢的字畫，岳飛的親筆題字，八大山人的字畫，古版《西廂》，古官宦的瓷器及歷代的各種瓷瓶古物等，平常人不容易看到的傳世之寶，如今散亂於市，遭日軍蒐羅劫掠。
當時日軍官兵、記者的日記，也確證了日軍對南京文物的洗劫。時任日本上海派遣軍副參謀長上村利道大佐，在1937年12月27日的日記中寫道：“南京城內有學術價值的貴重物品，被愚昧的士兵們搜尋掠奪，一件件地被毀壞。”侵華日軍老兵山田仁曾回憶道：“去過難民區……盯上了城裡的石獅子，偷來後捆包起來送往日本，是送給哪個大人物的。”
《讀賣新聞》的特派記者小俁行男還以自己的親歷親聞揭露了日軍將唐玄奘頂骨舍利盜回日本一事：1941年11月，日軍在南京中華門外修建神社時發現了唐玄奘的佛骨，謊稱要將佛骨全部移交給汪偽政權，並舉行了移交奉迎儀式，但事實上暗中將部分佛骨盜往日本。
日本博物館裡的中國文物
1945年8月31日國立中央博物院籌備處主任李濟致國民政府教育部呈文所附《我國曆年被日本掠奪文物清冊》記載,日本公開收藏掠奪來的中國文物的公私機關即有東京帝室博物館（東京國立博物館）、東方文化研究院京都研究所、御影嘉納白鶴美術館、東京細川侯爵府、東京帝國大學文學部陳列室、東京大倉集古館、關東廳博物館、伊勢徵古館等63家，其中比較著名的文物有戰國式銅壺、殷墟出土的白陶、彩陶、居庸關石刻等501類。
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