孔興燮，字起呂，一字調五，號輔垣，孔子第六十六代嫡孫，生於明崇禎九年（1636）二月十一日。崇禎十七年（1644）以公世子身份授二品冠服，清順治五年（1648）三月襲封衍聖公，當時年僅十三歲。孔興燮早年喪父，由其母陶太夫人撫養長大，因此對母親非常孝順，遇事也是先諮詢母親後再定奪，他曾對人說：“人子當養母，吾今尚為母養也。”乾隆《曲阜縣志·孔氏宗子》又記載其“蚤孤，生母陶夫人教育之。稍長，事母孝甚。襲爵時年甫十三，已凝重能自立，臨事剛果有氣識，尤日夜以繼先人志。為念飭廟庭修禮樂諸頹廢事，悉綱舉而目張之，俾復舊制”。
隨著孔氏族眾人丁的繁衍增多，明代諸帝就曾專門要求衍聖公端肅族人管理。順治六年（1649），清帝福臨又專門勅諭新襲爵的衍聖公孔興燮：
國家功成治定，必先重道崇儒。特於先師孔子聿隆象賢之典，其大宗之裔錫爵嗣封，承奉祀事。即支庶亦加優遇。但族屬繁衍，賢愚不同。該府官員，恐有依恃公爵肆行無忌，慢上欺下，侵吞騷擾，大累地方。今朝綱整肅，法紀嚴明。爾其統攝宗姓，督率訓勵，申飭教規，使各恪守體度，無玷聖門。如有輕犯國典、不守家規、恃強越分、朋比非為，輕則徑自察處，重則據實指名參奏，依律正罪。爾尤宜率族奉公，謹德修行，身立模範，禁約該管官員役，俾之一遵法紀，毋致驕橫生事，庶不負朝廷優加盛典。爾其欽承之。（《孔府檔案》0096卷）
順治七年（1650）孔興燮赴京朝覲，清帝福臨賜宴於禮部，命禮部尚書李若琳伺陪，再賜天字號程羊酒一宗，晉孔興燮太子少保銜。順治八年，又晉少保兼太子太保，一舉將衍聖公的加銜升至最高。同時，清廷對衍聖公的優禮也臻於至境，國家層面上因之制定了接待衍聖公的專門禮儀：順治八年規定，衍聖公來朝，每日“給羊一、鵝二、酒六瓶、面二十斤、鹽醬各二斤、黃蠟燭十枝、茶二斤”（《欽定大清會典則例·卷九十七》）。衍聖公來朝時，設宴於禮部，要由禮部尚書作陪：“凡衍聖公來朝，燕於禮部，以尚書陪燕。是日，設賓主席於後堂，東向，以南為上。博士席北向，以西為上。設香案於露臺上，乃速賓。衍聖公入儀門降輿，尚書迎於堂簷下，揖，又旅揖博士。詣香案前，聽贊行三跪九叩禮，畢。乃坐。光祿寺官奉茶酒饌，和聲署作樂。燕畢，詣香案前謝，恩行一跪三叩禮。畢，送如迎儀。”（《欽定大清會典·卷五十七》）到了乾隆六年重定中和韶樂之時，更是對衍聖公來朝時的宴饗場所和用樂分別作出了具體規定：“衍聖公來朝賜燕於禮部，五魁舞，樂奏洙泗發源長之章。賜恩榮燕於禮部，奏啟天門之章。鷹揚燕於兵部，奏和氣洽之章。行鄉飲酒禮於順天府，庠歌鹿鳴，笙御製補南陔之章；門歌魚麗，笙御製由庚之章，合樂關睢。”（ 《欽定大清會典·卷五十八》）
順治八年夏四月，清世祖又遣右副都御史劉昌詣闕里祭告孔子：“朕惟治統緣道統而益隆，作君與作師而並重。先師孔子無其位而有其德，開來繼往，歷代帝王未有不率由之而能治天下者也。朕奉天明命，紹纘丕基。高山景行，每思彰明以光敷至教，而祀典未修曷以表敬事之誠，登嘉平之理？茲遣專官虔祀闕里，儀惟備物，誠乃居歆，伏惟格思，尚冀鑑饗。”《清史稿·職官志》記載，順治九年九月，“世祖視學釋奠，召衍聖公孔興燮及四氏博士赴京陪祀觀禮，自後以為常。十三年，依例授光祿大夫。”順治九年清世祖視學禮成的次日，孔興燮率諸聖賢后裔具表謝恩。同日，清世祖賜宴於禮部，並賞賜孔興燮貂冠、朝服等物，並將各聖賢后裔送監讀書，“嗣是歷代舉行以為常”（《清史稿·選舉志·學校一》）。順治十年（1653），清帝福臨又下詔將臨近曲阜的明代德、魯兩個藩王的舊藩地劃撥給衍聖公府。同年，孔興燮還重修了孔氏族譜。在歷史上，孔氏宗子的重要職責除了奉祀先師、護衛林廟外，就是“收宗合族”，而篡修族譜無疑正是宗子收族的最好辦法，並且，通過譜牒的續修，可以“詳世系，聯疏親，厚倫誼，嚴冒紊，序昭穆，務遺忘”。衍聖公孔興燮則站在儒學義理的角度上更認為：“世系詳而淵源浹，可以作孝，合遠為近，合散為聚。即分而千其人、百其人，胥以吾一人之心視之，可不謂仁焉。長長幼幼，弟也。為大宗為小宗，粲乎秩然，弗敢以冒越也。”（《孔府檔案》第0790卷之一）順治十三年，巡監御史王秉乾出銀二千兩，並動勸僚屬，公捐重修孔廟奎文閣。十七年（1660），清世祖又行臨雍釋奠，再詔衍聖公孔興燮率各博士、各氏子孫入京陪祀觀禮。康熙二年（1663），分守東兗道參議張弘俊又倡募重修了奎文閣、聖蹟殿、宋元碑亭、大中門、角樓等建築。
孔興燮能詩，工書畫，曾修整篡定《世家宗譜》二十三卷。
清康熙六年（1667）十一月，孔興燮病逝，時年三十二歲。清聖祖玄燁遣官致祭，葬儀及撫卹優禮一如前代之例。
孔興燮承襲時間雖短，但多有建樹，經過明末戰亂，林廟建築、祭器多有損毀，其努力經營，維修聖廟，刊訂譜牒，整修禮樂祭器。所以孔繼汾《闕里文獻考·世系》論述說：“闕里經明季寇亂，禮樂不修，百事廢墜，幸遇興朝，重道尊師超越前古，而六十五代公感激新恩，竭力修復，功緒未竟旋即告終。公既承世爵，日夜以繼志為事。凡祖庭之圮壞者、禮樂之殘缺者、以及百事之頹廢者，悉綱舉而目張之，彬彬乎頓復舊制。”《清史稿·儒林列傳》亦載其“事母甚孝，凝重有器識。飭廟庭，修禮樂，諸廢悉舉。”
孔府舊藏六十六代衍聖公孔興燮衣冠像
孔興燮元配馮氏，涿州人，明領少保兼太子太師、禮部尚書，清領中和殿大學士馮銓之女孫，明崇禎九年二月十六日生，清順治十年二月二十日卒，行年十八歲；繼配呂氏，宛平人，大寧都指揮使司指揮使馮茂勳之女孫、贈中憲大夫馮邦爝之女，明崇禎十一年八月初十日生，清康熙五十七年三月十六日卒，享年八十一歲。
孔興燮二子：孔毓圻、孔毓埏。女三：長適吏部尚書奉天張士甄之長子、大理寺左評事張光鏞，次適禮部尚書萊陽沙澄之次子、貴州都勻知府沙汝洛，三適山西分守冀寧道布政使司參議聊城劉元遠之子、歲貢生劉鐸。
