針刺原則就是臨床上指導正確施用針刺的綱領，在《黃帝內經》中對針刺的原則有大量的論述，其中主要的論述如下：
一、明確辨證
針刺是《內經》中治療疾病的主要手段，但能否正確運用針刺，首先在於能否有一個正確的辨證。《內經》中雖然沒有明確提出“辨證”一詞，但在經文的敘述中卻反覆強調。如《靈樞·官能》說：“用針之理，必知形氣之所在，左右上下，陰陽表裡，血氣多少，行之逆順，出入之合，謀伐有過。”為了確保辨證的正確，《內經》中的不同篇章提出了許多診查方法。辨證主要是為了弄明白疾病的陰陽、寒熱、表裡、虛實、氣血的多少及疾病所涉及的臟腑、經絡、病位，並據此確定針刺治療的取穴、針具的選擇、針刺的深淺、留針與否及時間的長短、針刺手法等。可見，《內經》中強調辨證當是能否正確針刺的前提條件。
二、法天則地
這是天人相參思想的具體體現。在當時背景下，古人認為人生活於自然界中，與自然界中的萬物一樣，要隨著自然界的變化而變化。一年有春夏秋冬四季，人體氣血陰陽也要隨著消長。因此，針刺時應掌握自然界變化對人體的影響，並根據自然界的變化來決定針刺治療的一些具體措施。如《素問·八正神明論》曰：“用針之服，必有法則焉……凡刺之法，必候日月星辰、四時八正之氣，氣定乃刺之。”基於此原則，在《內經》中出現了根據不同時間進行針刺的理論。
關於按時針刺的理論，在《黃帝內經》中主要集中在兩方面：一是據月之盈虧變化來決定針刺的具體措施。如《素問·八正神明論》曰：“月生無瀉，月滿無補，月郭空無治，是謂得時而調之。”二是據四時來決定針刺的具體措施。即根據四時季節的不同而選擇腧穴，針刺深淺亦不同。根據一年中有五時和四時兩種說法，又可以分為以四季立論和五季立論兩類。古人是從不同針刺要求的角度來說明按時針刺的重要性。實際上，這也是“因時制宜”思想在針灸應用中的具體體現。《內經》時期的按時針刺理論，應是後世子午流注針法等按時針刺方法的濫觴。
三、補虛瀉實
這是《內經》中運用針刺治病的重要原則。在《黃帝內經》的許多篇章中，都有對針刺虛實補瀉的論述，而且這是《內經》針刺原則中強調最多的。《靈樞·經脈》“盛則瀉之，虛則補之”和《靈樞·根結》“有餘者瀉之，不足者補之”，是《內經》中針刺補瀉的一般總則。這是基於病情虛實的基礎上遵循的一種針刺原則。至於具體的補瀉原則，則根據虛實所涉及的內容不同而不同。如《靈樞·終始》“人迎一盛，瀉足少陽而補足厥陰”，是據陰陽的盛虛而定補瀉原則。《素問·調經論》“血有餘，則瀉其盛經出其血，不足，則視其虛經，內針其脈中，久留而視，脈大，疾出其針，無令血洩”，“氣有餘則瀉其經隧，無傷其經……不足則補其經隧，無出其氣”，則是據氣血虛實而確定補瀉原則。不管是陰陽虛實補瀉原則，還是氣血虛實補瀉原則，均要根據具體情況決定補瀉先後。
《黃帝內經》中基本上遵循“先補虛，後瀉實”的原則。《內經》中虛實補瀉原則的應用，不但要以病情虛實為前提，而且還要根據患者的自身狀況，即《靈樞·通天》所說的“古之善用針艾者，視人五態乃治之，盛者瀉之，虛者補之”。
四、因人制宜
即針刺治療時要視患者的具體情況而定。從《黃帝內經》對這一原則的論述中可以明確地看出來，古人對該原則也非常重視。這一原則在《內經》中的應用，主要體現在兩方面：一是據患者的體質決定針刺施治的具體措施，二是據患者性情不同決定相應的針刺措施。應該說，《內經》遵循因人而異的指導思想，始終是針刺的基本原則之一。
五、因地制宜
即根據地域特點而制定不同的治療方法。這也是《黃帝內經》中針刺遵循的原則之一。《素問·異法方宜論》論述的就是東西南北中五個不同地域所需要的不同治療方法或工具。如“北方者……其地高陵居，風寒冰冽，其民樂野處而乳食，髒寒生滿病，其治宜灸焫”。又如“南方者……其地下，水土弱，霧露之所聚也，其民嗜酸而食跗，故其民皆致理而赤色，其病攣痺，其治宜微針，故九針者，亦從南方來”。由《黃帝內經》的論述可以理解，由於地理環境、生活習俗及氣候等方面的差異，人體的生理、病理狀態等有所區別。因此，在治療時應選用不同的治療方法或治療工具。
實際上，《內經》中關於針刺的使用原則問題在當時已經較為成熟，《靈樞·禁服》“盛則瀉之，虛則補之，緊則先刺而後灸之，代則取血絡而後調之，陷下則徒灸之”，則說明了不適宜針刺治療的疾病，可用灸法來治療，在以前寫過的文章“針刺的宜忌”中也有更詳細的介紹。
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