老兵東雷
獨立APP運行於手機，基於瀏覽器的應用屬於B/S結構。兩者有比較明顯的區別。
我也喜歡使用獨立APP應用。從技術角度分析，原因是:
APP交互界面更好
獨立APP，與用戶交互的界面更加友好。B/S結構的交互界面，實質上是網頁。屬於嵌入式界面。
再交互操作時，APP更加方便。而網頁式的，可能遇到需要滾動條，或者某些交互的控件被遮擋。特別是B/S式應用，在不同瀏覽器打開時，可能存在佈局不合理情況。
APP運行更加流暢
獨立APP的可執行代碼及其固定資源，在安裝時就存在手機上，調用、存儲比較快捷。
而B/S結構的應用，可執行代碼在服務器端，服務器進程速度和網絡速度決定了應用的反應速度。不論是服務器線程太多或者網速過忙，都使交互存在卡頓、拖延問題。給人感覺就是不流暢。
APP打開更快捷
基於B/S結構的應用，需要先打開瀏覽器，再從收藏或標籤中打開應用的地址。雖然也可以把應用地址存於桌面上，打開時還是會先打開瀏覽器。啟動應用，存在明顯的延遲。
獨立APP直接打開，進入操作界面。
當然，APP也有不足之處。即佔用手機存儲空間。特別是緩衝數據，一旦長時間運行，佔用存儲空間會比較大。需要認為清除緩存數據，才可以釋放存儲空間。
不過，從使用體驗而言，絕大多數人喜歡獨立的應用APP。
湧進風雲
原因很簡單。
——之前的回答好像有些答非所問，我理解錯意思了抱歉——
在瀏覽器運行的應用會存在一些比較常見的問題，一是每次加載都需要消耗搭建流量，而不是像獨立應用一樣本地緩存，二是存在廣告彈出的問題，比如運營商的廣告劫持，這個直接關係到用戶體驗，比如離線使用，和流量消耗，是否卡頓的問題。
當然還有最重要的一點，基於瀏覽器的應用是無法上架各類應用市場，也無法出現在各種應用相關的網站，而只能獨立在自己，或者平臺的網頁中，所以推廣引流本就存在天然性的問題。
另外，基於網頁的應用成本比獨立的一般都低一些，那麼相關公司的宣發也會因為資金存在推廣不到位，導致用戶量偏少。
以下是原回答——
基於瀏覽器殼層開發的h5+app需要的成本和時間都遠遠低於原生開發的app，其實這就說明了一個明顯的根源，那就是平臺的資金問題。能快速開發精緻原生app的企業機構，肯定要比使用h5app的企業要有錢，於是就可以有充裕資金安排人員，提供更好的服務器。
答案到上面就已經結束了，但是我還想再補充一些。
什麼是基於瀏覽器的app？
一般的web網頁做成手機app的樣子，然後封裝一層瀏覽器底層框架提供支持的殼，就可以實現和app接近的效果。但是無論是在線的網址進行封裝，還是本地網頁封裝，還是最近興起的通過內置接口的封裝殼來實現和原生功能沒多大差別的h5+app，都能算作是基於瀏覽器的app。
它們都有個小小的優勢，就是快，而且成本低，基本上如果沒有那麼多時間，或者成本開發原生app的，都會選擇這種形式。
而且裡面的h5+app已經是現在正在慢慢普及的，它可以做到和原生app沒有任何區別的效果，所以你有時候看到的原生app，其實本質上還是基於瀏覽器封裝網頁，只是它的效果讓人無法辨別。
我之前有個安卓的同事，對這種app都分辨不出來，可以想見題主也會有這種可能。
所以，應該說，比較粗糙的基於瀏覽器的app，一般都不火，真正精緻的那些，一般不是專業人士，也分辨不出來。
極端吐槽
自帶預覽器插件廣告，第三方太多，不如從新下載純淨預覽器好用
科技達人俱樂部
原生應用，從速度到穩定性都優於H5
