千島湖是國家I類水體，是浙江省、杭州市的綠色天然屏障。從灌溉航運到發電旅遊，再到備用水源和飲用水源，千島湖功能變遷給淳安縣保護與發展提出了日益嚴峻的挑戰。尤其是在成為正式飲用水源後，淳安縣高質量保護與發展的資金瓶頸特別突出。
首先，千島湖水生態保護補償一直以政府為主，但隨著水源功能變化和配水工程的建設，受益的市場主體邊界越發清晰，補償主體也應由單一的政府補償向包含政府、用水戶、社會群體的多元補償主體轉變。淳安縣是國家重點生態功能區，千島湖生態補償政府主體包括國家、省、市、縣四級。而在千島湖配水工程通水後，隨著“誰用水”和“用多少”等信息明確，由單一的政府補償轉向由政府和市場相結合的補償方式是大勢所趨。
其次，完善千島湖水生態補償機制需要體現完整的生態補償思想，即需要對每一類因保護千島湖水生態環境而承受利益損失的主體給予補償。在體現“誰保護，誰受益”原則的同時，千島湖水生態補償不僅需要補償保護者的直接投入或損失，而且需要補償保護的機會成本，包括補償政府的環保投入和稅收損失，補償企業的利潤損失，補償居民的收入損失和心理落差等，從而使參與千島湖水生態保護的政府、企業、居民能共同受益。
最後，補償標準與測算方法密切相關。傳統的測算方法包括機會成本法、排汙權價格法、水權交易法等，它們旨在基於單一參照對象測算淳安縣因為保護千島湖而面臨的成本或損失。這四種方法下的測算結果相對一致，即15.90-28.40億元之間。當使用支付意願法基於下游地區用水戶的主觀意願進行生態補償金額評估時，杭州地區市民對淳安縣進行水生態補償的支付意願評估值在9.11-15.20億元之間。若引入潛在受水地嘉興的生態補償支付意願，評估值可以達到11.11-23.29億元，接近其它四類方法下的水生態補償金額。
圍繞如何完善千島湖水生態保護補償機制、優化千島湖水生態補償框架，寧波大學商學院謝慧明教授等提出了對策建議，具體內容如下：
第一，需要統籌黃山、淳安和建德關係
需要在現有生態補償框架基礎上構建多層級水生態補償機制，包括新安江流域跨界生態補償機制、杭州市生態補償機制和千島湖配水工程專項生態補償機制。通過新安江流域跨界生態補償機制協調與黃山的關係，通過杭州市生態補償機制協調杭州與淳安的關係，通過探索建立千島湖配水工程專項生態補償機制協調淳安與建德的關係。
第二，需要理順政府與市場的作用關係
在未來一段較長時期內，政府依然會主導生態補償的地區實踐。因此，在處理當地政府與國家電網關係時應以千島湖功能變化為依據收歸管理權限，至少是水資源的調度權限。在處理當地政府與居民關係時應以提高百姓獲得感為標準配置補償資金，至少讓淳安居民在配水工程補償中有實質性獲得。在處理當地政府與市場的關係時應以市場化為原則提高補償標準，至少可以局部試點市場化補償標準，包括推進產業富民、實行水權交易、完善“飛地”模式等。
第三，需疊加居民生態支付的補償機制
多元補償主要是指補償主體多元。多元補償主體可以指不同層級政府，如中央政府、浙江省政府和杭州市政府等；也可以指同一地方政府的不同部門，如林水口的工程補償和環保口的治理補償等；還可以指排汙企業或受益居民等。推進多元水生態補償機制需要注意以下幾個環節：加強政府宏觀調控，明確多元補償中的政府定位；讓生態支付成為生態補償資金的必要組成部分；在階梯水價制度框架下體現水資源的優質高價。
第四，需要釐清補償邊界完善補償框架
一方面需要釐清保護性補償、破壞性賠償和上級財政轉移支付的邊界，為淳安能夠爭取到更多生態保護獎懲資金提供依據。另一方面，需要完善千島湖水生態補償框架，在理清補償邊界的基礎上明確生態補償資金來源，為淳安爭取到更多的生態補償資金開闢渠道。在縱向和橫向一體化的補償體系中，千島湖水生態補償的主體包括政府、企業和居民三類；各類主體之間的補償方式可以是縱向財政轉移支付、橫向財政轉移支付、水價加成、提高水資源費等多種方式的綜合。
第五，生態補償可以與其他財政支持政策並存
生態補償是專題性補償。對於即使不承擔特殊生態保護任務的區域同樣也需要上級政府託底。因此，生態補償與其他財政支持政策可以同時並存。對淳安縣而言，即使給以每年20億元的生態補償資金，仍然不能解決淳安的所有問題。因此，還需要兩大政策予以支持：一是生態補償以外的財政轉移支付，以解決加快發展縣和沿湖整治的託底資金所需；二是支持淳安縣在堅持保護優先的前提下走綠色發展之路，例如以生態旅遊為主的綠色服務業、以生態水業為主的綠色工業、以生態農產品為主的綠色農業等。
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