思想認識滯後
一是危機意識淡薄。長期以來，囿於對大自然與客觀世界認知的侷限性和自然資源富足的表象，以及輿論導向的偏差或誤導，使得人類尤其是國人乃至各級政府及管理部門均普遍存在盲目的優越感，資源環境憂患意識和危機感嚴重缺失，並進一步為生物多樣性和生態環境破壞埋下伏筆。
二是發展觀念滯後。長期的貧困落後、物質匱乏與經濟發展遲滯，使得國人脫貧致富奔小康的意願過度強烈，功利主義大行其道、色彩濃厚以致過度短視，片面追逐經濟總量規模與增速或不切實際的“跨越”發展，而忽視發展的內在質量效率與資源環境成本。同時，誤讀發展的真正要義，將“發展”簡單等同於增長，一味專注於眼前利益、暫時利益、局部利益和短期效益，對發展的科學性、和諧性、均衡性、包容性、可持續性和“以人為本”的全面協調平衡性缺乏足夠認識。
三是認識膚淺。基於生物多樣性喪失過程的漸進性、隱蔽性、長期性和複雜性等客觀原因，迄今，眾多管理者尤其是廣大農民群眾乃至科技人員依然尚未真正全面認知和把握生物多樣性在資源環境保護與生態文明建設中的重要地位、作用及深遠意義，或依然停留於“治汙”、“護林”的初始水平，對更深層次的生物多樣性尤其是農業生物多樣性的概念、內涵及重要性缺乏基本認知或一知半解，對生物多樣性喪失帶來的嚴重惡果知之甚少，認識缺位、模糊或片面膚淺，農業生物多樣性和遺傳資源保護意識嚴重淡薄。
不可持續的工業化與城鎮化
一是工業化、城鎮化對耕地的損毀[5]。中國工業化、城鎮化速度驚人，但其對“三農”資源尤其是耕地資源的掠剝或破壞也同樣令人側目，並呈現出極度的非理性和不可持續性。主要表現在：人的城鎮化顯著滯後於土地城鎮化；工業用地佔比過高，遠高於發達國家和世界平均水平；公共基礎設施建設過度超前，且違法違規現象突出；城市新區容積率普遍偏低，土地浪費現象嚴重，節約集約化水平低下等，致使大量優質耕地、重要天然溼地、草地、湖泊和灘塗等屢遭破壞或永遠消失，從而加劇農業生態環境的萎縮、退化或碎片化。
二是工業與城鎮排汙。伴隨粗放、高速的工業化進程和城鎮的過度快速膨脹，全國工業和城鎮“三廢”排放量與日俱增，但無害化處理率、達標排放率及有效利用率等均一直處於較低水平，偷排、超排和違規排放屢禁不止，“跑冒滴漏”現象嚴重，致使巨量廢汙水、固體廢物或有毒有害物質不經任何處理肆意排放或堆放，汙染或破壞土壤、水體或大氣環境，進而對農業生物多樣性產生不良影響、構成威脅。
三是工業化、城鎮化對水資源的掠奪[16]。以水、電為核心的生產生活資源能源需求量與消費量陡增，繼而導致各類引（調）水工程、地下水工程和水電工程等項目盲目上馬、無序推進乃至氾濫，以及水資源過度開發與配置的失衡，最終加劇農業旱災常態化、水資源供求矛盾尖銳化以及農業生態環境惡化、生物多樣性減量化。
工業化與城市化的過度發展造成對環境的破壞
粗放的農業農村生產經營
一是發展理念滯後。古往今來，從國外到國內、科研到生產，獲取農業最高或更高產量一向是人們孜孜追求的首要目的乃至終極目標。然而，過度、盲目或片面追逐暫時產量指標、眼前收益或短期效益效率之結果，促使人們從農業新品種培育開始，就急功近利地不斷進行人工選擇和“優勝劣汰”，以致到生產環節的集約化、專業化和規模化經營管理，大面積單一化連年推廣種養高產“優良”品種並“不擇手段”輔之以一切奪高產、保豐收和增效益的養殖栽培綜合措施，而忽視種質資源和遺傳多樣性保護，輕視生態環境與產業多樣性保護，忽視增產、增長或發展的長期性、持續性和科學性。
二是對農業自然資源的掠奪式開發。基於發展理念偏差和認識侷限，追求產量產值、增收增效和脫貧致富的意願過度強烈，以及“靠山吃山、靠水吃水”信念的客觀現實性，致使毀林開荒、圍海（湖）造田（地）、盲目外引物種和無序開發野生生物資源等亂象叢生，亂砍濫伐、濫墾濫牧、濫採濫捕和濫引等現象屢禁不止。同時，鄉村建設無序失範，土地利用率嚴重偏低，缺乏規劃、佈局散亂、盲目攀比、貪大求洋、濫佔耕地和奢侈浪費等不良傾向並存，以致對農業資源環境及生物多樣性產生脅迫[17]。
三是過度的農業化學化。當前，我國以化肥、農藥、農膜和抗生素等為代表的農業化學品使用量位居全球榜首，單位面積使用量為發達國家的數倍，且遠超世界平均水平和國際公認的環境安全上限，並進一步呈現 持續快速增長態勢 ，農業對化學品的依賴度達50%以上。同時，農業化學品的有效利用率或回收率長期處於低位徘徊，致使大量化學品或有毒有害物質殘留于田間地頭或土壤，進而帶來農業生態環境及生物多樣性的嚴重損毀。
四是不可持續的水利化。傳統的水利工程建設乃至現代水利理念或水利化進程中，依然存在諸多粗放、欠科學或不可持續成分。例如，過度規模化或頻繁、盲目的遠程調（引）水與水壩水庫建設，以及日趨硬質化、水泥化和直線化的江河壩堤、田埂溝渠及田間道路等，在大幅度提高排灌能力與防洪抗災水平的同時，或將進一步導致水生態破壞或水環境惡化，加劇農田生境碎片化和農業生物多樣性危機，弱化農業環境的自淨與自我平衡能力。
五是生物化的風險。一方面，農業轉基因或高產雜交新品種的不斷選育研發和推廣擴散，致使傳統地方品種、農家品種逐漸萎縮乃至消亡，從而加速基因多樣性、遺傳多樣性和農田生態多樣性的喪失。同時，極易引發新生重大病蟲害的侵襲危害，導致農業生物種群結構的急劇變化。另一方面，基因漂移與汙染，在嚴重破壞農業生物遺傳的完整性、多樣性與生存能力的同時，或將進一步催生新的超級有害生物或增強有害生物的危害性；進入土壤的轉基因生物殘餘，則產生新毒素而殃及土壤生物。
過量的農藥噴灑
日趨惡化的農業生態環境
一是耕地汙染嚴重，質量下降。當前，我國近 20%耕地土壤汙染物超標，約 20%耕地遭受重（類）金屬汙染，1300萬～1600萬hm2耕地受化學農藥汙染，2500萬hm2以上農田受塑料殘膜汙染，大面積土壤遭受硝酸鹽、亞硝酸鹽等化肥殘餘物汙染，受酸雨危害農田達 266.67萬hm2，汙灌區面積為650萬～700萬 hm2。同時，全國耕地等級總體偏低，質量欠佳或較差，60%以上耕地無水源保障；40%以上土壤出現退化現象，中低產田佔比高達 71%；土壤營養失衡嚴重，沙化、鹽鹼化突出，水土流失加劇。
二是水環境堪憂。環境報告顯示，2013年中國地表水總體呈輕度汙染，十大江河水系 50%受汙染；近 40%國控重點湖泊水質達汙染級；約 60%地下水水質較差或極差；近岸海域 1/3以上遭受汙染，局部汙染嚴重。
三是大氣環境質量下降。研究表明，新中國成立至今，全國大氣環境中的氨通量增加了數倍；農業產業排放的痕量溫室氣體正以較快的速度增長；500多萬hm2耕地遭受不同程度大氣汙染。目前，全國空氣質量達標的城市不足1%，霧霾範圍、頻次和持續時間不斷刷新紀錄。農業生態環境的不斷惡化，進一步加速了農業生物多樣性的喪失。
氣候變化與自然災害
當下，全球氣候變化愈演愈烈，自然災害頻發，影響愈益廣泛深遠。氣候的持續暖化及降雨量的時空劇變，一方面，可以直接改變農業生物生存發育及地理分佈區間，加劇沿海土壤鹽漬化、沼澤化進程，導致農業生境萎縮；另一方面，則使原有農業生態系統和農業生物多樣性遭受破壞。以特大幹旱、旱澇急轉、罕見暴風雨（雪）、沙塵暴、低溫冰凍、高溫酷暑、泥石流等為主導的極端異常天氣與自然災害的頻現高發，已經並正在帶來農業生態環境的直接損毀或破壞，加劇農業生物多樣性危機。
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