思想认识滞后
一是危机意识淡薄。长期以来，囿于对大自然与客观世界认知的局限性和自然资源富足的表象，以及舆论导向的偏差或误导，使得人类尤其是国人乃至各级政府及管理部门均普遍存在盲目的优越感，资源环境忧患意识和危机感严重缺失，并进一步为生物多样性和生态环境破坏埋下伏笔。
二是发展观念滞后。长期的贫困落后、物质匮乏与经济发展迟滞，使得国人脱贫致富奔小康的意愿过度强烈，功利主义大行其道、色彩浓厚以致过度短视，片面追逐经济总量规模与增速或不切实际的“跨越”发展，而忽视发展的内在质量效率与资源环境成本。同时，误读发展的真正要义，将“发展”简单等同于增长，一味专注于眼前利益、暂时利益、局部利益和短期效益，对发展的科学性、和谐性、均衡性、包容性、可持续性和“以人为本”的全面协调平衡性缺乏足够认识。
三是认识肤浅。基于生物多样性丧失过程的渐进性、隐蔽性、长期性和复杂性等客观原因，迄今，众多管理者尤其是广大农民群众乃至科技人员依然尚未真正全面认知和把握生物多样性在资源环境保护与生态文明建设中的重要地位、作用及深远意义，或依然停留于“治污”、“护林”的初始水平，对更深层次的生物多样性尤其是农业生物多样性的概念、内涵及重要性缺乏基本认知或一知半解，对生物多样性丧失带来的严重恶果知之甚少，认识缺位、模糊或片面肤浅，农业生物多样性和遗传资源保护意识严重淡薄。
不可持续的工业化与城镇化
一是工业化、城镇化对耕地的损毁[5]。中国工业化、城镇化速度惊人，但其对“三农”资源尤其是耕地资源的掠剥或破坏也同样令人侧目，并呈现出极度的非理性和不可持续性。主要表现在：人的城镇化显著滞后于土地城镇化；工业用地占比过高，远高于发达国家和世界平均水平；公共基础设施建设过度超前，且违法违规现象突出；城市新区容积率普遍偏低，土地浪费现象严重，节约集约化水平低下等，致使大量优质耕地、重要天然湿地、草地、湖泊和滩涂等屡遭破坏或永远消失，从而加剧农业生态环境的萎缩、退化或碎片化。
二是工业与城镇排污。伴随粗放、高速的工业化进程和城镇的过度快速膨胀，全国工业和城镇“三废”排放量与日俱增，但无害化处理率、达标排放率及有效利用率等均一直处于较低水平，偷排、超排和违规排放屡禁不止，“跑冒滴漏”现象严重，致使巨量废污水、固体废物或有毒有害物质不经任何处理肆意排放或堆放，污染或破坏土壤、水体或大气环境，进而对农业生物多样性产生不良影响、构成威胁。
三是工业化、城镇化对水资源的掠夺[16]。以水、电为核心的生产生活资源能源需求量与消费量陡增，继而导致各类引（调）水工程、地下水工程和水电工程等项目盲目上马、无序推进乃至泛滥，以及水资源过度开发与配置的失衡，最终加剧农业旱灾常态化、水资源供求矛盾尖锐化以及农业生态环境恶化、生物多样性减量化。
工业化与城市化的过度发展造成对环境的破坏
粗放的农业农村生产经营
一是发展理念滞后。古往今来，从国外到国内、科研到生产，获取农业最高或更高产量一向是人们孜孜追求的首要目的乃至终极目标。然而，过度、盲目或片面追逐暂时产量指标、眼前收益或短期效益效率之结果，促使人们从农业新品种培育开始，就急功近利地不断进行人工选择和“优胜劣汰”，以致到生产环节的集约化、专业化和规模化经营管理，大面积单一化连年推广种养高产“优良”品种并“不择手段”辅之以一切夺高产、保丰收和增效益的养殖栽培综合措施，而忽视种质资源和遗传多样性保护，轻视生态环境与产业多样性保护，忽视增产、增长或发展的长期性、持续性和科学性。
二是对农业自然资源的掠夺式开发。基于发展理念偏差和认识局限，追求产量产值、增收增效和脱贫致富的意愿过度强烈，以及“靠山吃山、靠水吃水”信念的客观现实性，致使毁林开荒、围海（湖）造田（地）、盲目外引物种和无序开发野生生物资源等乱象丛生，乱砍滥伐、滥垦滥牧、滥采滥捕和滥引等现象屡禁不止。同时，乡村建设无序失范，土地利用率严重偏低，缺乏规划、布局散乱、盲目攀比、贪大求洋、滥占耕地和奢侈浪费等不良倾向并存，以致对农业资源环境及生物多样性产生胁迫[17]。
三是过度的农业化学化。当前，我国以化肥、农药、农膜和抗生素等为代表的农业化学品使用量位居全球榜首，单位面积使用量为发达国家的数倍，且远超世界平均水平和国际公认的环境安全上限，并进一步呈现 持续快速增长态势 ，农业对化学品的依赖度达50%以上。同时，农业化学品的有效利用率或回收率长期处于低位徘徊，致使大量化学品或有毒有害物质残留于田间地头或土壤，进而带来农业生态环境及生物多样性的严重损毁。
四是不可持续的水利化。传统的水利工程建设乃至现代水利理念或水利化进程中，依然存在诸多粗放、欠科学或不可持续成分。例如，过度规模化或频繁、盲目的远程调（引）水与水坝水库建设，以及日趋硬质化、水泥化和直线化的江河坝堤、田埂沟渠及田间道路等，在大幅度提高排灌能力与防洪抗灾水平的同时，或将进一步导致水生态破坏或水环境恶化，加剧农田生境碎片化和农业生物多样性危机，弱化农业环境的自净与自我平衡能力。
五是生物化的风险。一方面，农业转基因或高产杂交新品种的不断选育研发和推广扩散，致使传统地方品种、农家品种逐渐萎缩乃至消亡，从而加速基因多样性、遗传多样性和农田生态多样性的丧失。同时，极易引发新生重大病虫害的侵袭危害，导致农业生物种群结构的急剧变化。另一方面，基因漂移与污染，在严重破坏农业生物遗传的完整性、多样性与生存能力的同时，或将进一步催生新的超级有害生物或增强有害生物的危害性；进入土壤的转基因生物残余，则产生新毒素而殃及土壤生物。
过量的农药喷洒
日趋恶化的农业生态环境
一是耕地污染严重，质量下降。当前，我国近 20%耕地土壤污染物超标，约 20%耕地遭受重（类）金属污染，1300万～1600万hm2耕地受化学农药污染，2500万hm2以上农田受塑料残膜污染，大面积土壤遭受硝酸盐、亚硝酸盐等化肥残余物污染，受酸雨危害农田达 266.67万hm2，污灌区面积为650万～700万 hm2。同时，全国耕地等级总体偏低，质量欠佳或较差，60%以上耕地无水源保障；40%以上土壤出现退化现象，中低产田占比高达 71%；土壤营养失衡严重，沙化、盐碱化突出，水土流失加剧。
二是水环境堪忧。环境报告显示，2013年中国地表水总体呈轻度污染，十大江河水系 50%受污染；近 40%国控重点湖泊水质达污染级；约 60%地下水水质较差或极差；近岸海域 1/3以上遭受污染，局部污染严重。
三是大气环境质量下降。研究表明，新中国成立至今，全国大气环境中的氨通量增加了数倍；农业产业排放的痕量温室气体正以较快的速度增长；500多万hm2耕地遭受不同程度大气污染。目前，全国空气质量达标的城市不足1%，雾霾范围、频次和持续时间不断刷新纪录。农业生态环境的不断恶化，进一步加速了农业生物多样性的丧失。
气候变化与自然灾害
当下，全球气候变化愈演愈烈，自然灾害频发，影响愈益广泛深远。气候的持续暖化及降雨量的时空剧变，一方面，可以直接改变农业生物生存发育及地理分布区间，加剧沿海土壤盐渍化、沼泽化进程，导致农业生境萎缩；另一方面，则使原有农业生态系统和农业生物多样性遭受破坏。以特大干旱、旱涝急转、罕见暴风雨（雪）、沙尘暴、低温冰冻、高温酷暑、泥石流等为主导的极端异常天气与自然灾害的频现高发，已经并正在带来农业生态环境的直接损毁或破坏，加剧农业生物多样性危机。
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