世界的盡頭是「海」
「海」的入口是森林
通往森林的路徑是企鵝公路
而“我”的盡頭是“你”
這就是我的認知
故事的開始，一群企鵝憑空出現在遠離南極和大海的小鎮之上，異常的地點和時間，讓正值四年級換牙時期的少年青山有著強烈的好奇心······
青山有著超出同齡孩子的早熟和探索精神，當然，他也悄悄地喜歡著牙醫診所的一個大姐姐，他深沉又總不避諱地對內田同學說，喜歡著牙醫姐姐的胸部。
看似表面的喜歡一個人能的顏值身材，實則那份喜歡充滿了熱枕與執著。
和內山同學組成了聯合探險隊，青山開始尋找著那些忽然出現的企鵝，在某一天青山被愛耍威風的鈴木同學捉弄後，牙醫姐姐出現在他身邊，二次元的她萌發了想給青山拔牙的念頭，為了轉移注意力，姐姐拋棄手中的可樂，在目睹了牙醫大姐姐所投擲的可樂罐變成企鵝之後，青山發現原來企鵝都是姐姐變出來的。
找出了企鵝的來源，他又開始找出姐姐身上為什麼有“企鵝能量”，他和姐姐不斷地做著各類實驗，發現姐姐會在晴天變出企鵝，在其他惡劣的天氣變出蝙蝠或者其他物種，同時，同班的女孩濱本也有了自己的另一個發現，他們穿過一片森林，發現了一個“海”，這個海球正在不斷地變大，遇到人時還具有攻擊性，機緣巧合下，能制服海球散發出來的水珠竟是姐姐的企鵝們。
海，企鵝，姐姐，究竟背後有著什麼樣的秘密？
青山百思不得其解的同時，姐姐的身體發生了變化，時好時壞，召喚企鵝的同時，也會出現頰脖龍--一種能吞噬企鵝的大魚，更糟糕的是，海逐漸在變大，開始被科研的“大人們”所關注，為了保護姐姐不被送去做研究，青山和小夥伴們決定隱藏姐姐的秘密，然而，不自覺地就會有企鵝的出現，說明姐姐常常不自控地在變出企鵝，這也加劇了暴露的可能性，他暗暗擔心姐姐的安危，加速了自己尋找謎題的腳步。
其實，姐姐來自另一個世界，海是世界盡頭的黑洞，需要用企鵝去做填補，姐姐是為了消除這個海而生，所以成了企鵝的能量者，但隨著時間推移，她對這個世界有了眷戀和感情，離開會充滿不捨，為此，她生出了企鵝來阻擋“海”變大，也變出了頰脖龍來抑制企鵝的生長······
可隨著事態不斷變化，“海”的膨脹吸走了科學研究員，也威脅這小鎮的安全，青山知道，姐姐是唯一能夠拯救危機的人，理智的孩子和有使命感的女孩都明白，順應自然規律是唯一的解決方式，最終，青山選擇與姐姐一起並肩作戰，他們一同衝入“海”球，“海”的內部，姐姐和青山猶如兩個諾亞方舟生存者，看著被海吞噬的一切，這就是世界盡頭遺漏的黑洞，他們在孤島中救出科學家，姐姐也指揮著企鵝擊破水球，彌補破洞，一切歸於平靜。
分離的時刻，孩子本性的青山最終也難忍淚水，他對姐姐說：
“我要代表人類，挺進宇宙”
“等你那麼了不起了，一定也能解開我身上的謎團，到那時候，你就來找我，來看看我吧”。
喜歡一個人，可以讓另一個人有動力去探索和尋找另一個世界在哪裡的謎題
海消失了，企鵝完成了任務開始消失，姐姐也回到她的世界，然而那世界在哪裡？成了青山接下去探索的目標······
“距離我成為大人還有3748天····”
四年級的身高恰好看的見姐姐的胸部，每天想30分鐘的胸部，那樣就不會忘記姐姐
我每天都比前一天更近一天成為大人，我會變得可以真的不覺得黑咖啡的苦····
“看到世界的盡頭是一件令人悲傷的事，但即便如此，我也要朝著世界的盡頭，拼勁全力向前奔跑，因為連接著世界盡頭的這條路，就是企鵝公路”
沿著那條企鵝公路，尋找愛的人，和她一起在世界盡頭看海，告訴她：“我喜歡你”。
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