乌拉特后旗虽地处北陲,但却是一块历史悠久,写满沧桑之地。
境内人类活动踪迹可溯源到新石器时代。本旗达拉盖山口南口东侧台地上有一处面积1000多平方米新石器时代遗址，遗址不远处是一片排列有序的石棺墓葬群。据考证，是新石器时代狩猎民族的遗址和墓葬。
呼和温都尔镇境内大坝口、炭窖口东段有一些巨幅岩画。这些岩画是北魏地理学家郦道元最早发现的阴山岩画。
在旗山后之特哈查干、乌素沟、潮格明路、休日海等地发现了为数不少的石垒墓葬。这些墓葬有的呈"工"字形，有的呈半月形，有的为圆形或方形。据考证，为古代契丹、突厥、党项等族先民墓葬。
战国时，今旗境阴山的南为赵九原地,北为匈奴牧地。
秦，旗境属九原郡并北假之地。
汉，旗境属朔方郡，隶北方刺史部统领。汉末，边郡并废，为南匈奴复踞。今旗境先后为其所属。
三国至晋初，仍为南匈奴牧地。
五胡十六国时期，今旗境迭次为前赵、后赵、前秦、后秦、赫连夏属地,阴山以北为拓跋鲜卑牧地。
南北朝时期，今旗境为北魏沃野镇，怀朔镇部分，继为西魏地，未几，辖于北周。
隋时，今旗境阴山南属丰州。炀帝大业三年（607年）改州设郡，隶五原郡。
唐初，唐太宗贞观年间改州置郡，今旗境隶九原郡，山后为突厥所踞。景龙二年（708年）朔方总管张仁愿筑三受降城。今旗境为西受降城辖地。宋、辽、金、西夏时期，今旗境皆为西夏地。元时，阴山南属云内州，隶中书省大同路；阴山北属宁德路，砂井总管府。
明时，今旗境阴山南属东胜卫辖地，隶山西布政司；山北属蒙古。永乐元年（1403年）东胜卫军民徒内地，遂废。正统三年（1438）再度复置，不久再废，为瓦喇所踞。后为土默特万户罗士蛮部属地。明末为林丹汗所踞，后该部西迁青海。
清朝时期，乌拉特部游牧于呼伦贝尔草原，天聪7年（1433年）归附后全，为清王朝开疆辟土立下战功。顺治5年（1648年）叙从战功，将其封为乌拉特前、中、后三旗（史称三公旗）赐牧地于木纳山（乌拉山）、狼山一带。
清顺治6年（1649年）乌拉特三公旗在图巴的率领下，跋涉千里由呼伦贝尔草原迁徒于清廷赐地。三扎萨克同驻哈达玛（包头哈业脑包苏木），属会盟的乌兰察部盟。
乌拉特三旗素"同牧地"，向来未划分旗界，各旗属民可在乌拉特草原逐水草而牧。当时乌拉特后旗有6个佐领（苏木），即阿鲁宝日吉格德、乌布日宝日吉格德、高勒、巴图、苏海图、黑亚苏木，此外，还有一个王府直属塔宾---扎鲁特苏木。依清制，每佐领有兵丁150人，全旗共有兵丁900人，依户统计，乌拉特后旗当时有人口约4500人左右。
历史上的乌拉特后旗位居三旗东北部。南北狭长，南北为高原，宜牧；中间为平原宜农。西北与乌拉特中旗相接，东与达尔罕茂明安、土默特交界，南与包头、乌拉特前旗毗邻。
民国时期，乌拉特后旗辖两区（石哈河区、阿斯冷沟区），两苏木（城圐圙苏木、阿贵图苏木）。
1949年，绥远省和平解放，乌拉特草原获得新生。
1950年，7月18日乌拉特后旗人民政府成立，驻地本巴图庙。
1952年10月，根据绥远省人民政府民政字第127号命令：乌拉特中旗与乌拉特后旗合并，组成乌拉特中后联合旗，驻地海流图。
1970年，经国务院、中央军委批准，划出乌拉特中后联合旗西部之宝音图、巴音前达门、巴音戈壁、乌力吉、乌盖、那仁宝力格、潮格温都尔、巴音宝力格8个人民公社，明星、莫林两个合营牧场，设置潮格旗。
1971年1月8日--11日，潮格旗第一届人民代表大会召开，宣布潮格旗成立。
1981年8月21日，经国务院批准，潮格旗复称乌拉特后旗。
2004年8月，旗府由赛乌素镇迁至山前巴音宝力格镇。
2005年，全旗苏木镇由10个撤并为5个。即：巴音宝力格镇、潮格温都尔镇、呼和温都尔镇、巴音前达门苏木、获各琦苏木。
2013年，乌盖苏木恢复，全旗由巴音宝力格镇、潮格温都尔镇、呼和温都尔镇、获各琦苏木、巴音前达门苏木、乌盖苏木组成。
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