烏拉特後旗雖地處北陲,但卻是一塊歷史悠久,寫滿滄桑之地。
境內人類活動蹤跡可溯源到新石器時代。本旗達拉蓋山口南口東側臺地上有一處面積1000多平方米新石器時代遺址，遺址不遠處是一片排列有序的石棺墓葬群。據考證，是新石器時代狩獵民族的遺址和墓葬。
呼和溫都爾鎮境內大壩口、炭窖口東段有一些巨幅巖畫。這些巖畫是北魏地理學家酈道元最早發現的陰山岩畫。
在旗山後之特哈查干、烏素溝、潮格明路、休日海等地發現了為數不少的石壘墓葬。這些墓葬有的呈"工"字形，有的呈半月形，有的為圓形或方形。據考證，為古代契丹、突厥、党項等族先民墓葬。
戰國時，今旗境陰山的南為趙九原地,北為匈奴牧地。
秦，旗境屬九原郡並北假之地。
漢，旗境屬朔方郡，隸北方刺史部統領。漢末，邊郡並廢，為南匈奴復踞。今旗境先後為其所屬。
三國至晉初，仍為南匈奴牧地。
五胡十六國時期，今旗境迭次為前趙、後趙、前秦、後秦、赫連夏屬地,陰山以北為拓跋鮮卑牧地。
南北朝時期，今旗境為北魏沃野鎮，懷朔鎮部分，繼為西魏地，未幾，轄於北周。
隋時，今旗境陰山南屬豐州。煬帝大業三年（607年）改州設郡，隸五原郡。
唐初，唐太宗貞觀年間改州置郡，今旗境隸九原郡，山後為突厥所踞。景龍二年（708年）朔方總管張仁願築三受降城。今旗境為西受降城轄地。宋、遼、金、西夏時期，今旗境皆為西夏地。元時，陰山南屬雲內州，隸中書省大同路；陰山北屬寧德路，砂井總管府。
明時，今旗境陰山南屬東勝衛轄地，隸山西布政司；山北屬蒙古。永樂元年（1403年）東勝衛軍民徒內地，遂廢。正統三年（1438）再度復置，不久再廢，為瓦喇所踞。後為土默特萬戶羅士蠻部屬地。明末為林丹汗所踞，後該部西遷青海。
清朝時期，烏拉特部遊牧於呼倫貝爾草原，天聰7年（1433年）歸附後全，為清王朝開疆闢土立下戰功。順治5年（1648年）敘從戰功，將其封為烏拉特前、中、後三旗（史稱三公旗）賜牧地於木納山（烏拉山）、狼山一帶。
清順治6年（1649年）烏拉特三公旗在圖巴的率領下，跋涉千里由呼倫貝爾草原遷徒於清廷賜地。三紮薩克同駐哈達瑪（包頭哈業腦包蘇木），屬會盟的烏蘭察部盟。
烏拉特三旗素"同牧地"，向來未劃分旗界，各旗屬民可在烏拉特草原逐水草而牧。當時烏拉特後旗有6個佐領（蘇木），即阿魯寶日吉格德、烏布日寶日吉格德、高勒、巴圖、蘇海圖、黑亞蘇木，此外，還有一個王府直屬塔賓---扎魯特蘇木。依清制，每佐領有兵丁150人，全旗共有兵丁900人，依戶統計，烏拉特後旗當時有人口約4500人左右。
歷史上的烏拉特後旗位居三旗東北部。南北狹長，南北為高原，宜牧；中間為平原宜農。西北與烏拉特中旗相接，東與達爾罕茂明安、土默特交界，南與包頭、烏拉特前旗毗鄰。
民國時期，烏拉特後旗轄兩區（石哈河區、阿斯冷溝區），兩蘇木（城圐圙蘇木、阿貴圖蘇木）。
1949年，綏遠省和平解放，烏拉特草原獲得新生。
1950年，7月18日烏拉特後旗人民政府成立，駐地本巴圖廟。
1952年10月，根據綏遠省人民政府民政字第127號命令：烏拉特中旗與烏拉特後旗合併，組成烏拉特中後聯合旗，駐地海流圖。
1970年，經國務院、中央軍委批准，劃出烏拉特中後聯合旗西部之寶音圖、巴音前達門、巴音戈壁、烏力吉、烏蓋、那仁寶力格、潮格溫都爾、巴音寶力格8個人民公社，明星、莫林兩個合營牧場，設置潮格旗。
1971年1月8日--11日，潮格旗第一屆人民代表大會召開，宣佈潮格旗成立。
1981年8月21日，經國務院批准，潮格旗複稱烏拉特後旗。
2004年8月，旗府由賽烏素鎮遷至山前巴音寶力格鎮。
2005年，全旗蘇木鎮由10個撤併為5個。即：巴音寶力格鎮、潮格溫都爾鎮、呼和溫都爾鎮、巴音前達門蘇木、獲各琦蘇木。
2013年，烏蓋蘇木恢復，全旗由巴音寶力格鎮、潮格溫都爾鎮、呼和溫都爾鎮、獲各琦蘇木、巴音前達門蘇木、烏蓋蘇木組成。
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