白求恩醫科大學是衛生部直屬高等學校，1939年9月由聶榮臻元帥創辦於晉察冀抗日根據地——河北省唐縣，因加拿大著名胸外科專家諾爾曼·白求恩參加了學校的創建、教學和醫療工作而命名。老一輩無產階級革命家朱德、聶榮臻、徐向前、鄧小平等同志曾先後為學校題詞和題寫校名。
建校58年來，學校已為部隊和地方培養了3萬多名高級醫務工作者，湧現出了一批卓有建樹的醫學人才，許多人擔當著衛生部門的領導工作。
白求恩醫科大學的前身是創建於1939年的晉察冀軍區白求恩衛生學校和第十八集團軍衛生學校。
1939年9月18日，晉察冀軍區衛生學校在河北省唐縣牛眼溝村正式成立。不幸的是，兩個月後，白求恩在一次搶救傷員的手術中以身殉職。為了紀念他，學校更名為白求恩衛生學校。
學校以白求恩命名，不僅因為他是學校的奠基者之一，更重要的是為了繼承和發揚他救死扶傷的革命人道主義精神，遵循他的辦學思想，建設有自己特色的醫學校。聶榮臻同志，1943 年給學校畢業的題詞寫道：
“要有醫學豐富的知識，要有人類高尚的道德，才配稱白求恩的弟子”。
1946年，抗戰勝利後發展壯大，白求恩同志逝世後，為了紀念他，白求恩衛生學校命名為白求恩醫科大學。
1948年，與北方大學醫學院合編為華北醫科大學。
1951年，命名為中國人民解放軍第一軍醫大學。
1959年，更名為吉林醫科大學。
1960年，組建了中國第一個放射醫學專業。
1978年，更名為白求恩醫科大學。
1981年，經國務院批准，學校成為全國首批博士和碩士學位授予單位。
2000年，與原吉林大學、吉林工業大學，長春科技大學、長春郵電學院合併成為新的吉林大學。
2003年，成立了白求恩醫學部。
2007年，成立了白求恩醫學院，增加了其對三個附屬醫院教學、學生管理等工作的統籌和協調職能。
2012年，學校根據教育部《關於進一步推進教育部直屬高校醫學教育管理體制改革的意見》（教直〔2012〕1號）的文件精神，進一步推進醫學教育管理體制改革，賦予了白求恩醫學部實質性的管理職能
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