當前新冠肺炎疫情在境外呈現快速擴散態勢，依法嚴懲妨害國境衛生檢疫的各類違法犯罪行為，切實保障國境衛生檢疫安全，築牢國境衛生檢疫的防線，是目前防疫工作的當務之急。正確適用妨害傳染病防治罪和妨害國境衛生檢疫罪顯的尤為重要。
一是《中華人民共和國刑法》第三百三十條規定，妨害傳染病防治罪，是指違反傳染病防治法規定，引起甲類傳染病傳播或者有傳播嚴重危險的行為。主要是違反《傳染病防治法》《突發事件應對法》《突發公共衛生事件應急條例》等規定，拒絕執行衛生防疫機構依照傳染病防治法提出的防控措施的行為，該罪名適用於在我國境內的衛生防控防治工作。
二是《中華人民共和國刑法》第三百三十二條規定，妨害國境衛生檢疫罪是指違反國境衛生檢疫規定，引起檢疫傳染病傳播的行為。妨害國境衛生檢疫罪針對的是違反《國境衛生檢疫法》及其實施細則等規定，拒絕執行國境衛生檢疫機關依照國境衛生檢疫法提出的檢疫措施的行為，該罪名適用於在出入我國國境時的衛生防控防疫環節。
三是妨害傳染病防治罪中的“甲類傳染病”為甲類傳染病或者乙類傳染病，按照甲類傳染病管理的傳染病；妨害國境衛生檢疫罪中的“檢疫傳染病”為鼠疫、霍亂、黃熱病以及國務院確定和公佈的其他傳染病。國家衛生健康委員會已將新冠肺炎納入《傳染病防治法》規定的乙類傳染病，並採取甲類傳染病的預防、控制措施。同時將新冠肺炎納入《國境衛生檢疫法》規定的檢疫傳染病管理。
四是行為人在入境時拒絕執行國境衛生檢疫機關的檢疫措施，引起新冠肺炎傳播或者有傳播嚴重危險的，構成妨害國境衛生檢疫罪。行為人在入境後拒絕執行衛生防疫機構的防控措施，引起新型冠狀病毒傳播或者有傳播嚴重危險的，構成妨害傳染病防治罪。如果行為人既有拒絕執行國境衛生檢疫機關檢疫措施的行為，又有在入境後拒絕執行衛生防疫機構防控措施的行為，同時構成妨害傳染病防治罪和妨害國境衛生檢疫罪的，一般應當依照處罰較重的規定定罪處罰。
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