当前新冠肺炎疫情在境外呈现快速扩散态势，依法严惩妨害国境卫生检疫的各类违法犯罪行为，切实保障国境卫生检疫安全，筑牢国境卫生检疫的防线，是目前防疫工作的当务之急。正确适用妨害传染病防治罪和妨害国境卫生检疫罪显的尤为重要。
一是《中华人民共和国刑法》第三百三十条规定，妨害传染病防治罪，是指违反传染病防治法规定，引起甲类传染病传播或者有传播严重危险的行为。主要是违反《传染病防治法》《突发事件应对法》《突发公共卫生事件应急条例》等规定，拒绝执行卫生防疫机构依照传染病防治法提出的防控措施的行为，该罪名适用于在我国境内的卫生防控防治工作。
二是《中华人民共和国刑法》第三百三十二条规定，妨害国境卫生检疫罪是指违反国境卫生检疫规定，引起检疫传染病传播的行为。妨害国境卫生检疫罪针对的是违反《国境卫生检疫法》及其实施细则等规定，拒绝执行国境卫生检疫机关依照国境卫生检疫法提出的检疫措施的行为，该罪名适用于在出入我国国境时的卫生防控防疫环节。
三是妨害传染病防治罪中的“甲类传染病”为甲类传染病或者乙类传染病，按照甲类传染病管理的传染病；妨害国境卫生检疫罪中的“检疫传染病”为鼠疫、霍乱、黄热病以及国务院确定和公布的其他传染病。国家卫生健康委员会已将新冠肺炎纳入《传染病防治法》规定的乙类传染病，并采取甲类传染病的预防、控制措施。同时将新冠肺炎纳入《国境卫生检疫法》规定的检疫传染病管理。
四是行为人在入境时拒绝执行国境卫生检疫机关的检疫措施，引起新冠肺炎传播或者有传播严重危险的，构成妨害国境卫生检疫罪。行为人在入境后拒绝执行卫生防疫机构的防控措施，引起新型冠状病毒传播或者有传播严重危险的，构成妨害传染病防治罪。如果行为人既有拒绝执行国境卫生检疫机关检疫措施的行为，又有在入境后拒绝执行卫生防疫机构防控措施的行为，同时构成妨害传染病防治罪和妨害国境卫生检疫罪的，一般应当依照处罚较重的规定定罪处罚。
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