在新疆，維吾爾族人口眾多，要佔到整個人口的一半以上。但是，80%多的維吾爾族人居住在南疆。我們知道，南疆的戈壁沙灘比較多，要比水草豐美的北疆差很多，那麼為啥維吾爾族人們選擇居住在南疆呢？
人們常用“三山夾兩盆”來形容新疆的地圖。北為阿爾泰山，南為崑崙山，天山橫亙中部，把新疆分為南北兩半，南部是塔里木盆地，北部是準噶爾盆地。因為天山，人們習慣上把新疆看成是南疆和北疆。
北疆水草豐美，而南疆沙漠比較多，比如塔克拉瑪干沙漠就在南疆。如果說那個區域更適合人類居住，很多人會說是北疆，但是奇怪的是，人口眾多的維吾爾族人卻選擇在了南疆居住，這是為什麼呢？
維吾爾族的族源可以追溯到公元前3世紀遊牧於我國北方和西北貝加爾湖以南、額爾齊斯河和巴爾喀什湖之間的“丁零”。“丁零”生活在山地森林和蒙古草原的北部邊緣，以狩獵和畜牧為生，相繼受草原上的匈奴、鮮卑和柔然汗國的奴役。
4世紀以後，“丁零”又稱為“鐵勒”或“敕勒”，分佈於西起伏爾加河，東至興安嶺的東西萬餘里的歐亞北方大草原上。由於他們使用的車輪高大，又被稱為“高車”。
公元5世紀中葉，活動於貝加爾湖一帶的被稱為東部鐵勒，其中的“袁紇”部，在5世紀時成為“高車”諸部之首。後來，高車成為突厥汗國的附屬。為了反抗壓迫，“袁紇”與“韋紇”等部落聯合，改名為“回紇”部落聯盟。
公元744年，以骨力裴羅為領袖的回紇聯盟在唐朝大軍的配合下，推翻了突厥汗國，並建立起漠北迴紇汗國。回紇汗國的疆域包括貝加爾湖以南，陰山以北，興安嶺以西和阿爾泰山以東的蒙古草原地區。788年（唐貞元四年），回紇可汗頓莫賀上書唐朝，取“迴旋輕捷如鶻”之意，改回紇為“回鶻”。
此後，史書便以“回鶻”來稱呼這個民族。
9世紀中葉，回鶻汗國為黠戛斯所敗。回鶻諸部紛紛離散，有的被黠戛斯所俘，有的南遷至內地，逐步融入其他民族，但大部分往南跑。為啥往南跑呢？因為黠戛斯地處回鶻西北三千里，約當今葉尼塞河上游，國力強盛。回鶻汗國國民拼命的往南跑，越過了天山，到達了今日南疆的區域。因為有阿爾泰山、天山隔著，算是安頓下來。雖然南疆生活條件很差，但是畢竟躲避了黠戛斯追殺。
在今日的南疆區域，回鶻居民融合了突厥語各部，又融合了兩漢以來移居這裡的漢人，他們同原來就居住在南疆廣大地區操焉耆、龜茲、于田語的人民以及後來遷來的吐蕃人、契丹人、蒙古人等長期相處，繁衍發展，到16世紀初形成維吾爾族。
從14世紀末到16世紀末，東起哈密、南至和田的廣大維吾爾族地區，經過二百多年的分散割據，逐步統一成個大範圍的封建割據的喀什噶爾汗國。因遷都葉爾羌，又稱葉爾羌汗國，統治者是蒙古察合臺後裔。
清初，葉爾羌汗國與清朝建立了朝貢和通商關係，維吾爾族和內地各族人民之間的往來繼明代時疏時密之後又趨於正常化。後來，在北疆興起的準格爾汗國吞併了葉爾羌汗國，實現了南疆和北疆的統一。
清朝平定準格爾汗國後，將新疆納入了懷抱。而此時的維吾爾族人經過幾百年的生活，人口不斷繁衍，已經適應了南疆的生活，所以大部分維吾爾人都生活在條件不如北疆的南疆。
清朝統治新疆後，為了開發北疆，實行了人口遷移，因此才讓北疆也有了維吾爾人。不過，世代生活在南疆，無論清政府如何遷移，南疆的維吾爾族數量還是最多的。這種情況，一直延續到了今天。
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