農業生境萎縮，結構單一化
近些年來，伴隨著GDP持續、高速和粗放式增長，我國以耕地、林地、草地和淡水為代表的農業自然資源數量與質量呈現持續大幅下降趨向。資料顯示，自1958年開始，全國耕地總面積呈現持續減少態勢[3-4]。近50年來，國內主要天然內陸湖泊以年均約20個的速度減少，湖泊湖面湖容呈同步萎縮；林地面積較20世紀50年代初減縮近1/2；約1/4天然草原已經沙化；自然溼地面積近10年間減少近10%；以長江、黃河等為代表的主要江河流量銳減，諸多河流已成季節性河流或出現常年斷流現象，農業用水缺口日益擴大，旱象日趨嚴重或頻發；西部地區冰川與凍土層加速萎縮[5-6]。
同時，全國耕地40%以上出現退化現象，1.05 億hm2草場不同程度退化；天然林比重日益縮減，林種日趨幼齡化、單一化[5]，林地生態功能退化；農業淡水資源環境質量快速下降，溼地破碎化、人工化傾向凸顯。以農田生態為核心的農業生態環境多樣性正不斷喪失，一些重要特殊的農業生態景觀或生態類型面臨瀕危或永遠消失，農業生態系統總體呈現萎縮退化和先天脆弱性強化，並不斷向結構單一化或簡單化、破碎化方向演進。
溼地退化
作物（品種）多樣性加速喪失
據FAO估計，20世紀以來，全球農作物（品種）多樣性不斷喪失，3/4農作物遺傳性已經喪失[7]；美國97%曾經栽培的蔬菜品種已經消失；近15年間，印尼有1500個地方水稻品種已經消亡，3/4水稻品種來自單一的母體後代。據預測，到2050年，全球1/4的物種將陷入絕境。而一種植物的消失必將導致某一食物鏈斷裂，或進一步誘致或加劇其他10～30種生物的生存危機。
1903-1983年美國作物多樣性統計
在中國，近半個世紀以來，有200多種高等植物已經滅絕，約4600種高等植物處於瀕危狀態；全國生物物種數量正以平均每天新增一個瀕危甚至走向滅絕的速度減少，農作物栽培品種正以每年15%的速度遞減；相當數量的農作物種質資源只能存活於實驗室或種子庫，很多種類尤其是野生種、半野生種、地方種或傳統農家品種等早已在野外難覓蹤跡或永遠消逝，作物種質多樣性、遺傳多樣性和基因多樣性正面臨前所未有的挑戰、威脅或危機。
農業動物（品種）多樣性銳減
研究表明，目前全球約有41%的兩棲動物物種和26%的哺乳類動物物種正面臨滅絕威脅，脊椎動物滅絕速度較一個世紀前加速了100多倍[8]；3/4漁場已枯竭、廢棄或面臨減產的危險；在7600多種家畜禽遺傳資源中，190種已滅絕，1500種瀕臨滅絕；2012年，全球瀕危家畜禽品種則增至22%左右[9-10]。以家養畜禽為代表的農業動物（品種）多樣性業已遭受嚴重破壞，大量的傳統養殖畜禽品種正被現代農業單一化、集約化和規模化的高產新品種快速替代。
中國是全球畜禽品種資源較為豐富的國家，但新近的調查結果顯示，在全國426個傳統地方品種中，橫涇豬等15個品種已不見蹤影，55個品種處於瀕危狀態，成華豬等22個品種瀕臨滅絕；瀕危和瀕絕品種佔地方畜禽品種總量的 14%，約85%的地方豬群體數量呈持續下降 趨勢[11-12]。
以魚類為代表的水產養殖生物多樣性亦遭受重創，全國近岸海域及主要江河、湖泊、庫塘或溼地中的水生、溼生或沼生生物種類、種群數量或結構等均發生顯著變化，種類或數量銳減、種群結構日趨單一化。例如，“全球200 佳”生態區域之一的環渤海地區，90%的漁業資源已經商業滅絕；長江主要經濟魚類“四大家魚”的種苗產量由最高年份的300億尾降至4 億尾，捕撈產量不到最高年份的1/4；雲南省淡水魚類中1/3種類瀕臨滅絕，湖泊魚類中2/3種類已銷聲匿跡；高原明珠洱海湖中螺貝類大型底棲動物與大理弓魚等諸多土著魚類已經絕跡或瀕危。
生物多樣性受到挑戰
農田物種多樣性受創
除主要農作物及其栽培品種多樣性的加速喪失，以農田或土壤環境為核心、與農業密切相關的動植物、微生物等生物多樣性同樣遭受損害，許多有益動物、沼生溼生或水生植物、昆蟲、害蟲天敵、真菌、細菌等種類或種群結構發生顯著變化，數量明顯減少或永遠消失；一些有害生物種類及種群數量則驟增，農田生物多樣性丰度顯著下降。聯合國的報告指出，近年來，與作物授粉及產量密切相關的蜜蜂種群正以驚人的速度消亡，尤以北半球為甚。
近20年間，美國和歐洲的蜜蜂數量分別下降了30%和10%~30%，中東地區蜜蜂種群規模則縮減85%以上。在國內，諸多研究及大量實證均表明，以鳥類、蛇類、昆蟲、蚯蚓、線蟲和蟻類等為代表的有益生物或害蟲天敵種群數量正快速縮減，而以鼠類為典型的有害生物種群密度飆升，一些農林重大病蟲害此起彼伏，危害加重；南方稻田生態系統中水生動物、昆蟲類、蛙類、蚯蚓、藻類、雜草及土壤生物等種類或數量明顯減少，多樣性逐漸喪失。
外來生物入侵肆虐
伴隨全球經濟一體化的不斷深入以及氣候變化加劇，近年來，世界範圍內的外來生物入侵危害度日趨加重，國際公認的最具威脅性外來入侵生物達100種以上。目前，入侵中國的外來生物數量達544種，其中，100種危害較為嚴重，50種以上為國際公認的最具威脅性的入侵生物。全國每年因煙粉蝨、紫莖澤蘭、松材線蟲等11種農林入侵物種危害造成的直接經濟 損失達574億多元[5，15]。外來入侵物種已對國家生物安全、生態安全、產業安全及生物多樣性構成嚴重威脅，並對農林生態和自然生態環境造成重大破壞或損害。
黃瓜上的煙粉蝨
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