农业生境萎缩，结构单一化
近些年来，伴随着GDP持续、高速和粗放式增长，我国以耕地、林地、草地和淡水为代表的农业自然资源数量与质量呈现持续大幅下降趋向。资料显示，自1958年开始，全国耕地总面积呈现持续减少态势[3-4]。近50年来，国内主要天然内陆湖泊以年均约20个的速度减少，湖泊湖面湖容呈同步萎缩；林地面积较20世纪50年代初减缩近1/2；约1/4天然草原已经沙化；自然湿地面积近10年间减少近10%；以长江、黄河等为代表的主要江河流量锐减，诸多河流已成季节性河流或出现常年断流现象，农业用水缺口日益扩大，旱象日趋严重或频发；西部地区冰川与冻土层加速萎缩[5-6]。
同时，全国耕地40%以上出现退化现象，1.05 亿hm2草场不同程度退化；天然林比重日益缩减，林种日趋幼龄化、单一化[5]，林地生态功能退化；农业淡水资源环境质量快速下降，湿地破碎化、人工化倾向凸显。以农田生态为核心的农业生态环境多样性正不断丧失，一些重要特殊的农业生态景观或生态类型面临濒危或永远消失，农业生态系统总体呈现萎缩退化和先天脆弱性强化，并不断向结构单一化或简单化、破碎化方向演进。
湿地退化
作物（品种）多样性加速丧失
据FAO估计，20世纪以来，全球农作物（品种）多样性不断丧失，3/4农作物遗传性已经丧失[7]；美国97%曾经栽培的蔬菜品种已经消失；近15年间，印尼有1500个地方水稻品种已经消亡，3/4水稻品种来自单一的母体后代。据预测，到2050年，全球1/4的物种将陷入绝境。而一种植物的消失必将导致某一食物链断裂，或进一步诱致或加剧其他10～30种生物的生存危机。
1903-1983年美国作物多样性统计
在中国，近半个世纪以来，有200多种高等植物已经灭绝，约4600种高等植物处于濒危状态；全国生物物种数量正以平均每天新增一个濒危甚至走向灭绝的速度减少，农作物栽培品种正以每年15%的速度递减；相当数量的农作物种质资源只能存活于实验室或种子库，很多种类尤其是野生种、半野生种、地方种或传统农家品种等早已在野外难觅踪迹或永远消逝，作物种质多样性、遗传多样性和基因多样性正面临前所未有的挑战、威胁或危机。
农业动物（品种）多样性锐减
研究表明，目前全球约有41%的两栖动物物种和26%的哺乳类动物物种正面临灭绝威胁，脊椎动物灭绝速度较一个世纪前加速了100多倍[8]；3/4渔场已枯竭、废弃或面临减产的危险；在7600多种家畜禽遗传资源中，190种已灭绝，1500种濒临灭绝；2012年，全球濒危家畜禽品种则增至22%左右[9-10]。以家养畜禽为代表的农业动物（品种）多样性业已遭受严重破坏，大量的传统养殖畜禽品种正被现代农业单一化、集约化和规模化的高产新品种快速替代。
中国是全球畜禽品种资源较为丰富的国家，但新近的调查结果显示，在全国426个传统地方品种中，横泾猪等15个品种已不见踪影，55个品种处于濒危状态，成华猪等22个品种濒临灭绝；濒危和濒绝品种占地方畜禽品种总量的 14%，约85%的地方猪群体数量呈持续下降 趋势[11-12]。
以鱼类为代表的水产养殖生物多样性亦遭受重创，全国近岸海域及主要江河、湖泊、库塘或湿地中的水生、湿生或沼生生物种类、种群数量或结构等均发生显著变化，种类或数量锐减、种群结构日趋单一化。例如，“全球200 佳”生态区域之一的环渤海地区，90%的渔业资源已经商业灭绝；长江主要经济鱼类“四大家鱼”的种苗产量由最高年份的300亿尾降至4 亿尾，捕捞产量不到最高年份的1/4；云南省淡水鱼类中1/3种类濒临灭绝，湖泊鱼类中2/3种类已销声匿迹；高原明珠洱海湖中螺贝类大型底栖动物与大理弓鱼等诸多土著鱼类已经绝迹或濒危。
生物多样性受到挑战
农田物种多样性受创
除主要农作物及其栽培品种多样性的加速丧失，以农田或土壤环境为核心、与农业密切相关的动植物、微生物等生物多样性同样遭受损害，许多有益动物、沼生湿生或水生植物、昆虫、害虫天敌、真菌、细菌等种类或种群结构发生显著变化，数量明显减少或永远消失；一些有害生物种类及种群数量则骤增，农田生物多样性丰度显著下降。联合国的报告指出，近年来，与作物授粉及产量密切相关的蜜蜂种群正以惊人的速度消亡，尤以北半球为甚。
近20年间，美国和欧洲的蜜蜂数量分别下降了30%和10%~30%，中东地区蜜蜂种群规模则缩减85%以上。在国内，诸多研究及大量实证均表明，以鸟类、蛇类、昆虫、蚯蚓、线虫和蚁类等为代表的有益生物或害虫天敌种群数量正快速缩减，而以鼠类为典型的有害生物种群密度飙升，一些农林重大病虫害此起彼伏，危害加重；南方稻田生态系统中水生动物、昆虫类、蛙类、蚯蚓、藻类、杂草及土壤生物等种类或数量明显减少，多样性逐渐丧失。
外来生物入侵肆虐
伴随全球经济一体化的不断深入以及气候变化加剧，近年来，世界范围内的外来生物入侵危害度日趋加重，国际公认的最具威胁性外来入侵生物达100种以上。目前，入侵中国的外来生物数量达544种，其中，100种危害较为严重，50种以上为国际公认的最具威胁性的入侵生物。全国每年因烟粉虱、紫茎泽兰、松材线虫等11种农林入侵物种危害造成的直接经济 损失达574亿多元[5，15]。外来入侵物种已对国家生物安全、生态安全、产业安全及生物多样性构成严重威胁，并对农林生态和自然生态环境造成重大破坏或损害。
黄瓜上的烟粉虱
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