我們都知道，明朝朱元璋在建國後軍隊制度實行衛所兵制，幾個府為一個防區，設衛，叫衛指揮使司，衛的主官為指揮使，指揮使是正三品的武官。
那麼衛所之上又是什麼機構？
朱元璋在起義之初是親自全盤指揮軍事，所以設立大都督府負責一切大小軍政，在建立明朝以後，隨著兵部的成立，這樣就將原來由大部督府掌管的武官任免、考績、廕襲、軍隊的訓練、後勤給養、軍丁軍戶管理等軍事行政工作劃歸兵部掌管，大都督府僅保留統率全國軍隊的職權。
隨著政權的穩固，大都督府的歷史使命也隨之結束，朱元璋隨後改組大都督府，將大都督府分設為前、後、中、左、右五軍都督府，就這樣大都督府一分為五。
明朝的最高軍事機構就變成了五軍都督府，這五軍都督府互不統轄，分別與兵部直接聯繫工作，而統一奏請皇帝裁定。每府左、右都督，正一品，都督同知，從一品，都督僉事，正二品，由朝廷指定各都督府分別統率全國各都司、衛、所，不得隨便變動。
五軍都督府之下便是都指揮使司，都指揮使司屬於行省三司之一，“三司”就是承宣布政使司(簡稱布政司)、提刑按察使司(簡稱按察司)、都指揮使司(簡稱都司)，“三司”分掌一省行政、司法、軍事，三司互不統屬，各對中央負責。
都指揮使司負責管理所轄區內衛所，以及與軍事有關的各項事務，是地方平時最高軍事領導機構，相當於現在的省一級的軍區，都指揮使司隸屬於中央的五軍都督府，並聽命於兵部。各省都司之外，明朝在邊防要地則單設都司。都指揮使司設都指揮使1人，正二品。都指揮同知2人，從二品。都指揮僉事4人，正三品。
明朝共置有21個都司、行都司，都司下設衛指揮使司、千戶所、百戶所。“凡衛所皆隸都司，而都司又分隸五軍都督府”，衛以下設千戶所、百戶所，所的主官為千戶、百戶。一個衛的兵數大抵以五千六百人，一個千戶所的兵數大約為一千一百二十人，一個百戶所的兵數大約為一百十二人。一個百戶所有總旗二人，各轄五十人，小旗十人，各轄十人。
衛所軍及官世襲，僅五軍都督府官及都司不世襲，為流官，由世職衛所官及武舉選授。衛所軍及官屬軍籍，攜帶家屬，世居一地，並代代相傳，基本上不再變動。
後期，明朝的衛所兵制因邊患的日益加劇而改變，特別是明王朝的周邊地區，臨時性的調兵遣將逐漸變成常規制度，總兵官取代原來都指揮使的地位，成為地方最高武職官員。明營兵制與衛所制官職有所不同，一般情況下，總兵、副總兵由公侯伯等勳臣及都督等官充任，參將、遊擊多由都指揮使等官充任，守備、把總則由衛指揮及千、百戶充任。
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