崇祯十七年（1644年）正月初四，己是心力交瘁的朱由检向天问卜，却得到了这样一句卦辞：“星走月中，国破君亡。”很快他就得到李自成自称大顺皇帝的消息，同时，他还听说远在南京的太祖朱元璋孝陵发生了不祥之兆：深夜时分，总有凄厉的哭声从孝陵深处传出，守陵军士吓得逃之夭夭。正月，凤阳地震；同月，南京地震；北京则出现了“星入月”的天象。
朱氏的祖籍和大明王朝的起源地、京城接连出现的异象天常，令朱由检心力交瘁。这时的国库己经见底，为了抵抗势如破竹的大顺军团，朱由检向大臣“化缘”，请求他们捐出家财银两作为军费开支。结果，那些凭着大明朝才富得流油的官员们，个个喊穷叫苦，勉强拿出了一万两银子。
崇祯十七年（1644年），明军在与农民起义军和清军的两线战斗中屡战屡败，已完全丧失战斗力。三月，农民起义军围攻京城。十八日晚，朱由检与贴身太监王承恩登上万寿山（今北京市景山公园），远望着城外和彰义门一带的连天烽火，只是哀声长叹，徘徊无语。回宫后他写下诏书，命成国公朱纯臣统领诸军并辅助太子朱慈烺。
朱由检哭着对周皇后说：“你是国母，理应殉国。”周皇后也哭着说：“我嫁来十八年，陛下没有听过我一句话，以致有今日。现在陛下命妾死，妾怎么敢不死？”说完解带自缢而亡。朱由检转身对袁贵妃说：“你也随皇后去吧！”袁贵妃哭着拜别，也自缢了。
朱由检拿着剑跑到大女儿（十五岁的长平公主）的房间，哭着说：“你为什么要生到帝王家来啊！”说完拔剑一挥，就要刺死这个女儿。无奈心有不忍，手一抖砍偏了，只砍断了长平公主的左臂，长平直接昏死过去。朱由检不忍心再下手，就扭头走了，杀了幼女昭仁公主和几个嫔妃。
长平公主被一个太监救走，寄养在一位大臣家中。顺治二年，她向顺治帝写了封信，说自己是崇祯的后裔，想要出家。顺治为了笼络明朝老臣，就把长平接了过来，又是给钱又是送房送车的，并说：“别出家了，你爸爸已经给你找好了夫家，叫周世显。”于是，顺治给长平办了场风光的婚礼。可惜，心灵已经重创的长平在婚后一年就去世了。
十九日凌晨，李自成率领起义军从彰义门杀入了北京城。朱由检立刻鸣钟召集文武百官。可是这钟都快敲碎了，也没看见一个大臣来到朝中，朱由检不由得流下了两行男儿泪，感叹自已竟然成了真正的孤家寡人。最后他召来太子等人，亲自替他们换上旧衣服，交给太监带出宫去。
朱由检在心腹太监王承恩的陪问下登上了万寿山。朱由检站在万寿山，俯瞰着破碎不堪的江山，心中憋屈万分：“为什么你们逍遥快活够了，最终却把屎盆子扣在我的头上？简直没天理呀！”喊完之后，朱由检解下自己的裤腰带，往老槐树上一搭，上吊自杀了。等朱由检断气后，王承恩也在对面的树上上吊了。可怜一代帝王，死时身边只有这么一位太监陪葬。
三月十九日上午，李自成攻入皇宫，下令搜查朱由检的下落，活要见人，死要见尸。结果在皇宫里搜了三天也没找到，最后在万寿山的老槐树上找到他的尸体。李自成将他的尸体抬到东华门，发现他身上的血书，念他好歹也是一国之君，就把他葬在昌平。清军入关后，为收买人心，笼络汉族地主阶级为清廷效力，又将他移葬思陵。
据史学家分析，朱由检是我国最勤政的皇帝之一，“鸡鸣而起，夜分不寐，往往焦劳成疾，宫中从无宴乐之事”。他二十多岁头发已白，眼长鱼尾纹。曾经强盛的大明帝国己经风雨飘摇，而他与臣子的关系可以说是历史上最为尴尬诡异的——相互仇视，相互依存，相互利用。他空有治国之志，却没有治国机会！
清朝编纂的《明史》也依旧承认朱由检的优点：拥有极强的政治手腕，心思缜密，果断干练，并且精力充沛，几乎拥有历史上所有明君的特征。但大明己是油尽灯枯，王朝更迭之命不可违。朱由检的悲剧命运在于他无法以一身之躯来阻止社稷颠覆之势，历史所能给予他的时间和空间使他成不了一位中兴之主。
1644年三月十九日这一天，成了统治华夏长达两百七十多年的大明王朝的亡国祭日。每逢此日，黄宗羲、顾炎武等明末遗民必沐浴更衣，面向北方，焚香叩首，失声恸哭，纪念这位命运悲惨的上吊皇帝。
南京是明朝的第二国都，朱由检死后，他的堂兄福王朱由崧在南京继承皇位，是为弘光帝，改年号为弘光。朱由崧也是破罐子破摔，不理朝政，只知亨乐。清兵入关后，一路南下，迅速到达史可法镇守的扬州城。史可法拼死抵抗，终于在七天七夜后因寡不敌众而失败。史可法英勇就义。之后清兵在城内进行了长达十天的血腥大屠杀，史称“扬州十日”。
顺治十五年（1658年），在降清明将吴三桂、洪承畴的带领下，清军兵分三路攻打云南。南明将领李定国曾“两蹶名王，天下震动”，令清政府一度准备放弃西南七省。他几乎把吴三桂打得全军覆没，但最后因军中出现叛徒而失败，退守昆明。永历帝朱由榔吓得逃到缅甸，李定国重新聚集人马后，曾连续十三次派人去接永历帝返回，但这龟孙愣是不敢回来！
李定国艰难抗击清朝十多年，但仍未完成复明的愿望，后来因病去世。临死前，他向儿子及部下交代：“就算是死在荒郊野外，也不能投降清军！”说完，两腿一蹬，驾鹤西去也！因李定国很受少数民族同胞的爱戴，死后勐腊人尊其为神，称为“召法王”。只要是从李定国坟前经过的勐腊人，都会很虔诚地行礼叩拜。
顺治十八年（1661年）冬，吴三桂率领十万清军杀进缅甸，气势汹汹地对缅甸王吼道：“赶紧把朱由榔那龟孙交出来，不然我可要挖你家祖坟了！”缅甸人王虽不经常出国，但吴三桂的大名还是听过的，知道这人得罪不得，于是就乖乖地把朱由榔交了出去。吴三桂带着朱由榔刚回到昆明，就把他勒死了，明朝政权至此彻底覆灭。
明朝是中国继周朝、汉朝和唐朝之后的盛世（黄金时代），号称“治隆唐宋”“远迈汉唐”，同时也是中国历史上最后一个由汉人统治的封建王朝。正如有些人的评价：“大明，无汉唐之和亲，无两宋之岁币，天子御国门，君主死社稷。当为后世子孙所敬仰。”
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