虽然与吴军的对战出现了转机，但这并不意味着康熙可以放下心来。
为什么？
因为此时的大清朝，已经硝烟四起。吴三桂起兵造反是一场大火，康熙忙乎了小半年，总算把这场大火的势头控制住了，却没有料到风已经把火星子刮得全国都是。各地反叛的声音，仍然络绎不绝。
康熙下令撤藩，是三藩同撤。吴三桂火气这么大，其他两位藩王也是一肚子怨言。不过，他们的兵势不如吴三桂强大，反应也就没有那么激烈。但毫无疑问，他们也不想就这么失去一切。平南王尚可喜还好，他是自动请辞，没有过多的怨言。可是靖南王耿精忠可就不同了，他同吴三桂一样，也想继续做土皇帝，所以就没有那么安分了。
其实早在康熙十二年（1673）八月，吴三桂还未起兵谋反，耿精忠就曾与麾下诸将密议应对撤藩之法。他没有吴三桂的精兵强将，议来议去也不敢轻举妄动，只好修书一封，差人送到了台湾。他所能想到的最好办法，便是策动郑成功之子郑经与自己一起起兵。他在信中说道：“王孤忠海外奉正朔而存继述，奋威中原举大义以应天人，速整征帆，同正今日疆土，仰冀会师，共成万古勋业。”台湾郑氏是明朝遗臣，一直与清朝政府势同水火。郑经得到耿精忠的密信，自然是大喜过望。他在十月之初就率领军队渡海，驻扎在澎湖，等待耿精忠的到来。
不过，他们的计划还没有实施，吴三桂却按捺不住了，率先举兵反清。如此一来，耿精忠反而不着急了，打算先静观其变，先看看热闹再说。
康熙揣度人心确实很有一套，从吴三桂谋反这件事上，他猜测平南、靖南两王也不会老老实实同意撤藩。他知道这个时候藩是不能撤了，强制撤藩，搞不好会再反一个藩王，那可就得不偿失了。既然不能撤，那就赶紧停吧。于是，在吴三桂起兵谋反之后，康熙急忙下旨停止撤藩。康熙十三年（1674）正月，诏书传到了福建，康熙在诏书中命令耿精忠“固守地方，不必搬家”。下过诏书后，康熙还不放心，又派大臣去了福建，令原属耿精忠所辖的两翼官兵仍归其管理。他实在是有些怕了，想要通过这种方式，尽量拉拢剩余的两位藩王。
这诏书，下得正是时候。如果康熙再晚几天下诏书，有可能耿精忠就会联合郑经起兵。其时清军在吴三桂的猛攻下正在节节败退，如果在那个节骨眼儿上耿精忠再起兵，那可真是乱上加乱了。还好，接到康熙的诏书后，耿精忠马上派人赶到澎湖转告郑经，稍缓行动。
为了更好地安抚耿精忠，康熙先后两次谕示福建总督范承谟，让其搞好与靖南王之间的关系。范承谟接到谕令，立即停止撤藩工作，并将已经收回的藩府左右两翼七千官兵原数归还。不料，耿精忠却摆起了架子，拒绝接收。范承谟很是生气，亲自到藩府交涉。他对耿精忠说：“我奉兵部密咨，理无不交；而王既奉手诏，亦断无不受之理。”这话说得不卑不亢，意思是我奉皇命而来，当然得交，而你是大清臣子，怎能不奉命接收？耿精忠无言以对，只好接收。
福建是耿精忠的地盘，康熙先后两次派人传谕给范承谟，自然是逃不过耿精忠的眼线。这件事引起了耿精忠的警惕，他怀疑康熙是要暗算自己。其实，这也不能怪耿精忠多疑，这是人之常情。三藩镇守南疆多年，虽然各自为王，但是在利益上却是休戚相关。吴三桂谋反了，康熙自然会猜忌其余两藩，那么用手段对付也就顺理成章。耿精忠虽然暂时按兵不动，但实际上已经成了惊弓之鸟。
恰巧在这个时候，福州街头巷尾传出了一首歌谣，内容是这样的：“七星再拜真天子，分明火从耳边起，杀尽三山牛出血，身骑白马军中止。”什么意思？福建省城为防火灾，在布政司直街前有七井，而这个地方正是藩府的所在地。“七星再拜真天子”的意思就是说：藩府要出真命天子了。那么，谁是真命天子？歌谣马上又唱出“分明火从耳边起”，火耳合并是个耿字，这个真命天子姓耿。“杀尽三山牛出血，身骑白马军中止”。“三山”是福州的别号，“杀尽三山”意味应当起兵谋反，这才是顺应天意。
当然，这首歌谣是有心人编造出来的。但是我们不得不说，编造者的水平实在高明，这歌句句唱到了耿精忠心坎里。既然起兵谋反是顺应天意之事，为什么不起兵？当然要起兵，耿精忠也按捺不住了。又隐忍了两三个月后，耿精忠展开了行动。
康熙十三年（1674）三月十五日，耿精忠诈称海寇来犯，派人到督署邀请总督前往王府议事。倘若有海寇来犯，身为福建总督的范承谟焉有不知之理？他虽然感觉到了不对，但还是应邀前往。部下让其多带些人去，他却说：“众寡不敌，备无益焉！”意思是说，如果要出事，多带人也没有用，这里是耿精忠的地盘啊。说完，他会同巡抚刘秉，一同前往王府。
在王府里，耿精忠早已安排妥当，擒获了范承谟。随后，耿精忠又派人冲入督署，抓捕了范承谟的家人。至此，耿精忠开始举兵反清，与吴三桂相呼应。他自称“总统兵马大将军”，以曾养性、白显忠、江元勋为将军，以福建巡抚刘秉为兵曹尚书，以史萧震为布政使，开始一步步蚕食福建各个城池。
福建本就是耿精忠的地盘，其党羽遍布各职能部门。起兵之后，他一呼百应，很快就完全控制了福建。
当然，耿精忠的野心也不仅仅只有福建。控制福建之后，他还想要夺取更大的地盘。他主动邀约吴三桂进军江西，自己则与之配合作战。同时，他又煽动潮州总兵刘进忠，骚扰广东。当然，他也没有忘记自己同郑经的约定，他提出让郑经在东南沿海举兵，而自己则在福建吸引清军的注意力。
耿精忠的反叛，给原本平衡下来的局势又增加了一个沉甸甸的砝码。战争的天平，又开始向叛军倾斜了。
让康熙最为头痛的自然是吴三桂了，其次是耿精忠，再次是孙延龄。
前面我们已经介绍过，吴三桂一发难，康熙就想到了广西。他想要通过固守广西的方式，牵制吴军北进。广西与云南临境，如果能够在广西安置一支劲旅，那就等于在吴三桂家门口立了一支长矛。吴三桂想要挥军北上，总得考虑老巢是不是安全。这样一来，他有所顾忌，北上就不能那么随心所欲了。康熙的脑筋转得很快，仓促之中就能想到这一层，实在很不简单。而且很快，他就想到了肩负这一重任的合适人选。
他想到了孔有德的女婿孙延龄，并且任命孙延龄为“抚蛮将军”。孙延龄是辽东人，其父孙龙原为孔有德部将，早年随孔有德一起投降清朝。后来孔有德南下，便留孙延龄镇守广西。孔有德感念孙龙追随自己多年，便将独生爱女孔四贞许配给了孙延龄。不过，还没有等到孔四贞和孙延龄成婚，孔有德和孙龙便都战死于桂林。战后朝廷论功行赏，便批准孙延龄承袭了其父二等男爵的爵位。康熙五年（1666），康熙任命孙延龄为镇守广西将军，统辖孙有德旧部，驻守桂林。
对于孙延龄，康熙寄予了厚望。他认为，朝廷对孙延龄如此厚待，其必定能忠于朝廷，不负众望。
然而，孙延龄终归让康熙失望了。
康熙十三年（1674）二月二十七日，孙延龄在桂林举兵反叛，投降了吴三桂。康熙原本的计划很好，他让孙延龄盯着云南伺机而动，清军则南下抗吴，时机成熟时还可以两下夹击吴三桂。可是人算不如天算，孙延龄降了。这下倒好，连广西都成了吴三桂的地盘，吴军势更大了。
反了就反了吧！反了更好，不用提心吊胆地防止他们反叛了。不知道康熙当时有没有这种无奈的想法，但战事如此发展，确实出乎了他的意料。
这个时候，吴三桂在湖南督战，与清兵相持；耿精忠在福建起兵，并向江西展开了进攻；孙延龄在广西降吴，自称“安远大将军”，控制广西。这一切，都让康熙既愤怒又心惊。一个吴三桂已经如此难以应付，再加上耿精忠和孙延龄，这仗怎么打？好不容易出现的转机，又让突如其来的危急给颠覆了。
好在，在风云突变的战事中，康熙的心智愈发成熟了。
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