1、種雞垂直傳播病毒存在
（1）H9 AIV：
我國蛋雞種雞H9、H5流感長期持續流行，尤其是H9的流行對我們雛雞威脅最大。H5流感病可以導致種雞長時間雞蛋不能種用，但H9感染種雞後，可以引起產蛋率下降、呼吸道症狀等，而且部分會出現沒有症狀隱性感染，這些發病期、隱性感染期的種蛋，很多雞場都種用了；導致受精率、孵化率、出殼率明顯降低，部分孵化出的雛雞就成為隱性感染的群體。所以，2011-2012年，我國蛋雞流感病多發，商品代雞流感病多發，就是這個原因。因為1日齡的雞很多都已經感染了H9病毒。因此，我們在飼養過程中，尤其是商品肉雞飼養過程中，忽視了垂直傳播的病毒因素，尤其是H9的存在，是很難飼養成功的。H9病毒隱性感染，是潛伏或定殖在氣管黏膜上皮上，在雞群沒有應激因子、致病因子作用時，它不引起發病；如果遇到接種凍幹疫苗或其它應激因子、致病因子作用下，發生疾病。此時，接種NDH120傳支疫苗後則表現出外源病毒入侵作用，所以同時會出現新城疫、傳支病變；如淋巴濾泡腫脹、喉頭氣管噴灑狀出血、氣管堵塞等病變，進而引起接種IB、ND疫苗時發病。10日齡內發病的雞群，氣管堵塞病變多於其它日齡就是這個道理。（氣管堵塞病變：60%是AIV、20%IBV、10-20%是陽性菌）。
（2）黴菌毒素垂直汙染
種雞在出現黴菌毒素蓄積性中毒後（多毒素），像奶牛將毒素儲留在牛奶內一樣，將毒素儲留在雞蛋內。使種蛋的受精率、孵化率、出殼率嚴重下降；出殼的雞有大量次等雞，大部分雞外表看不到什麼症狀，但是，在1日齡後剖檢可以看到肌胃有黑色潰瘍；通過實驗室檢測，發現肌胃腺胃內有大量的黴菌毒素，並且是多毒素混合存在。這些亞健康雞在以後生長過程中，會因管理條件及黴變料的使用表現出不同差異。部分雞群經過養戶育雛期的管理保健結果狀況好轉，但是，免疫力低下不能避免；部分雞群則因管理粗放、以及繼續黴變飼料的使用而出現肌胃炎，免疫器官發育障礙等，導致免疫力差，抗應激能力差，缺乏局部免疫組織，引起接種疫苗失敗或發病。所以，雛雞儘早提升免疫力，排除黴菌毒素是十分關鍵。
（3）其它免疫抑制病毒垂直傳播
如白血病病毒、馬立克氏病病毒、傳染性貧血病毒、呼腸孤病毒等等，經過國家多個實驗室檢測，都認為普遍存在，它們存在雖然不直接誘發疾病，但是會加重其它疾病感染髮生的機會，影響其它疾病發病程度。接種疫苗時，同樣會引起或加重雞群應激反應。
（4）垂直傳播支原體（MG）、沙門氏桿菌
支原體、沙門氏桿菌是垂直傳播的主要病菌，支原體的存在，會加大育雛期呼吸道病發病機會；沙門氏桿菌存在，會加大5-12日齡的發病機會。接種疫苗，會引起氣管炎性病變增大，導致發病。
2、飼養管理問題
雛雞在第一週齡內對環境條件要求甚高，如果溫度、溼度、通風不合理，會導致雞群風寒感冒。如果，密度大易造成支原體感染，支原體損害氣管黏膜。由於感冒、氣管黏膜受損，在接種首免疫苗時候同樣也可引起雞群發病；多是咳嗽等呼吸道異常。
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