劉牢之倒向荊州軍，使得雙方力量瞬間改變，朝廷賴以為藩庇的北府脫離掌控，投向荊州軍。桓玄下令軍隊直撲建康，朝廷軍隊未戰即潰，司馬道子、司馬元顯父子二人被生擒，桓玄進入建康，擁立晉安帝。
在這些風起雲湧的事件中，作為皇帝的晉安帝，卻沒有絲毫動作，這是為什麼呢？原因很簡單，晉安帝司馬德宗是個傻子。同他的前輩、廣為人知的晉惠帝一樣。
不過惠帝尚能有“何不食肉糜”、“此嵇侍中血”這類言行，安帝傻的更厲害，從小到大都不會說話，甚至無法辨別寒暑。所以無論是之前的司馬道子父子，還是現在的桓玄，都放心的以安帝為傀儡。
大權在握的桓玄隨即以朝廷的名義封自己為“都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事、揚州牧、領徐、荊、江三州刺史”。而北府所在地京口，即為徐州治所。桓玄剛剛掌握大權，就準備親自掌控北府，將劉牢之調任為會稽內史。
劉牢之得知自己的任命後一下就慌了神，他知道自己賴以維生的只有北府兵權。於是他與劉裕商量，準備不受會稽內史的任命，領兵回江北的廣陵，投奔自己的女婿高雅之，然後舉兵反抗桓玄。
劉裕卻明白的看出了事情的關鍵所在，他對劉牢之說:
將軍以勁卒數萬，望風降服，彼新得志，威震天下，朝野人情皆已去矣，廣陵豈可得至邪！裕當反服還京口耳。
當初你擁兵數萬的時候，望風而降，現在桓玄名正言順的以朝廷名號發佈命令，北府眾人怎麼會再聽你的呢?廣陵是到不了的。我不跟你去廣陵，而是回京口。
劉牢之卻不聽劉裕的意見，反而召集軍中將佐，詢問眾人是否願意跟隨自己去廣陵。然而他剛剛說完，參軍劉襲反駁道：“事不可者莫大於造反。將軍反過王恭，反過司馬道子父子，如今又要反桓玄。一人三反，還有什麼資格領導我們呢?”說完直接反身出帳。其他將佐也紛紛自行離去。
憤怒、悔恨、絕望環繞著劉牢之，而長子劉敬宣返回京口接家人也到期未還，劉牢之誤以為他們均已遭遇不幸。多重打擊之下，身經百戰的劉牢之崩潰了。他曾經率領劉襲等人在淝水之戰中為北府先鋒，破前秦軍隊於洛澗；也曾經領兵北伐，收復諸州，甚至在鄴城一度擊敗過當世戰神慕容垂。可惜後來的他被權術所迷，最終自縊身亡。
晉室南渡以來，都督以“北”為號者，多次有不祥之事發生。故此，之前歷任被授予鎮北、平北將軍的如桓衝、王坦之、刁彝、王恭等人都表讓軍號，來避開以“北”為號。而劉牢之在背叛王恭，投向當時的執政司馬道子父子後，所得軍號正是“鎮北將軍”,不知這一巧合是不是司馬道子父子有意為之。
而返回京口的劉敬宣並沒有遭遇不幸，再次回到軍中的他見到的只有父親的屍體。匆忙中他只好按照父親生前的計劃，投奔廣陵的高雅之，最後與高雅之一同投向了南燕。
逼死劉牢之、流放司馬道子(後來暗示手下人將之毒殺)、處死司馬元顯，司馬尚之，又安撫住了起義軍的餘部盧循後，桓玄改年號
為“隆安屯住在西府豫州治所姑孰(今安徽當塗)”，遙控朝政。
如果桓玄英明神武，那大局其實就此抵定，桓玄做出了父親桓溫都沒達到的成就。然而自他執政以來，豪奢驕逸，朝令夕改，原荊州方面的官員經常侮辱朝廷大臣，甚至晉安帝的日常用品也被剋扣。皇帝都不免挨餓受凍，諸臣受的屈辱就可想而知了。
由於常年動盪，三吳地區爆發了饑荒。起義軍盧循雖然接受了桓玄的官職，但依然經常劫掠州郡，各地的富戶經常是穿華服、抱金玉，閉門相守而餓死。貧民則投入起義軍劫掠他縣，或被劫掠然後餓死。
在這種情況下，劉裕再次得到了啟用。此時距離劉牢之自殺僅過了三個月。而劉裕的作戰能力是毋庸置疑的，五月領軍出征，到次年五月就將起義軍盧循打成了海盜盧循，收復了失地。
在劉裕出征三吳的這一年， 北府諸多舊將被桓玄剷除。如參軍劉襲，吳興太守高素，劉裕的老上級冠軍將軍孫無終，皆被殺害。桓玄也晉爵成為了楚王，並且接受了九錫之禮。不臣之心已經昭然若揭。
劉牢之的外甥何無忌從京口偷偷來找劉裕，勸劉裕于山陰(今浙江紹興)起兵討伐桓玄，但是劉裕與山陰地方大族的孔靖商量後認為山陰離建康太遠，起兵難以成功，並且桓玄畢竟還沒篡位，若起兵更是名不正言不順。不如回京口徐徐圖之。商議以定後，劉裕率軍歸朝述職，桓玄心腹桓謙私下問劉裕說:“楚王功高蓋世，德望勳隆，大家都說皇上該讓位給楚王，你覺得怎麼樣？”
欲使其滅亡，必先使其瘋狂。劉裕謙卑的回答道：“楚王乃是桓宣武(桓溫)的兒子，父子二人皆有大功，晉室微弱，人們早就希望由他人領導了，楚王承運禪代，有何不可！”劉裕此時相當於北府軍方的代表，桓謙大喜過望，開心的說:“你說行，就是真的行啦！”
元興二年年底，桓玄搞了一套禪讓，登基為帝，改國號為楚。大封諸桓，令桓修鎮京口，桓弘鎮廣陵。遷晉安帝於尋陽。
值得一提的是，桓玄進入建康宮，登皇帝御座後，座位突然塌了，這一不祥兆頭，令群臣大驚失色，這時殷仲文(桓玄姐夫)拍了一個厚顏無恥的馬屁：“陛下聖德深厚，所以晉室御座根本不能承受啊！”桓玄聽了之後哈哈大笑。
而禪讓大典，作為北府軍中實力派代表的劉裕卻沒有參加，他到建康後，以戰場上的傷復發為由，返回京口。而北府的統帥桓修則留在建康等待參加典禮。趁著這個機會，劉裕秘密召集心腹，與妹夫臧熹、老部下檀道濟兄弟、劉牢之外甥何無忌，何無忌的好友劉毅等人，又聯絡了在廣陵任參軍的弟弟劉道規、桓弘主簿孟昶，在歷陽任參軍的諸葛長民，約定等典禮結束，各地長官返回駐地後共同舉事。
元興三年二月，劉裕以打獵為由，出城後召集百人，返身殺回京口，斬殺桓修。桓修的心腹，任司馬的刁弘率軍包圍劉裕，劉裕卻宣稱尋陽的郭昶之已經起兵奉晉安帝返回建康，自己受密詔誅殺桓修。刁弘聽後，信以為真，解散了部隊。等劉毅等人帶來了廣陵也已經誅殺桓弘的消息後，劉裕立刻令人殺了刁弘，徹底掌握了京口軍隊。不過也有不順利的地方，歷陽的諸葛長民被刁逵發覺，抓起來準備送往建康；而都城建康方面的內應，劉毅的從兄劉邁，供出了劉裕等人的密謀。
劉邁此人，本來是桓玄上任荊州刺史殷仲堪的幕僚，當時還曾出言嘲諷過桓玄，但是在桓玄上任後，劉邁居然又投靠了過去，並且
說：“射鉤斬祛，加上我投靠您，這是三件化敵為友的美談啊!” 桓玄聽了也很是開心。劉裕等人起事時，曾約劉邁一起。但是劉邁並不堅定，這一天正趕上桓玄問北府情況，劉邁心中有鬼，以為事情暴露，於是將劉裕等人在建康的部署全盤托出，桓玄因此除掉了劉裕的內應，又嫌棄劉邁沒有更早告知自己，而將劉邁也殺了。
事情至此，劉裕已不能回頭，他召集京口、廣陵二地願意跟隨自己的共1700多人，誓師渡江，聲言益州刺史毛璩已經從成都順流而下擊破了桓玄的大本營荊州江陵；江州此時郭昶之已經重新擁立安帝；諸葛長民已據歷陽，各路軍隊即將彙集於建康，圍剿桓玄。
然而事實上，劉裕只有這1700餘人。
劉裕天錫神勇，雄略命世，不待借思漢之謳，未暇假從周之會。同盟二十七，願從一百人。雷動朱方，風發竹裡。龍驤虎步，獨決神襟。長劍一呼，義聲四合。蕩亡楚已成之業，復遺晉久絕之基。
前進，目標建康!
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