氨化細菌是魚菜共生必不可少的細菌，沒有氨後面的硝化細菌就無米下鍋，現在許多人談魚菜共生只談硝化細菌，這是不全面的。
魚糞大部分是未消化的蛋白質多肽和核酸等未完全分解的營養成分，氨基無法遊離，硝化菌無能為力。這就需要蚯蚓和氨化菌來分解，蚯蚓只是一個輔助作用，它對魚糞的分解也是靠體內豐富的菌群。氨化菌主要有枯草桿菌、假單胞菌屬、牙孢菌等，他們通過合成蛋白酶先將廢棄物分解成氨基酸，然後部分氨基酸被細菌吸收利用合成細菌繁殖所需要的物質，一部分分解產生能量，最終釋放出水二氧化碳和尿素，尿素就可以被硝化細菌繼續氧化成硝酸鹽。
硝化細菌的作用對象是溶於水的氨離子，所以魚菜共生的富含氨離子的水是比較清的，最好是過濾了的，這樣才不會將硝化設備堵塞，影響硝化能力，這樣才能儘可能的減小硝化設備的體積。氨化過程不一樣，作用的對象是固體和膠質類的，氨化系統設計不好很快就會堵塞發愁產生硫化氫類的有毒物質，影響氨話菌的生存和繁殖。
對於一般的觀賞性魚缸來說，氨化作用不需要單獨的設備，因為魚糞很少。商業化魚菜共生系統則不然，一立方水動輒幾十公斤的養殖密度，如果沒有好的氨化系統，硫化氫類的毒物很快就會毒死魚。許多朋友測試水的PH, 亞硝酸、氨氮和溶氧的含量都正常，但魚依舊經常死，這裡的問題就出現在氨化過程。
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