總價合同的情況下，招標時的工程量清單僅供參考，按清單所報的綜合單價僅僅是為了發生變更時計算變更造價，施工單位履行合同的具體內容就是按照招標時的圖紙和投標的施工組織設計在約定工期內完成符合國家驗收標準的工程。圖紙上有的都應當完成，而不是隻看清單。
按照合同法有關規定，施工合同文件的各組成部分之間有嚴格的解釋順序，其中圖紙解釋工程量清單。報價時以圖紙為準。圖紙有圖例，也有相應的畫圖規則和規範，應當以正常的方式理解圖紙。對讀圖導致的失誤不是變更合同價格的理由，不明白的地方就應該提出疑問，否則只能自己承擔後果。
設計變更和設計深化的概念是不同的。設計變更是把已經有的變成另外的，增加或取消；設計深化是在原來的基礎上細化而不是引起新的變化。
1 、對清單漏項項目的造價結算處理
通過上面討論的清單漏項原因，其中前三項原因造成的漏項，在採用固定總價合同的模式下，按照上述的合同條件，很清楚承包商是不能以清單漏項向業主索賠的。而針對第四種情況，由於圖紙模糊或不完善引起的清單漏項，這在一定範圍內屬於設計變更，承包商是有權利進行相應的提出費用要求或索賠的。對於圖紙模糊或不完善的情況，建設方通常採取原圖紙完善、變更或乾脆取消這幾種處理方法，於是對於價款結算也產生了不同的結果。
1.1 漏項項目原圖紙完善的結算
對於建設單位及設計單位在施工過程中對原招標圖紙的完善內容，原則上採用補差價的方式，即在此單項工程實際價格基礎上扣除理應含在原投標價中的價格。一般在圖紙不完善的時候，採用扣除整個工程同檔次品牌的價格。
例如某工程廁所隔斷應附加安裝殘疾人扶手，可是圖紙未明確此為扶手及扶手的材質尺寸等等。只是在施工平面圖上有一個扶手標誌，同時清單沒有此扶手內容。業主工程師指定了品牌及樣式，指定由承包商完成。那麼在結算時，業主根據招標文件要求，表明圖紙上有，隔斷上有扶手的平面圖，應該按圖紙驗收，屬於清單漏項，不增加費用；承包商認為這圖紙不明確，屬於設計變更，應該費用增加。建設單位在給承包商扶手的實際價格的同時，應怎麼扣除清單組價的價格呢。因為清單上沒有明確，那麼是按照普通扶手價格扣，還是按照整個工程同檔次的品牌價格扣，或是按照我業主指定的品牌價格扣？按照工程量變更的調整規則，清單上有類似的扶手的相應報價，所以扣除時參照了此單價。
1.2 對漏項項目變更的結算
原圖紙的施工做法很清楚，但清單該項中遺漏。在實際施工過程中，建設單位或設計單位又對此項內容進行變更。
例如某裝修工程，圖紙標有6扇木門，清單未提供此項目，招投標時承包商也未提出疑問。在實際施工中，結合以後消防驗收考慮，更改為防火門。那麼類似此類的變更結算應在實際發生的費用中扣除原招標圖紙的工程量費用。
1.3 漏項項目取消時的追減
原圖紙做法可能模糊也可能清晰，但在施工過程中，建設單位或設計單位表示，此項工程內容不必做了或另請施工單位完成。那麼在結算時，就應該按照上述原則追減相關部分費用。
2、關於清單計價風險責任承擔的討論
施工單位有可能很怨，為什麼同樣屬於清單漏項，叫我做吧，不給錢；不叫我做吧，倒扣錢，好像風險都在施工單位。其實這正是固定總價合同的精神所在，即施工單位只要理解，工程是按照圖紙及規範來驗收的，而不是按照業主提供的工程量清單。
舉個對承包商有利的例子，某建築構件廠因上海歐尚楊浦一號項目的鋼結構工程與上海某超市有限公司簽訂建設工程施工合同，合同約定為固定總價合同，總價款800萬元。工程按期完成，質量合格。施工方在施工過程中較工程量價格清單少用鋼材40噸（價值人民幣約80萬），在結算時業主以承包商少用鋼材為由拒付該部分工程款，遂釀成糾紛。最後處理結果：按合同結算。因此可以看出，工程量清單計價對業主來說，同樣也有一定的風險。
作為施工單位能否獲得盈利規避風險，關鍵在於提高自身的素質，在招投標相對短的時間內完善工程量清單，規避自身的風險；在施工過程中，充分發揮自身優勢，節約成本，才能創造出可觀的利潤。
工程量清單模式的實行已經被大家漸漸認同，在合同履行過程中當遇到漏項問題造成的矛盾時，只有深刻理解工程量清單計價和固定總價合同的這些意義和原理，才能比較清楚地劃分責任，避免糾紛。任何一種制度和模式都不可避免存在瑕疵，正如清單漏項問題，也由於我國建築行業企業水平參差不齊，普遍不重視風險防範，抗風險能力差，同時建設方沒有足夠的經驗，不規範操作等國情，不可能把這一風險簡單地歸於承包商，而應該分析其中原因，分別地加以處理。
無論是編制清單人員還是承包商應該在這過程中吸取教訓，提高自身水平走上專業化、精細化的道路。建設單位則應該往長遠著眼，重在提高建設效率，這樣才能夠將清單計價的優勢真正發揮出來。
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