光绪二年，四月，左宗棠在肃州祭旗，正式出兵。左宗棠命刘锦棠率所部分道出塞。以闰五月回师于古城。六月，与金顺会师皋康。攻克黄田古牧地方贼众。乘胜收复乌鲁木齐，迪化州及玛纳斯北城。宗棠派刘锦棠布置后路。进规南路到达坂城。张曜，七克腾木。徐占彪搜捕而进，会师关展。以规吐蕃。由刘锦棠定出师日期。九月攻克玛纳斯南城。至此北路肃清。三年三月，徐占彪会合张曜军，收复关展，鲁科沁哈拉和卓城。会合道员罗长祐军收复吐鲁番满汉城。刘锦棠收复达坂托克逊尔城。四月，逆酋帕夏阿古柏服药自尽。其子海古拉带着他的尸体向西逃窜，被其兄伯克胡里所杀。南路肃清。此时清廷下书向左宗棠说 ，廷臣聚议，西征耗费巨款，今乌城、吐鲁番既得，可以休兵，并让左宗棠"统筹全局，
提出己见。六月，左宗棠上疏奏言大略说‘’新疆的战略意义、当前的大好形势，应乘势定回疆，立国有疆，古今通议。自古以来中国边患。西北多余东南。我朝定鼎燕京，蒙古部环卫地方百数十年，无烽燧之警。不特前代，所谓九边。皆成腹地。即由刻布多乌里雅苏台到达张家口。亦皆分屯列戎。有幸祖宗朝，兼定回部，开新疆。立军府。是故重新疆者所以保蒙古，保蒙古者，所以卫京城。西北臂指相连，形势完整。若新疆不固，蒙古不安。匪特甘陕山西各边。时常侵扰防不胜防。何况今日俄人扩地日广，由西而东万余里。与我北境相连。僅中断有蒙古为之遮阂，是不够的。不可不预先绸缪。最后在左宗棠的据理力争下，并提出要在新疆实行省制，最后才得以继续新疆收复战。
8月，大军从正道向西挺进，先收复南疆东四城喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什。10月，西征军先后收复喀喇沙尔焉耆，库车、库尔勒、拜城、阿克苏、乌什，白彦虎一路西逃并劫掠秋粮。东四城既克，西四城喀什噶尔、英吉沙、叶尔羌与和田之敌自乱阵脚，相互攻杀。12月间，刘锦棠进军，先后收复喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙尔，阿古柏的长子胡里与白彦虎逃往俄国。光绪三年，和田克复。 至此，阿古柏之乱乃告平息。见此情景，住在山中的布鲁特今柯尔克孜族十四个部落，争相内附。仅一年多时间，左宗棠率领指挥的西征军，收复了除伊犁以外的新疆领土。清廷嘉其功，诏封二等恪靖侯。新疆各地也于大小村镇建立左公祠，烧香礼拜。光绪七年，左宗棠调任两江总督兼南洋通商大臣。 两江总督任上，左宗棠兴办水利，改良盐务，支持洋务，重视海防。 光绪九年，他还曾镇压王觉一起义。
光绪十年一月，左宗棠因眼疾请求回籍调治。四月，因中法战争战事紧张提前销假，6月，入京任军机大臣，并管理神机营事务。八月，孤拔所率法军于在马尾海战全歼驻扎福建马尾的清军福建水师。破坏福州船政局。九月，主战派左宗棠奉旨以钦差大臣身份督办闽海军务，挽救战局。十二月，宗棠抵达福州，积极布防，并组建恪靖援台军东渡台湾。光绪十一年三月，黑旗军、恪靖定边军等在镇南关得胜，夺取了谅山。清庭乘胜即收，令前线各军停战撤军，与法国议和。左宗棠不满上《密陈要盟宜慎防兵难撤折》，但没能改变清廷的方针。此时，潘鼎新、刘铭传等陷害攻击"恪靖定边军"首领王德榜、台湾道刘璈，使他们失去兵权。 左宗棠上书朝廷为属下鸣冤叫屈，并称病求退。
光绪十一年七月二十七日，左宗棠在福州病逝，享年七十三岁。临终口授遗折时先是感激朝廷的知遇之恩，又说："而越事和战，中国强弱一大关键也。臣督师南下，迄未大伸挞伐，张我国威，怀恨平生，不能瞑目！臣督办两江时。 年七十余矣。检校薄书，审视军机。事事亲裁。其言办洋务要决。不外论，言忠信。行为敬。六字。西人贪利。而尚廉。多诈而尚信。未必不可以诚动以理喻也。左宗棠提出诸多富强之策和对光绪帝的劝勉。清廷追赠太傅，谥号"文襄。入祀京师的昭忠祠、贤良祠。
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