在《西遊記》裡，玉皇大帝和如來佛祖的關係很微妙，孫悟空大鬧天宮，如來佛祖前來救駕，然後把孫悟空壓在五行山下，後來又派孫悟空西天取經，最後封孫悟空為鬥戰勝佛，孫悟空從道教皈依了佛教。
玉皇大帝是道教的最高規格的神，也叫“昊天金闕無上至尊自然妙有彌羅至真玉皇上帝”。玉皇大帝住在天庭，叫做上界，孫悟空和如來佛祖都住在下界，佛祖住在西方靈山，孫悟空住在東勝神洲的花果山水簾洞。
從居住的地方看，玉皇大帝的地位要高於孫悟空和如來佛祖，這可能是因為二者屬於不同的宗教體系的緣故。玉皇大帝是道教的神話人物，如來佛祖是佛教的創始人。在這一點上佛祖的地位是高於玉皇大帝的，因為一般認為道教教主是太上老君也就是老子。一個是創教教主，一個是宗教裡的高級別的神仙，還是有差異的。
但是二者又有相同之處，玉皇大帝是個凡人修煉成的神仙，關於玉皇大帝的出身，有一些傳說，有的說玉皇大帝姓張名友仁，是姜太公的隨從。
姜子牙斬將封神，就差玉皇大帝沒定了，張友仁問姜子牙誰當玉皇大帝？姜子牙說，有人當！有人當！張友仁以為是自己，於是就坐到了給玉皇大帝準備的寶座上，一束光從天而降將張友仁籠罩住，於是他就成了玉皇大帝。
還有一種說法，說張堅自幼是個性情豪放，不守陳規的人，喜歡打獵。有一天，他捕獲了一隻白雀，於是就養在家裡。結果玉帝託夢給他，怒斥他捕獲飼養白雀這種上天的神鳥是死罪。於是就降罪張堅欲置他於死地。
但是每次白卻都能幫助他化險為夷，躲過災難。玉帝十分惱火，於是就乘坐自己的專車——白龍車去拜訪張堅。張堅將計就計把玉帝灌醉，然後乘著他的專車上天，到天宮張堅立即改朝換代，自己當玉帝。
為了防止老玉帝上天，張堅還把北天門給堵了，這下子老玉帝沒辦法了，只能在下界製造災難。張堅看著下界混亂不能不管，於是就封老玉帝為掌管百姓生死的泰山之神。
當年孫悟空大鬧天宮的時候，玉皇大帝的凌霄寶殿受到衝擊，三十六員雷將把孫悟空困在核心，這時候如來佛祖從靈山來到了天庭，對孫悟空說了一段話，透露了玉皇大帝成仙的曲折歷程。
玉皇大帝能成為三界之主靠的是苦歷過三千七百五劫，每劫該十二萬九千六百年。如此推算玉皇大帝經歷了226800000年的修煉才成為玉皇大帝。
不管什麼版本，玉皇大帝都是一個凡人出身，最後修煉成仙的。如來佛祖本是現在尼泊爾的一個釋迦族的人，他的父親是個國王，他本身是個王子，後來感到人世間的煩惱無法拜託，於是就出家修行，在經過六年的苦修之後，感覺到苦修不是正道，於是走出叢林，喝了牧羊女給他的乳糜，在菩提樹下打坐七天七夜，最終徹悟，成了佛教的創始人。
玉皇大帝和佛祖的修行經歷比較相似，都是從一個凡夫通過不懈的努力最終修煉成功的，他們屬於不同的宗教和神話體系，所以各有各的領地和信眾，在民間都有著廣泛的影響，後來吳承恩寫作《西遊記》也就涉及到了玉皇大帝和如來佛祖。
其實在世人眼中的誰高誰低，對於這些超凡入聖的神佛來說是不值一提的。玉皇大帝和如來佛祖早就超脫生死，出離輪迴了，不可能在乎誰高誰低，事實上也無法分辨。
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