未腐熟的糞肥，特別是禽糞含鹽分較重、易使土壤鹽化，升高土壤鹽濃度，嚴重時會導致種子不發芽、燒苗、燒根。還會產生有害氣體，毒害植物。而且禽畜糞便中有較多病菌、蟲卵、雜草種子等，不經高溫發酵，很容易給植物帶來不良影響，同時還易引起病蟲害。因此糞肥施用前要徹底腐熟，腐熟後分解快，有利於植物吸收，同時在60℃～70℃的高溫厭氧環境下，有害蟲卵、雜草種子大部分會死亡。
糞肥的腐熟目前有三種常用的方法：
一是結合高溫悶棚進行糞肥腐熟。夏季棚室休閒期長，可結合高溫悶棚進行糞肥腐熟，腐熟發酵的過程也是改良土壤的過程。在發酵腐熟過程中，土壤中的微生物非常活躍，能夠促進土壤團粒結構的形成。
二是棚外堆悶。有足夠的時間可以自然堆漚發酵，而時間較短時可以在堆悶腐熟時施用生物腐熟劑。
三是施用菌劑快速發酵。益富源菌肥發酵劑或糞便腐熟劑，能縮短髮酵腐熟時間。
根據不同土質選擇不同糞肥，有些大棚土壤沙性大，漏水漏肥的情況嚴重，因此，糞肥應選擇純雞糞或純豬糞，這種糞肥純度較高，養分含量也高，因為糞質比較黏重，對漏肥漏水的沙土地有良好的改良作用。黏性土應施用有機質含量高而礦質元素含量少的糞肥，如羊糞、牛糞，或者是含有沙子、稻殼、秸稈的雞糞、豬糞等，以改善黏性土壤的物理性狀，提高其透水透氣能力。這樣的糞肥也非常適合改良土壤鹽漬化板結較為嚴重的棚室土壤。
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