一、水资源和环境污染
我国的湖泊资源虽然丰富，但由于经济发展、人口膨胀与不合理的开发利用，越来越多的湖泊走向富营养化，湖泊生态系统结构破坏、功能退化，水质性缺水日趋严重，并造成巨大经济损失。
近十年来，国家也投入了大量的精力和资金开展多项湖泊的保护与治理工作，虽然取得了初步进展，但还存在一些亟待解决的困难和问题，如有的湖泊水质仍呈下降趋势，有的地方污水直排湖泊和垃圾处理不当的问题还相当严重等。
二、房地产化和城市化
目前我国国内湖泊旅游策划中建起了不少度假村和度假酒店，却普遍存在着功能配置不完整的问题。究其原因，还在于房地产经济热的冲击。这种冲击在一定程度上模糊了湖泊旅游度假区开发与房地产开发的区别。有的湖泊旅游度假区缺乏从旅游者需要和旅游业运作出发的总体规划，误将度假区开发规划等同于城市建设规划，出现了湖泊旅游度假区与滨湖城市模式的错位。
我们应从中吸取经验教训，在开发建设中搞好规划，协调项目比例，使湖泊旅游度假区能真正集度假休闲、娱乐健身等功能于一身，满足度假旅游者的实际需求。
三、土地归属存在交叉
目前湖泊旅游开发建设中存在的一个重要问题是土地问题，也是制约湖泊旅游发展的痼疾。土地紧缩政策以及土地出让和占用价格过高等问题，增高了投资者的进入门槛，增加了招商的难度。另一个是许多湖泊的开发使用权归属不同地区和单位，它们在开发思路及经营理念上很难一致，又缺乏统一管理，根本无法进行可持续性开发。
另外，地方政府对特定区域制定的特殊规定，也制约了湖泊旅游开发建设，有关管理部门对湖泊旅游在土地政策、土地价格及出让方式等方面应采取较为灵活特殊的政策进行扶持。
四、相关产业配套滞后
旅游业是一个集旅游的六大要素为一体的产业群体，需要相关产业的配套和支持，但目前国内湖泊在这些方面略显不足，旅游功能不够完善，致使旅游资源开发效益差。
例如，游船、游艇档次亟待提高；旅游餐饮、旅游商品地方特色不明显，制约了餐饮业和旅游购物业的发展，以及第三产业综合效益的发挥。湖泊的旅游交通运输条件相对较差也构成国内湖泊旅游业快速发展的另一瓶颈。
五、旅游产品相对单一
国内湖泊在旅游产品开发上相对单一，旅游资源优势尚未充分发挥，随着旅游业的进一步发展，观光旅游向休闲度假旅游过渡成为必然，而目前国内湖泊旅游产品和接待设施只能满足游客的观光需求，缺乏休闲度假的基础设施和旅游产品，无法满足游客日益增长的个性化、多样化的需求。
开发项目种类单一，绝大部分仍是观光型产品，且景点规模小，文化品位不高，难以满足现代旅游者的需求。
六、国际化水平还不高
近几年，国内湖泊接待境外游客数量虽不断增多，但所占旅游总量的比例依然很小。有些湖泊虽提出要突破传统的发展模式，开拓国际客源，按照国际标准为游客提供旅游产品和服务，加速国际化进程，但呈现的却只是“打国际牌，吃国内饭”的格局。
面对日益激烈的旅游市场竞争，湖泊旅游把国际化发展思路转变为实际行动和实际效果，实现旅游产业“转型增效、协调发展”。
七、淡旺季发展不均衡
由于地理位置、地域气候、旅游资源、与客源地关系等方面原因，大多数的旅游区都存在着明显的淡旺季失衡问题，湖泊旅游目的地当然也不例外。游客大多集中在旅游旺季，而在其它月份的旅游淡季游客数量相对较少。
虽然我们也应该正视淡旺季失衡问题，但也要想办法尽量减少淡季的损失，做到“淡季有活动、旺季有高潮”，使湖泊旅游资源在淡季对游客同样具有吸引力，使旅游者无论在任何季节到湖泊旅游，都可以有不同的新鲜感受。
八、管理经营体制不顺
从国内外湖泊旅游发展经验看，成功的湖泊必须建立一个专门的组织管理机构，特别是在湖泊旅游规划和建设方面需要政府部门协调参与，同时这个组织机构中还要有各方面的专家和技术人员，目前国内许多湖泊并没有专设的管理机构，他们多采用属地乡镇管理，发生扯皮的事情也屡见不鲜，致使湖泊旅游规划开发进展缓慢。
理顺湖泊旅游管理体制，成立湖泊旅游管理委员会，无疑对湖泊旅游未来的发展会起到重要的作用。
九、旅游规划相对滞后
湖泊旅游发展要以规划先行为原则，形成统一规划，分布实施，滚动发展的良性循环状态，要在继续巩固观光旅游产品的同时，加快发展旅游度假区的建设。
同时借鉴国外湖泊旅游开发建设管理经验，依据资源特点和市场需求进行规划建设，起点要高。要在突出特色、争创一流上下功夫，防止千篇一律的建设模式，使国内湖泊旅游各具特色。
十、重复建设问题突出
我国湖泊旅游产品结构由观光型到观光度假结合型再到度假型转变，需要走相当长的一段路，绝不是几个湖泊旅游发展成功了就能解决问题的。一些有条件的湖泊可以开发观光旅游、休闲度假旅游、体育旅游、探险旅游等多种形式的旅游产品，但都要以自身资源为基础，形成特色，切忌一哄而上，盲目赶潮流。
但是，在国内湖泊旅游开发中，许多湖泊不管有没有经济实力、有没有客源就一哄而上，其结果当然是劳民伤财浪费湖泊资源，这方面我们已有太多的教训。
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