司马绍年幼时，其父晋元帝闲坐，将他放置在膝前，正遇长安使者来，因问司马绍说:"你说日与长安哪个远?"司马绍回答说:"长安近，不曾听说过人从日边来，由此就可以知道了。"晋元帝觉得奇异。第二天，群臣宴会时又问他这个问题，回答说:"日近。"晋元帝脸色一变说:"怎么和昨天说的不同呢?"司马绍回答说:"抬头就望见日，但却望不见长安。"由此晋元帝更觉得他是个奇童，特别宠爱他。
司马绍性情极为孝顺，有文才武略，敬贤爱客，喜好文章辞藻。当时的名臣，从王导、庾亮到温峤、桓彝、阮放等，都被亲近看重。曾经与大臣们辩论圣人真假之意，王导等人的意见也不能使司马绍屈从。又好习武艺，善于安抚将士。当时江东人才济济，远近都归心于司马绍。
永昌元年(322年)司马睿去世 ，司马绍(298年——325年) 即皇帝位，是东晋的第二代皇帝，322年—325年在位4年。
王敦因为图谋篡位，于太宁元年(323年)暗示要朝廷征召自己入朝，司马绍于是以手诏征召王敦。同年，王允之乘酒宴而知道王敦的图谋，于是回京告诉其父王舒，王舒于是与王导一同报告晋明帝，得以早作防备。及后，司马绍积极准备京师建康的防护 ，最终于当年七月成功击败王敦派来进攻的军队，平定了王敦之乱。平定后，司马绍下令不再问罪于王敦一众官属，又分别以应詹为江州刺史、刘遐为徐州刺史、陶侃为荆州刺史、王舒为湘州刺史，重整各州形势，消除王敦以王氏宗族各领诸州以凌弱帝室的失衡情形。
司马绍聪明敏捷能随机断事，尤其明白事理。在位期间兵乱连年，饥荒不断，死于饥荒战乱瘟疫者过人口之半，国家空虚社会凋敝十分严重，国事极端艰难。又值王敦挟兵威而震慑人主，将欲窃夺神器。司马绍虚与周旋，养成其恶，以弱制强，潜心谋划，当机独断，肃清大凶。又调整荆、湘等四州将领，以分散长江上游地方势力，拨乱反正，加强根本而削弱枝叶，虽在位时间短暂，但对安定国家大局的影响很是深远。
太宁三年(325年)，司马绍病逝，终年二十七岁，在临终遗言中，他要诸臣为自己治丧时"务从简约"，不得奢侈。谥号明皇帝，庙号肃祖 ，葬于武平陵(今南京市玄武区鸡笼山北)。
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