太平天國晚期，東南地區遭遇了大範圍瘟疫，嚴重影響了雙方的軍事行動。瘟疫讓清軍何桂清集團的王友齡損失慘重、丟掉了浙江。瘟疫也造成了太平軍減員嚴重，以至於有太平軍滅於瘟疫的說法。瘟疫同樣沒有放過湘軍，那麼曾國藩“曾聖人”是如何應對的哪？
曾國藩的應對很“家書”，做到了說到做到，那就是“勸人以不服藥為上策”，“治心以廣大二字為藥，治身以不藥二字為藥”，軍醫這事嘛“其書記、醫匠或有或無，營官主之，其費公費取之”，讓手下的將領們自己看著辦。湘軍作戰的地域也是傳統中醫發達的地區，湘軍在大部分時間內都能看長官的心意聘請醫生。但是如果戰事緊急，來不及聘請臨時工醫生，湘軍將領就要各顯神通了。湘軍將領們都大多是落魄文人，也有一些醫學知識，他們有時候就自己給部下開方子、讓士兵像某省官員一樣截留藥材。
曾國荃是曾國藩的弟弟，也是最受曾國藩影響的人物，他在攻打南京最緊急的時刻就搜刮了南京周圍所有地區縣級市的藥材。但這還是不夠，他甚至派出軍艦沿著長江走一路搶一路，把沿江所有藥鋪都禍害了一遍，西門大官人遇到了他的部下也要急得上吊。
湘軍這種臨時抱佛腳的措施，並沒有取得很好的效果。曾國荃進攻南京時，共有五萬人馬，陣亡人數是八九千人，但是因為瘟疫死亡的的人數超過上萬人。要不是南京城中也爆發了瘟疫（毒王很可能是洪秀全，因為天王最喜歡野味），曾國荃能否拿下南京都是一個問號。鮑超所部在安徽時就遭到從主將到士兵無人不病的情景，每個月鮑超軍營中就要抬出上百具病亡的屍體。左宗棠也在進攻浙江時遭遇了瘟疫，畢竟他接手的就是王有齡留下的“瘟疫區”，左宗棠所部只有半數人可以出列。左宗棠福大命大造化也大，他在浙江時也染上了痢疾，但就是挺了過來，否則今天我們就很難吃到新疆的羊肉了。
為了減少瘟疫影響，湘軍上下使出了各種土房子，鮑超等人就經常在軍中舉行畫符、跳大神儀式。曾國荃在進攻南京時，還舉行了驅儺儀式。湘軍將領在瘟疫面前表現的並不是洪秀全好太多。
曾國藩的做派還影響了李鴻章，李鴻章就非常討厭戈登的常勝軍，因為常勝軍中有單獨的藥房，淮軍部下非常羨慕，經常跑到常勝軍那裡蹭醫療。李鴻章的淮軍和湘軍一樣都主張給士兵足夠的銀子，讓他們自己去買藥找醫生，至於大頭兵們能否找到醫生和藥材，是不是傳染瘟疫給平頭百姓，李大人可不在乎。
曾國藩和家人寫信時還一再要他們鍛鍊身體，不要迷信藥材，似乎很簡樸，但“買鹿茸一架，銀百九十兩，嫌其太貴”就一不小心漏了底。他的家人也不把曾國藩的教訓太當回事兒，一度是長沙城內最大的人參買家。在曾國藩和家人吃著補品補充元氣時，湘軍將士卻大量因瘟疫死亡，他們四處找藥材的行為也傳播了瘟疫。瘟疫加上戰爭中的殺戮讓江浙、安徽一帶人煙稀少，以至於太平軍撤往各地時，曾國藩興奮地說：“蘇浙之田，多未耕種，群賊無所得食，賊居不耕之鄉，猶鳥居無木之鄉”，他們禍害地方十不存一，就自然不怕太平軍開新基地。
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