沙漏遗爱
这问题......
南京的高校质量仅次于北京上海，有12所双一流大学，其中有八所211大学，可以说以“南京”开头的大学都是好学校，分数也极高。
再说这三座城市的经济地位和地理位置，没有疑问，南京依然远远超过合肥济南，它们的经济体量都不是一个层次。
至于合肥和济南，合肥最出名的是中国科学技术大学，其次是安徽大学和合肥工业大学，共3所211大学。
山东大学是济南乃至山东最好的学校，不过也是济南唯一的一所211985大学。
个人观点是南京＞合肥＞济南
微谈读书
肯定是合肥、南京、济南这个顺序呀。三大科学中心是合肥，南京和济南没入选，四大科教城市，合肥入选，南京和济南无，再比国家实验室，国家大科学装置，那南京和济南差的更远了。比高校，合肥，南京两所985高校，其中合肥和南京各有一所中国顶级985，合肥还有一所是国防科大，按理说也是顶级，但是因为是分校，所以和南京一样，一所顶级，一所次顶级，而济南只有一所985，只能排到次顶级。合肥和南京还有众多的研究院所，济南在这方面差距就更大了。就合肥一个科学岛，玩好了，那是直接改变人类命运的。
皖美乡村之鸟人拍鸟
1999 年，合肥与北京、成都、西安一起被确定为国家四大科教基地 ，是国家给的，有原国家主席江泽民同志的题词为证。（可以在“百度”上搜索）
题目中提出的南京市、济南市是国家一线城市，而合肥市是国家二线城市，但在科研方面都拼不过咱安徽省的合肥市。以下是我本人手头上掌握的资料作为论证： 
中国科大作为我国顶尖的高校，培养的毕业生可谓是一流的人才，而这部分人才有很大比例来自安徽，也有很大比例留在合肥各种研究所工作，或者留校任教。
随着中国科大落户合肥，中国科学院合肥分院也随之落户合肥市蜀山区“科学岛”上，其中包括中科院物质科学研究院、等离子体物理研究所、固体物理研究所、光学精密机械研究所、智能机械研究所，还有原电子工业部16所、38所、43所等研究院所。 
合肥还有“超导托卡马克装置”、“国家同步辐射实验室”、“微尺度物质科学国家实验室”等多重点科研设施（以上统统都是高尖端的国家绝密的科学技术）。
还有我国第一台微型计算机、第一台VCD播放器、第一台全自动洗衣机等，都是在合肥制造出来的。而随着“京东方”落地合肥市后，先后在合肥建成国内首条6代、8.5代和全球首条10.5代液晶面板生产线，目前的合肥液晶显示屏产量达2.2亿片，产量和配套能力位居全国前列。 
现在的合肥，基本上每天诞生1户国家高新技术企业；每天申请发明专利近90个、获得授权13个以上；每天技术合同交易额大约4000多万元。
求實雜談
我觉得相比较而言是南京。
本人在这3个城市都呆过比较长时间。中国科学技术大学可以秒杀不少985高校。1999 年，合肥与北京、成都、西安一起被确定为国家四大科教基地。许多科研机构在合肥，比如中国科学院合肥分院，原电子工业部16所、38所、43所等研究院所。合肥的科教资源还是很雄厚的。
但是从历史文化底蕴，交通便利程度等其它因素来看，南京更雄厚一点。南京高校众多，有2所985高校，且高校质量高。
考研科代表
科教资源雄厚
这三城肯定是合肥一南京一济南，合肥是科教，科技城，在科教上没有这个实力是肯定进入不了的。
在中国科教科技城：北京，合肥，上海，国家级科教科技三大中心城市！
合肥科教实力雄厚可想而知，讲的
太多也没有什么意义，合肥，南京，济南，比科教这个排名是正确的。
义良8
比高等教育资源，合肥比不过南京。但是比科教资源，合肥在全国都是第一第二的位置，南京、济南如何能比得过合肥。
猫6咪
1.南京：南京大学，东南大学，河海大学，南理工，南航，南邮，南外，南师
2.合肥：中科大，合肥工业大学
3.济南：山东大学
微醺挑灯看剑
南京已经沦落到要和合肥比了吗？
车秋雨
中国教育资源城市，京沪就像大学里的清北一样，地位不可动摇。能在科教上稳压南京的也只有这两个城市。能和南京掰一下手腕有武汉、西安。也只能掰一下，依旧输给南京。合肥和济南根本不在一个层面。至于合肥与济南，自然是合肥强于济南，中科大稳压山大，除此之外合肥还有合工大与安大两所211。
巡山找肉吃
合肥的教育资源怎能与南京相比？毫不夸张南京的教育资源在全国排前三名，京，沪，宁！
