中國菸草行業實行統一領導、垂直管理、專賣專營的管理體制。國家菸草專賣局、中國菸草總公司對全國菸草行業“人、財、物、產、供、銷、內、外、貿”進行集中統一管理。
1981年5月，國務院決定對菸草實行國家專營；1982年成立中國菸草總公司；1983年國務院發佈《菸草專賣條例》；1984年設立國家菸草專賣局，與中國菸草總公司一套機構、兩塊牌子。
1991年全國人大頒佈《中華人民共和國菸草專賣法》，1997年國務院發佈《菸草專賣法實施條例》，以法律形式確立和完善國家菸草專賣制度。2005年11月，經國務院同意，國務院辦公廳下發《關於進一步理順菸草行業資產管理體制深化菸草企業改革的意見》(國辦發〔2005〕57號)，明確菸草行業繼續實行“統一領導、垂直管理、專賣專營”的管理體制，中國菸草總公司依法對所屬工商企業的國有資產行使出資人權利，經營和管理國有資產，承擔保值增值責任。
2008年國務院下發的國家菸草專賣局“三定”方案，對國家菸草專賣局的工作職責作了進一步明確。通過上述幾個階段，我國逐步形成了以“統一領導、垂直管理、專賣專營”為核心的菸草專賣制度和管理體制。其中專賣專營包括三大法定許可制度，即：菸草專賣品生產和進出口的法定許可證制度，菸草專賣品是指捲菸、雪茄煙、菸絲、復烤煙葉、菸葉、捲菸紙、濾嘴棒、煙用絲束、菸草專用機械；菸草專賣品銷售和經營主體的法定許可證制度；菸草專賣品運輸的法定準運證制度。
目前，全國菸草行業職工總數約55萬人，設有省級菸草專賣局（公司）33家，地市級菸草專賣局（公司）451家，縣級菸草專賣局（分公司或營銷部）2417家；省級捲菸工業公司19家，捲菸生產點94個；打葉復烤企業26家；各類多元化企業512家；在境外投資設立捲菸工廠和配套企業30家。另有直屬科研單位和煙機、醋纖等生產企業。全國有520多萬戶捲菸零售戶，100多萬戶種菸農戶，菸草產業涉及2000多萬人的就業與生計。
中國菸草行業實行專賣專營體制以來，在黨中央、國務院的正確領導以及地方各級黨委政府、各有關部門的大力支持下，充分發揮行業管理體制的優勢，不斷深化改革，強化專賣執法，推進科技進步，狠抓基礎管理，促進了經濟效益不斷提高。2018年，菸草行業堅持穩中求進工作總基調，堅持新發展理念，以供給側結構性改革為主線，強化創新驅動、品牌帶動、改革推動，加快培育新動能，經濟運行總體平穩、穩中向好，全年實現稅利總額11556.2億元，上繳國家財政總額10000.8億元。
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