左氧氟沙星和莫西沙星都是喹诺酮类抗菌药物。左氧氟沙星属于第三代喹诺酮类抗菌药物，是氧氟沙星的左旋体，活性是右旋体的8-12倍，是氧氟沙星的2倍，但不良反应比氧氟沙星低得多，而且水溶性强，所以临床上基本使用左氧氟沙星较多。
左氧氟沙星主要针对革兰氏阴性菌，比如大肠埃希菌，克雷伯菌、不动杆菌，对一些阳性菌如肺炎链球菌、葡萄球菌也是有抗菌活性的。
莫西沙星第四代喹诺酮类抗菌药物。莫西沙星相比左氧氟沙星，其抗菌谱更广，除了阳性球菌、阴性杆菌，它对非典型病原体如支原体、军团菌以及厌氧菌作用效果也很好。
从临床效果来看，目前莫西沙星要优于左氧氟沙星。主要原因是莫西沙星抗菌谱广，而且由于左氧氟沙星上市时间久，有些些菌已经出现了严重的耐药现象，如大肠杆菌耐药率超过了60%，莫西沙星使用时间短，目前耐药率低。
另外左氧氟沙星和莫西沙星都被称之为呼吸喹诺酮类，这是因为该类药物在肺组织中浓度高，相比而言莫西沙星在肺泡组织中浓度高于左氧氟沙星。
有一些关于莫西沙星与左氧氟沙星治疗下呼吸道感染的疗效研究显示（如：莫西沙星与左氧氟沙星治疗呼吸道感染的Meta分析、莫西沙星与左氧氟沙星治疗成人下呼吸道感染的临床疗效对比等文章）莫西沙星对细菌清除有效率高于左氧氟沙星，总疗效也是由于左氧氟沙星。
不良反应方面两者都可能引起胃肠道反应，神经系统症状，如精神紊乱，还可能导致肌肉痛、肌腱炎，另外可能引起血糖异常，这些副作用在使用的时候需要关注。
莫西沙星的价格要高于左氧氟沙星，临床上选择莫西沙星还是左氧氟沙星需要根据患者疾病严重程度、既往使用抗菌药物情况、对药物是否耐受等综合考虑，患者不要自行选择。
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