在西征大半年之後，鐵木真征服了花剌子模的東部重鎮不花剌城，重創了花剌子模在東部地區的實力。
現在，只剩下最後一座重鎮還掌握在花剌子模人手裡，那就是花剌子模的首都——撒馬爾罕城。
在蒙古大軍入侵之前，花剌子模領導層做過詳細的戰略規劃，最終選定了“防守重點區域，步步阻擊敵軍”的策略，但這一策略有個弊端，那就是沒料到戰爭的長期性與複雜性。
換言之，以摩柯末蘇丹為首的花剌子模領導層認為：即使蒙古大軍來到撒馬爾罕城下，必然已是傷痕累累，滿身疲憊，以逸待勞的花剌子模精銳完全可以一戰而勝之。
正是出於這種原因，他們並沒有後手準備，也沒想過萬一戰局不利是否應該遷都的問題。但隨著戰爭的發展，摩柯末蘇丹意識到自身計劃的漏洞，正當他打算補救的時候，卻發現為時已晚。
從名義上講，撒馬爾罕城是花剌子模的都城，但它畢竟是七八年前才併入花剌子模版圖的。摩柯末蘇丹定都於撒馬爾罕城，主要是希望以此地為根基，進一步消化剛打下來的東部地區，但這項工作還沒做完，蒙古大軍就打來了。
在這種背景下，撒馬爾罕當地人真心擁護花剌子模的統治嗎？未必。但作為首都子民，獲得的待遇應該比其他地區的人要好，從這個角度來看，撒馬爾罕當地人的忠誠度應該還是有一定保障的。
但是這點忠誠度，卻在一點一點的流失，原因就在於花剌子模的非常規調動。
由於前期戰略部署失誤，花剌子模一下子陷入了被動之中，當鐵木真圍攻不花剌城的時候，花剌子模開始進行一系列備戰備荒的工作。
所謂備戰備荒，就是號召百姓發揚艱苦樸素的精神，做好長期抗戰的準備。從宣傳角度來說，這自然是激勵人心的口號，但從現實角度來說，這種做法顯然會製造恐慌，從而加劇社會矛盾。
在蒙古大軍未入境之時，花剌子模就預徵了未來三年的賦稅，現在戰事不順，國家又要繼續加稅，百姓們會怎麼想呢？
百姓都是短視的，哪怕你告訴他，國破的結局是家亡，也會有不少百姓摳摳搜搜不願意出錢：國破一定家亡？誰知道是不是騙我們小老百姓的。
明末遼東戰事頻仍的時候，崇禎皇帝開始加稅，結果惹得李自成、張獻忠之流紛紛揭竿而起。花剌子模頻繁加稅，雖然沒有鬧出民變，但要說百姓心甘情願，也未免有些過於誇張。
“能忍我就再忍一會，忍不了我就起來造反，實在不行我就投靠蒙古人。”撒馬爾罕百姓的心裡大概是這樣想的，曾經對花剌子模積累起來的些許感激，恐怕早已煙消雲散，畢竟不是自己人。
對於百姓的這種想法，摩柯末蘇丹應該是心知肚明的，但他能怎麼辦呢？
如果從積極的角度來看，摩柯末蘇丹自然應該大發神威，帶領花剌子模軍隊與蒙古人決戰。撒馬爾罕城牆高大、糧草充足，正是理想中的主場。
但蒙古大軍一路勢如破竹，除海兒汗能勉強堅守半年之外，幾乎無人敢略其鋒芒。正面擊潰鐵木真？摩柯末蘇丹顯然沒有這樣的自信。
如果從消極的角度來看，摩柯末蘇丹自然應該率眾撤退，留得青山在不愁沒柴燒，回到花剌子模的固有領土，在那裡與蒙古人對抗。
但這樣一來，就等於拱手讓出東部地區的大部分領土。雖然此時東部地區的大部分領土已經淪陷，卻依然有零星的游擊隊騷擾蒙古人。
如果摩柯末蘇丹放棄首都撤退，等於掐滅了反攻的希望，花剌子模以後只能作為地方一霸存在了。
該怎麼辦呢？摩柯末蘇丹一時陷入沉思之中。
對於鍵盤俠而言，自然應該堂堂正正地與蒙古大軍剛正面：大家都是肩膀扛個腦袋，憑什麼你就一定比我厲害呢？
可從現實角度考慮，賭徒通常是沒有好下場的，尤其是現在蒙古大軍士氣正盛，做出這種選擇極其困難。
萬般無奈之下，摩柯末蘇丹做了一個折中的選擇：絕不能輕易放棄首都，所以軍隊要繼續留在撒馬爾罕城抵擋蒙古人；但為了防止一戰而沒，以摩柯末蘇丹為首的中央政府必須儘快撤離，到其他地方構築新防線，再拉出一支大軍，與其他地區一起呼應撒馬爾罕城。
鐵木真的情報工作做得不錯，第一時間得知摩柯末蘇丹準備撤退的消息，於是鐵木真立刻做出針對性部署：主力繼續向撒馬爾罕城出發，哲別、速不臺和脫忽察兒各率一萬大軍，死死盯住摩柯末蘇丹一行，絕不給他們留下喘息之機，絕不讓他們有重新構築防線的機會。
單這三萬大軍，就足以威脅摩柯末蘇丹一行，使得他們只能處於不斷逃亡的狀態之中。在這種背景下，重新構築防線自然只能是空想。
關於摩柯末蘇丹的逃亡過程，我以後會詳解，轉過頭來繼續說撒馬爾罕圍城戰。
當鐵木真大軍來到撒馬爾罕城下之後，鐵木真先是命令大軍進行休整，同時也進行一些攻心活動，卻沒敢派使者進城勸降，這畢竟是花剌子模首都，不能等閒視之。
三天過後，鐵木真發現攻心活動收效甚微，於是便開始為強攻做準備：他把撒馬爾罕城附近的城防全部破壞，比如說填平護城河，同時派人舉著盾牌前去挖城牆地基，同時還在城牆邊上堆土山。
城上守軍看到這種場面，自然不會袖手旁觀：他們在城頭上用弓箭和拋石機打擊破壞城防和填護城河的敵人，同時派精銳部隊出城作戰。
蒙古大軍固然驍勇善戰，但花剌子模軍隊依賴防守之力也不落下風，就這樣打了整整一天，雙方都有不小的損耗。
在第二天的戰鬥中，鐵木真把撒馬爾罕的城門堵住，堅決不讓守軍出城作戰。因為這種局部戰鬥地形狹窄，蒙古軍隊並不能發揮野戰的優勢，反而要在承受弓箭和炮石的前提下與敵方作戰，非常吃虧。
眼看憑人力衝不出去，撒馬爾罕人乾脆放大象在前面衝鋒，十來頭大象先後湧出城，使得花剌子模一時士氣大振，蒙古軍隊發生騷亂。但沒過多久，大象受到了傷害，竟然開始往回跑，踩死了大片花剌子模士兵。
就這樣你來我往地又打了一天，雙方依然鬥了個旗鼓相當。
實際上，無論是攻城還是守城，出現這種膠著的態勢非常正常，攻城戰或守城戰一打幾個月也不是什麼稀罕事。可此時的撒馬爾罕城內士氣普遍低落，因為他們的首領摩柯末蘇丹已經撤離了，撒馬爾罕城還能守多久呢？誰也不知道。
在這兩天的戰鬥中，蒙古大軍雖然也有不小的傷亡，但撒馬爾罕的城防工事受到了嚴重損壞：護城河被填得差不多了，城牆根下不少地方被挖空，城牆附近的土山也被堆了起來。
長此以往，撒馬爾罕城守軍必然會面臨被圍殲的命運。
在這種背景下，本就沒有太高忠誠度的撒馬爾罕守軍不禁要問一個問題：“我拖家帶口為花剌子模賣命，真的值得嗎？”
在很多撒馬爾罕人看來，答案很簡單：不值得。
鐵木真連續猛攻了兩天，第三天沒有攻城，進行休整的同時，繼續進行攻心行動。眼見沒有反應，第四天和第五天，鐵木真又展開了強攻。
到了第六天的早上，終於有人承受不住，打開城門向蒙古人投降。原計劃要打得轟轟烈烈的“撒馬爾罕圍城戰”，只持續了六天就宣告結束。
鐵木真進城之後，接見了撒馬爾罕的頭頭腦腦們，鐵木真逐一安撫這些人，並建議他們立刻組建新政府，以相應大蒙古汗國共建“王道樂土”的號召。
在建立新政府的過程中，鐵木真開始頒發良民證，要求全城百姓都要領取，然後出城生活幾日。
蒙古人要幹什麼？或許有人以為，這是要洗劫財物，其實這不是主要原因。
蒙古大軍進入了撒馬爾罕城，內堡卻依然在堅守。蒙古軍隊之所以要頒發良民證，就是為了分化瓦解撒馬爾罕城潛在的抵抗勢力。
領取良民證的人出城之後，城內就只有三種人存在了：蒙古人、新政府成員和抵抗者。
當然了，在攻打內堡之前，蒙古人以清理抵抗者為名，搜遍了外城的每一個角落，將一些躲藏起來，不願領良民證又不願出城的撒馬爾罕人全部殺光。
事態發展到這一步，內堡的抵抗者越來越沒信心，氣氛也是越來越絕望。當天夜裡，大約有一千人趁著夜色突圍，最後沒能成功，內堡的士氣再受打擊。
鐵木真指揮軍隊強攻，很快就貢獻了內堡，抵抗者又退入清真寺繼續堅守。鐵木真下令放火，直接燒燬了清真寺，也燒盡了抵抗者。
至此，撒馬爾罕內堡陷落，成年男子與老人全部被殺，婦女和兒童淪為奴隸。
當領取良民證的人獲准返回城內的時候，整座城市的人口只剩下不足四分之一。
另外四分之三的人口，有部分隨著摩柯末蘇丹一起撤退，但大部分都被鐵木真殺死。
撒馬爾罕城的淪陷，標誌著蒙古汗國取得了在東部戰場上的最終勝利。
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